Подготовленное 21 июля 1941 года обвинительное заключение делало акцент на преступном бездействии подсудимых. Обвинения в заговоре и антисоветской деятельности, хотя и упоминались, отошли на второй план и не были положены в основу уголовного дела. Командующий фронтом Павлов и начальник штаба Климовских обвинялись в том, что, «являясь участниками антисоветского военного заговора, предали интересы Родины, нарушили присягу и нанесли ущерб боевой мощи Красной Армии, то есть в совершении преступлений, предусмотренных статьями 58–1б, 58–11 УК РСФСР». Из обвинительного заключения также следовало, что начальник связи Григорьев «не организовал работу связи фронта, в результате чего было нарушено управление войсками и взаимодействие частей», а командарм Коробков «преступно бездействовал, в результате чего вверенные ему силы понесли большие потери и были дезорганизованы», т. е. они совершили преступление, предусмотренное статьей 193–17б УК РСФСР.
22 июля 1941 года в ходе рассмотрения дела в Военной коллегии Верховного Суда СССР действия Павлова и его соратников были переквалифицированы еще более радикально. Теперь в обвинительном заключении значились «халатное отношение к службе» (статья 193–17б УК РСФСР) и «действия по сдаче вверенных военных сил и оставлению неприятелю средств ведения войны вопреки военным правилам» (статья 193–20б УК РСФСР). Дело слушалось ночью в закрытом формате, без участия свидетелей и защитников, без права обжалования судебного решения. На заседании председательствовал глава Военной коллегии армвоенюрист В. В. Ульрих — тот же, что председательствовал на судебном процессе по делу Тухачевского.
Во время судебного допроса Павлов сознался в бездеятельности при командовании Западным округом: «Я признаю себя виновным в том, что не успел проверить выполнение командующим 4-й армией Коробковым моего приказа об эвакуации войск из Бреста. Еще в начале июня месяца я отдал приказ о выводе частей из Бреста в лагеря. Коробков же моего приказа не выполнил, в результате чего три дивизии при выходе из города были разгромлены противником. Я признаю себя виновным в том, что директиву Генерального штаба РККА я понял по-своему и не ввел ее в действие заранее, то есть до наступления противника. Я знал, что противник вот-вот выступит, но из Москвы меня уверили, что все в порядке, и мне было приказано быть спокойным и не паниковать. Фамилию, кто мне это говорил, назвать не могу [нарком обороны С. К. Тимошенко. — Прим. автора]».
Интересно, что подсудимый Коробков в судебном заседании отрицал показания, данные против него Павловым: «Показания Павлова я категорически отрицаю. Как может он утверждать это, если он в течение 10 дней не был у меня на командном пункте. У меня была связь со всеми частями, за исключением 46-й стрелковой дивизии, которая подчинялась мехкорпусу. На предварительном следствии меня обвиняли в трусости. Это неверно. Я день и ночь был на своем посту. Все время был на фронте и лично руководил частями. Наоборот, меня все время обвиняло 3-е Управление в том, что штаб армии был очень близок к фронту».