Покойников старались похоронить как можно скорее. Часто случалось, что труп захоранивали слишком поспешно и недостаточно глубоко, так что от земли исходил запах разложения. А иногда случалось так, что второпях хоронили больных, впавших в кому.
В конце XIV века такие города, как Марсель и Венеция, впервые ввели карантин, требуя, чтобы корабли стояли на якоре в течение 40 (quarante) дней перед допуском команды в город и разгрузкой товара. В XV веке эта мера была распространена и на сухопутных путешественников. Теперь они должны были в течение суток ждать у городских ворот разрешения на вход.
В конце XV и начале XVI века вышли новые городские указы, предписывающие изоляцию больных в так называемых «чумных домах», закрытие лавок и проветривание зараженных домов, а также устанавливающие запрет на содержание свиней в центре города. Все заболевшие или имевшие контакты с заболевшими должны были ходить с белой тростью. В XVI веке теория миазмов была поставлена под сомнение. Жители городов начали понимать, что причиной чумы вполне могла быть повсеместная антисанитария. В Антверпене был издан указ, согласно которому мясникам было запрещено выбрасывать отходы на улицу, а также регламентировалась глубина могил. А в Роттердаме издали указ, согласно которому гробовщики обязаны были хоронить покойника не менее чем через 12 часов после смерти для предотвращения погребения больных заживо.
Многие жили в уверенности, что эпидемии были делом «рук Божьих», принимая участие в бесконечных религиозных шествиях. Но если еще в 1529 году штатгальтер Маргарита Австрийская вместе со всем мехеленским двором приняла участие в процессии в Брюсселе, молясь об избавлении Нидерландов от новой эпидемии чумы, то во второй половине XVI века в чуме стали обвинять евреев, которые, согласно теории заговора, прикидывались студентами, разносчиками или даже трубочистами, чтобы принести «отраву чумы» в дома.
Чума свирепствовала в Нижних Землях до конца XVI века и, в сочетании с неурожаями, голодом и непрекращающимися войнами, привела к обнищанию низших слоев населения. В XV и XVI веках в Антверпене было зарегистрировано в общей сложности 52 вспышки чумы. Лишь в 1669 году Нижние Земли были полностью избавлены от чумы. В XIX веке было установлено, что распространителями одной из самых страшных пандемий в истории были не голод или вдыхание «заразных испарений», а крысы и паразиты.
В XVI веке Европа и Нидерланды боролись и с другими болезнями. В частности, брюшной тиф, также известный как «военная горячка», поскольку им болели многие солдаты, и проказа могли стать причиной тысяч смертей. Английская потливая горячка (потница), инфекция, которая, вероятно, также передавалась грызунами, быстро распространилась в Англии в конце XV века и попала в Нижние Земли через английские суда. Она вызывала головную боль, боли в животе, учащенное сердцебиение, лихорадку, проблемы с дыханием и нарушения в работе вестибулярного аппарата. Заболевшие страдали от сильных болей и обычно умирали в течение суток. В одном Антверпене потницей заразились сотни жителей, включая художника Рогира ван дер Вейдена. Потница исчезла после вспышки в 1551 году, но, возможно, она вернулась около 1580 года в виде эпидемии гриппа.
Солдаты французского короля Карла VIII, вернувшиеся из похода на Италию в 1494 году, привезли с собой новую болезнь, которая массово распространилась по Европе и стала известна как «неаполитанская». Ошибочно считалось, что родиной этого венерического заболевания являются колонии, поскольку растения, которыми ее лечили, произрастали в Южной Америке. Как бы то ни было, врач Иоганн Вейер был убежден, что все началось с того, что испанский рыцарь заразил проститутку, а та, в свою очередь, заразила 400 солдат. В зависимости от того, что считали местом происхождения заболевания, его называли и французской, и немецкой, и испанской, и польской, и даже китайской болезнью. Окончательное название заболеванию дал итальянский врач Джироламо Фракасторо.
Вспышка Morbus Venereus, что означает «болезнь Венеры», или сифилис, была одной из самых страшных эпидемий в конце XVI века после вспышки чумы. У инфицированных появлялись зловонные гноящиеся язвы по всему телу, часто углублявшиеся до костей. Болезнь лечили ртутной мазью, но без гарантии излечения, поскольку побочные эффекты действия ртути приводили к тому, что у больных возникали язвы на губах, языке и нёбе и начинали выпадать зубы.
Бог и дьявол