В 16.10 в атаку на «Сванетию» вышли девять торпедоносцев «Хе-111» и сбросили восемь торпед, из которых две попали в носовую часть судна, с правого и с левого борта. Командира транспорта и других находившихся на мостике моряков взрывной волной сбросило на шлюпочную палубу. Старпом Г. Кухаренко с помощью рулевого А. Курепкова перенес их на спасательный плот и оттолкнул его от борта. Сам он бросился в штурманскую рубку, схватил со стола боевую карту, выбрался на еще возвышавшийся правый борт и спрыгнул в воду.
После взрыва торпед среди пассажиров началась паника. Медицинский персонал самоотверженно выносил из уцелевших помещений раненых и спускал их в воду по левому борту, где вода доходила до палубы. Комендоры кормового зенитного орудия и пулеметчики продолжали вести огонь. «Сванетия» начала крениться на левый борт, и когда крен достиг 40, машинной команде было приказано покинуть помещение. В это время вдруг раздался гудок: это один из мотористов, выбравшись через трубу, держался за тросик сирены. Обернувшись, Кухаренко увидел, как с высокоподнятой кормы в воду сыпались люди.
Командир отряда прыгнул в воду при погружении судна, но не успел отплыть и двух метров, как «Сванетия» опрокинулась на левый борт, накрыв корпусом три шлюпки и часть плавающих людей.
В 16.30 транспорт скрылся под водой, продержавшись на плаву после попаданий всего 18 минут. После гибели судна торпедоносцы сделали по три захода над плавающими людьми, расстреливая их из пушек и пулеметов. В это время «Бдительный» скрылся из видимости, маневрируя и отбиваясь от атак торпедоносцев. Только через полтора часа после ухода самолетов «Бдительный» вернулся к месту трагедии и подобрал 157 оставшихся в живых людей, 17 из которых вскоре скончались. Всего же из числа находившихся на транспорте погибли 753 человека.
Следующей потерей флота стал «Ледокол № 7», 20.04.1942 г. подорвавшийся на авиационной мине в Керченском проливе. Директивой Ставки № 170302 создано Северо-Кавказское направление. В него включены войска Крымского фронта, Севастопольского оборонительного района, Северо-Кавказский военный округ, Черноморский флот и Азовская флотилия.
В связи с этим командующий ЧФ убыл из Севастополя в Краснодар. 24.04.1942 г. в штаб главнокомандующего Северо-Кавказским направлением маршала С.М. Буденного на станцию Тоннельная прибыли нарком ВМФ Н.Г. Кузнецов, командующий Черноморским флотом Ф.С. Октябрьский, член Военного совета флота И.И. Азаров для обсуждения вопросов, возникших в связи с директивой Ставки № 170302 от 21 апреля.
После случая со «Сванетией» наблюдается резкое усиление охранения конвоев. Так, 26.04.1942 г. транспорт «А. Серов» в охранении эскадренных миноносцев «Сообразительный» и «Железняков», базовых тральщиков «Взрыв» и «Щит» и трех МО прибыл из Новороссийска в Севастополь. Через полчаса оттуда же прибыл крейсер «Красный Крым» в охранении эскадренных миноносцев «Бойкий» и «Бдительный», на борту крейсера в Севастополь вернулся командующий флотом. В 20.42 крейсер «Красный Крым» в охранении эскадренных миноносцев «Бойкий», «Бдительный» и «Сообразительный» вышел из Севастополя в Новороссийск.
В ночь на 29 апреля отряд кораблей АзВФ в составе канонерской лодки «Буг», двух торпедных катеров, бронекатера и катерного тральщика совершил внезапный огневой налет на объекты противника в порту Мариуполь. Комендоры кораблей огнем орудий уничтожили склады боеприпасов, боевую технику, нанеся существенный ущерб инфраструктуре порта. Хорошо спланированная и успешно проведенная операция группы кораблей, которую прикрывали с воздуха истребители 87-й авиаэскадрильи, принесла ощутимый успех. Все участвовавшие в ней корабли благополучно вернулись в базу, не получив ни одного повреждения. Все это время флотилия обеспечивала защиту морских коммуникаций на линиях Приморско-Ахтарская – Керчь и Темрюк – Керчь, по которым осуществлялось снабжение войск Крымского фронта. Об интенсивности морских перевозок по Азовскому морю и через Керченский пролив свидетельствует такой, например, факт, что только с 14 апреля по 1 мая 1942 г. на кораблях и судах, помимо боевого обеспечения, было перевезено свыше 12 тыс. т различных грузов.
29.04.1942 г. Крейсер «Красный Крым» в охранении эскадренных миноносцев «Бдительный» и «Сообразительный» прибыл из Новороссийска в Севастополь. На этих кораблях было доставлено 1780 человек маршевого пополнения, 61 человек флотских команд, 25 т боезапаса, 16 торпед и 265 глубинных бомб. В 21.25 крейсер «Красный Крым» в охранении лидера «Ташкент», эскадренных миноносцев «Бдительный» и «Сообразительный» вышел из Севастополя в Поти.
Эта мера не была лишней, т. к.в конце апреля в преддверии наступления на Керчь германское командование перебросило в Крым штаб VIII авиакорпуса генерала В. фон Рихтгофена, придав ему в подчинение большое количество свежих авиационных подразделений. Удачной следует считать проводку (7 мая) танкера «Москва» в сопровождении большого количества авиации, однако этот способ оказался очень затратным.