На этом Керченско-Эльтигенская операция закончилась. Ее цель (освобождение Керченского полуострова) не была достигнута, но советские войска закрепились на плацдарме под Керчью. Изначально операция планировалась с расчетом на эвакуацию противника из Крыма. Наличные средства не обеспечивали запланированные объемы перевозок в намеченные сроки. Вмешательство кригсмарине не ожидалось и в расчетах не учитывалось. Высадка в Эльтигене в существовавших условиях была связана с неоправданным риском. В борьбе за сохранение этого плацдарма были израсходованы совершенно несоразмерные ресурсы. Черноморский флот справился в целом с переправой и снабжением основного десанта, но не решил задачи снабжения вспомогательного десанта и борьбы с блокадными силами. Результаты многочисленных боев в проливе в очередной раз показали, что у нас нет катеров, способных успешно бороться с боевыми катерами и БДБ противника. Высадка на необорудованный берег без полноценных десантных судов резко увеличивала сроки разгрузки и затрудняла переброску тяжелой техники. А это ставило десант в уязвимое положение. Организация взаимодействия между родами войск улучшилась, но была еще очень далека от идеала. Большим шагом вперед стала хорошая работа баз высадки.
Немецкий флот сумел организовать и поддерживать блокаду Эльтигена, хотя неудачно действовал в первые дни. Береговые батареи противника воспретили движение в проливе в южной половине пролива в светлое время и затруднили его в ночное. Для немецкого флота, «малая война на море» и ее средства в межвоенный период явно не относились к числу приоритетных, в отличие от РККФ. Тем не менее, накопленный после начала Второй мировой войны опыт позволил немцам лучше решать возникшие на Черном море в 1943 г. задачи.
Кампания 1944 г
В начале 1944 г. у флота снова поменялся командующий. Вместо снятого с должности постановлением ГКО вице-адмирала Л. А. Владимирского с 9 марта временно флотом командовал вице-адмирал Басистый, которого 29 марта сменил вице-адмирал Ф. С. Октябрьский. О его былых прегрешениях пришлось забыть ввиду отсутствия иных, подготовленных к командованию флотом на черноморском театре, кандидатур. Флот находился в оперативном подчинении Отдельной Приморской армии до 31 марта, после чего перешел в подчинение главкома ВМФ адмирала флота Н. Г. Кузнецова.
Основными соединениями флота по состоянию на начало кампании являлись эскадра (линкор, четыре крейсера, пять эсминцев), бригада подлодок, две бригады торпедных катеров, бригада траления и заграждения. Общая численность корабельного состава ЧФ приведена в приложении 1. ВВС располагали 15 авиаполками и двумя отдельными эскадрильями (приложение 3). Помимо этого, имелись береговая и противовоздушная обороны, обладавшие 166 и 242 орудиями соответственно.
Система базирования флота включала главную базу флота – Поти, а также военно-морские базы в Туапсе, Новороссийске и Керчи. Очаковская военно-морская база и Одесская военно-морская база, созданные 06.11.1943 г., находились в стадии формирования. 2 апреля Одесская ВМБ и получившая задачу перебазироваться в Одессу бригада речных кораблей (позже вошла в состав Дунайской флотилии) были переданы в оперативное подчинение 3-му Украинскому фронту. 19 мая Очаковская ВМБ была переименована в Николаевскую, а 15 августа расформирована, при том, что ее силы были переданы в Одесскую ВМБ. Этим же приказом были расформированы Керченская и Туапсинская ВМБ, с передачей их соединений Новороссийской ВМБ. С 25 февраля начала формироваться Севастопольская ВМБ, которая с 3 октября была переименована в Главную. 24 августа, в связи с занятием нашими войсками дельты Дуная, часть сил Дунайской флотилии была выделена в Резервную ВМБ, которую 1 сентября переименовали в Констанцскую ВМБ.
Азовская флотилия в течение всего своего периода существования подчинялась командованию Отдельной Приморской армии. Приказом наркома ВМФ от 13 апреля она расформировывалась, и на ее базе к 20 апреля создавалась Дунайская военная флотилия. К 1 июля перебазирование кораблей флотилии в Одессу и Херсон было завершено, после чего она поступила в оперативное подчинение командующего войсками 3-го Украинского фронта.