С большим увлечением Дюбуа занимался политэкономией. Вместе со своими товарищами по учебе он часами просиживал над работой Ракардо «Фонд заработной платы», пытаясь применить его теоретические выводы для понимания экономических процессов, происходивших в США в конце 80-х годов. В стране бурно развивался процесс концентрации и монополизации капитала, тресты и монополии устанавливали все более жесткий контроль не только над экономической, но и над политической и вещественной жизнью страны. В Гарварде отмечали большую угрозу демократии, которую несли с собой тресты, но вместе с тем приходили к выводу, что это необходимое условие индустриализации и ее неизбежный спутник. И опять-таки если и заходила когда речь о Марксе, то только для того, чтобы лишний раз подчеркнуть, что его выводы не оправдались, о его же учении в целом никогда не упоминалось.
В Гарварде сравнительно большое внимание уделялось политэкономии и практическому применению ее различных теорий для объяснения современных явлений в американской и мировой экономике, но вместе с тем там совершенно не изучалось положение рабочего класса и рабочее движение. Подавляющее большинство студентов относилось к рабочим с пренебрежением, а упорную классовую борьбу пролетариата рассматривали как нарушение всех законов и обычаев цивилизованного общества. Дюбуа писал по этому поводу: «Это было в порядке вещей: ведь Гарвард был детищем своей эпохи. Свободная мысль, которая расцвела было в нем в конце XVIII — начале XIX века, постепенно сникла под мертвящим экономическим давлением, и Гарвард стал богатым, но реакционным учебным заведением».
Как и во многих привилегированных учебных заведениях, в Гарварде было немало прекрасно обеспеченных студентов, особенно не утруждавших себя наукой. Они с большим или меньшим успехом старались совместить пребывание в стенах университета с праздной, беззаботной жизнью, заполненной всевозможными развлечениями. И преподавателям было приятно иметь дело с таким серьезным студентом, как Дюбуа, который занимался с огромным увлечением и настойчивостью.
У Дюбуа установились очень хорошие, дружественные отношения с Уильямом Джеймсом, поклонником школы которого он являлся. Дюбуа часто бывал дома у Джеймса, который с большим удовольствием занимался со своим любимым учеником. Дюбуа состоял членом философского клуба, в котором участвовал в дискуссиях с преподавателями философии Джорджем Полмером и Джосайе Ройсом.
С огромным увлечением занимался Дюбуа историей, и к нему с большим уважением относился Элберт Харт, ведущий этот предмет Дюбуа был одним из лучших учеников Харта, по рекомендации которого он отправился после окончания Гарварда на учебу в Берлинский университет.
Не все шло гладко у Дюбуа с учебой. Редко, но все же бывали и срывы. Надолго ему запомнился, например, случай с сочинением по английскому языку. Как и во время учебы в Фиске, Дюбуа с огромным вниманием следил за развитием негритянской проблемы. И всегда старался взять темой для доклада, выступления, сочинения эту самую злободневную для него проблему. Свою первую письменную работу в Гарварде Дюбуа посвятил разоблачению нападок белых южан на негров. О таких вопросах он не мог писать в спокойной манере бесстрастного летописца или добросовестного, но безразличного к сути проблемы регистратора событий. Ненависть к южным расистам, злоба и презрение ко всем их пособникам и молчаливым подстрекателям, боль и глубочайшее сочувствие к поруганному человеческому достоинству своих черных братьев, бьющая ключом страстность и глубокая убежденность человека, сражающегося за самое близкое, дорогое и понятное в жизни, — все это было в работе Дюбуа.
Он хорошо знал грамматику, имел большой словарный запас, но, когда ему приходилось писать о негритянской проблеме, Дюбуа меньше всего заботился о литературной форме, грамматической окружности фраз, лексике и стилистике. Пунктуальным до педантичности преподавателям английского языка, разумеется белым, было глубоко безразлично отношение Дюбуа к негритянской проблеме, их интересовала только форма, а не содержание его работы. Во всяком случае, работа, в которую Дюбуа вложил всю свою душу, всю страсть своего сердца, не вызвала никаких эмоций у преподавателей, а ее достоинства с учетом стилистических и грамматических ошибок были определены оценкой «неудовлетворительно».
Автор сочинения был близок к шоковому состоянию. Впервые в жизни его знания получили такую беспощадную и, как он понимал, объективно правильную оценку. Это был урок на всю жизнь И Дюбуа сделал выводы, которым следовал всю жизнь: если хочешь, чтобы твои мысли были убедительны и доходчивы, мало страсти и убежденности в своей правоте, материал надо излагать и хорошим литературным языком.