За годы работы в Атлантском университете, где он пробыл до 1910 года, Дюбуа проделал колоссальную работу по сбору и научному обобщению огромного количества фактов о положении негров. Дюбуа подчеркивал, что он занялся социологическими исследованиями с утилитарной целью — изучить условия жизни негров и использовать полученные выводы для борьбы за улучшение положения негритянского населения США. Но как настоящий ученый, Дюбуа, занявшись социологическими исследованиями негров, не мог не проводить их на действительно научной основе. А это, в свою очередь, привело к подлинно революционным изменениям во взглядах Дюбуа на негритянскую проблему. «Таким образом, — делал вывод Дюбуа, — придя в своих социологических исследованиях к твердому убеждению, что всякая расовая группа претерпевает изменения, я понял, что и все общество непрерывно развивается и изменяется, что его структура не является застывшей и неподвижной».
Это был диалектический подход к пониманию проблем общественного развития, это был вывод, к которому мог прийти только настоящий крупный ученый, способный самостоятельно сделать выводы и обобщения из тех огромных достижений, которых добилась наука в конце XIX — начале XX века. Изменение взглядов Дюбуа на расовую проблему, как часть развития всего общества, носило не революционный, а эволюционный характер. Он не сразу пришел к диалектическому пониманию процесса развития общества, надо было преодолеть огромную силу инерции в виде тех взглядов на развитие общества, которые преподавались в Фиске, Гарварде, в Берлинском университете. Надо было, собственно говоря, пересмотреть все свое жизненное кредо, избавиться от тех взглядов на жизнь, которые прививались всей окружавшей его средой. Это был процесс длительный и мучительный, начало ему было доложено в Атланте, где Дюбуа широким фронтом развернул исследовательскую работу в области социологии.
Эта работа продолжалась беспрерывно на протяжении тринадцати лет. За эти годы был проделан колоссальный по объему труд: Дюбуа выпустил шестнадцать томов социологических исследований. Никогда раньше ни один исследователь не ставил перед собой таких колоссальных задач, как Дюбуа, опубликовавший эту серию исследований. Он подходил к своему исследованию в области социологии негров как к части большой общенациональной исследовательской работы, рассчитанной на целое столетие.
Это было грандиозно. Планы Дюбуа поражали воображение и у многих вызывали скептическое отношение к профессору-энтузиасту, неверие в возможность выполнения этих планов. Тринадцать лет напряженнейшей работы Дюбуа и небольшой группы руководимых им научных работников, опубликованные ими тома социологических исследований убедили даже самых закостенелых скептиков в возможности фронтального, глубоко детального изучения негритянской проблемы в США.
Позднее Дюбуа, критически оценивая свою работу, проделанную в Атлантском университете, отмечал, что во всех шестнадцати опубликованных томах уделялось недостаточное внимание экономической стороне вопроса. Что в этих работах не нашла должного отражения философия Маркса и Энгельса и тома выпускались в свет в то время, когда еще нельзя было использовать учение Ленина.
Были, конечно, в этой серии свои недостатки и недоработки, но в целом это было поистине уникальное явление в детальном изучении негритянской проблемы. В свет вышла настоящая энциклопедия негритянской жизни. С 1896 по 1920 год все работы, публиковавшиеся в США по расовой проблеме, в той или иной мере опирались на это исследование.
Социологические исследования о положении негров, опубликованные Атлантским университетом, вызвали самые восторженные отзывы. Дюбуа было очень приятно получить письмо от своего учителя философии в Гарвардском университете, который писал, что «это блестящий научный труд». Букер Вашингтон, известный лидер негров, выступая в 1911 году на конференции Атлантского университета, посвященной изучению положения негритянских ремесленников, сказал: «Вся страна должна быть благодарна вашему учреждению за тщательную и систематическую работу, в результате которой из года в год появляются исследования, представляющие огромный интерес и ценность для всей нации».
Труды Атлантского университета о положении негров получили исключительно высокую оценку со стороны периодической печати. Журнал «Аутлук» писал в 1903 году: «Ни один исследователь, изучающий расовую проблему, никто из тех, кто как следует задумывается над ней или говорит о ней, не может позволить себе игнорировать факты об условиях жизни и развитии негров, приводимые в серии социологических исследований, издаваемой Атлантским университетом… Во всех этих изданиях бросается в глаза рука квалифицированного и внимательного исследователя».