В руководстве НАСПЦН Дюбуа был единственным негром, и ему не всегда легко было проводить свою линию, казалось, даже в таких бесспорных вопросах, как борьба с линчеваниями. Возникали препятствия самого неожиданного порядка. Дюбуа, например, попытались помешать публиковать сообщения о случаях линчевания негров. Ему как редактору созданного в 1910 году журнала НАСПЦН «Крайсис» было предложено вместе с сообщениями о линчеваниях публиковать перечень преступлений негров, послуживших причиной расправы. Это предложение мотивировалось соображениями объективности, хотя было очевидно, что это была бы объективность, вывернутая наизнанку. Подобная информация явилась бы большой услугой расистам, оправдывавшим линчевания негров тем, что они совершали преступления против белых. Особенно часто выдвигалось ставшее трафаретным обвинение в изнасиловании неграми белых женщин. Но самое характерное заключалось в том, что предложил публиковать перечень преступлений негров Освальд Виллард, внук великого борца за освобождение негров, выдающегося аболициониста Уильяма Гаррисона.
Дюбуа решительно отверг попытки Вилларда диктовать ему, что и как он должен писать о линчеваниях негров. Столь же решительно он поставил и вопрос о том, что в качестве главного редактора «Крайсиса» он будет вести работу так, как считает нужным.
Когда создавался «Крайсис», даже друзья Дюбуа считали, что он пошел на большой риск, что новый журнал затеряется среди множества похожих друг на друга изданий, не найдет необходимого числа читателей и, не выдержав конкурентной борьбы со своими собратьями, вынужден будет прекратить существование. Однако благодаря огромной работе, проделанной Дюбуа, журнал очень быстро приобрел большую популярность. Дюбуа прибыл в Нью-Йорк
Огромная популярность «Крайсиса» являлась следствием не только выдающихся литературных и редакторских способностей Дюбуа. Негритянский читатель и все сторонники равноправия негров находили в этом журнале ответы на самые злободневные вопросы. «Крайсис» сыграл очень важную роль в признании в 1915 году действительной силы пятнадцатой поправки к конституции и отмене «дедовских статей», принятых в конце XIX — начале XX века в качестве дополнений к конституциям южных штатов и запрещавших неграм участвовать в голосовании. В 1917 году удалось добиться отмены сегрегации в жилищном вопросе. «Но важнее всего, — писал Дюбуа, — было то, что с помощью журнала «Крайсис» и наших сотрудников и друзей мы могли постоянно и систематически, в четкой и ясной форме излагать перед всей страной законные чаяния американских негров и факты, касающиеся их положения. Мы старались организовать негров как политическую силу и заставить страну почувствовать ее; мы открыли кампанию против линчеваний, оказавшуюся самой эффективной из всех, какие когда-либо проводились раньше, и в конце концов как будто приблизившую ликвидацию этого зла».
Двадцать три года издавал Дюбуа «Крайсис», и все эти годы ежемесячник вел активную борьбу за духовный рост всех людей, и в первую очередь негров, всеми средствами боролся за уничтожение расовой и национальной дискриминации. Трудностей в работе журнала было немало, и многие из них были вызваны теми сложными отношениями, которые с самого начала возникли между НАСПЦН и Букером Вашингтоном.
Когда Дюбуа назначили директором департамента печати и исследований этой организации, в качестве условия ему поставили отказ использовать НАСПЦН для борьбы с Вашингтоном. Однако практически оказалось невозможным воздержаться от борьбы с Букером Вашингтоном. «Едва рассеялся дым после битвы с Троттером, — писал биограф Дюбуа, — как, вопреки усилиям НАСПЦН сдержать его, Дюбуа возобновил войну против Букера Вашингтона». Дюбуа выступил против Вашингтона, несмотря на то, что это противоречило линии руководства НАСПЦН и серьезно обостряло отношения Дюбуа с умеренными и консервативными кругами ассоциации. Дело в том, что в 1910 году Вашингтон совершил поездку в Европу и, выступая в Англии, вновь повторил, что негры США якобы удовлетворены условиями, в которых они живут. В ответ на это Дюбуа опубликовал на страницах «Крайсиса» заявление, в котором прямо было сказано, что Вашингтон связан по рукам и ногам финансовой зависимостью от богатых филантропов, что не позволяет ему объективно судить о положении негров в США. Дюбуа решительно подчеркнул, что Вашингтон дезориентирует общественное мнение Европы, когда утверждает, что негритянская проблема в Америке находится в стадии удовлетворительного разрешения.