Наступление на последние позиции, удерживаемые Дюбуа в Атлантском университете, велось по всем правилам военного искусства. Началась длительная и упорная, беспрерывная осада ректора университета. Ему стали постоянно срезать ассигнования и одновременно прозрачно намекали, что стоит только университету расстаться с Дюбуа, как будут сразу же увеличены ассигнования по линии департамента просвещения и от частных лиц, а в США ассигнования из различных фондов, учрежденных крупными миллионерами и миллиардерами, всегда играли важную роль в финансировании университетов и других учебных заведений.
Дюбуа был поставлен перед выбором — или бороться за по праву принадлежащее ему место в Атлантском университете и обречь его на финансовую блокаду, или уйти. Дюбуа избрал последнее, тем более что ему предложили стать одним из руководителей Ассоциации содействия прогрессу цветного населения, которая была создана к этому времени и в учреждении которой он сыграл активную роль.
Со смешанным чувством покидал Дюбуа Атланту. Как отмечал один из биографов Дюбуа, он ненавидел этот город, строивший всю свою жизнь на принципах расовой дискриминации. Для того чтобы не дать расистам возможности унизить его, Дюбуа на протяжении всех тринадцати лет жизни в Атланте не пользовался сегрегированным городским транспортом. Он не ходил в театры и концертные залы, где негры должны были сидеть на худших, специально для них отведенных местах. Вполне естественно, что Дюбуа не испытывал никакого Огорчения, уезжая из этого рассадника расизма.
Вместе с тем он с большой грустью покидал Атлантский университет, работе в котором отдал лучшие годы своей жизни. Здесь оставались его близкие друзья, многочисленные ученики, подготовленные им за тринадцать с лишним лет работы в университете. И главное, он вынужден был прекратить свои социологические исследования.
В трилогии Дюбуа «Черное пламя» выведен образ доктора Бургхардта, профессора Атлантского университета, который из-за несогласия со взглядами Букера Вашингтона вынужден был покинуть университет. В Бургхардте легко найти черты самого Дюбуа. В сцене, где описывается уход Бургхардта из университета, он говорит; «Я отказываюсь от заветной мечты… Я хотел подняться над суетой жизни и с высоты своего положения направлять мир к Правде — в той области, где он более всего в ней нуждается, где без нее он погибнет. Я твердо верил, что если в течение длительного времени регулярно и со все большей точностью наблюдать за действиями и поступками людей, то социология может стать наукой такой же точной, как физические науки».
На склоне лет, возвращаясь к оценке событий, связанных с его работой в Атлантском университете, Дюбуа писал: «Так моя работа в Атланте и мои мечты о решении негритянской проблемы с помощью научных исследований потерпели крах. Я начал остро ощущать, какие трудности создавали для Атлантского университета мои взгляды и поступки».
Дюбуа был вынужден покинуть Атлантский университет, работе в котором было отдано столько сил и творческого вдохновения. Причиной, побудившей его принять это решение, были не только огромные трудности, возникшие в работе после ссоры с Вашингтоном, но и нежелание быть кому-то в тягость. Для Дюбуа всегда было характерно обостренное чувство собственного достоинства, он не мог оставаться там, где по тем или иным причинам не хотели его присутствия или не могли разрешить ему остаться.
Помимо этого, как указывалось выше, в 1909 году был создан Негритянский национальный комитет, переименованный в 1910 году в Национальную ассоциацию содействия прогрессу цветного населения — НАСПЦН, на работу в которую Дюбуа был приглашен. Он принял сделанное ему предложение потому, что главной своей задачей, целью жизни считал борьбу за освобождение негров от угнетения. Этой важнейшей задаче он подчинял всю свою многогранную деятельность, а создание НАСПЦН, как казалось, открывало новые перспективы для негритянского движения. И до перехода на работу в НАСПЦН Дюбуа самым активным образом участвовал в выполнении тех задач, которые ставила перед собой эта организация, а кратко говоря, она сводилась к борьбе за равноправие негров.
Отъезд из Атланты подводил черту под важным периодом жизни Дюбуа. Шестнадцать лет он отдал научно-исследовательской и педагогической работе, одновременно ни на один день не прекращая борьбы за разрешение негритянской проблемы. Дюбуа было уже за сорок. Как писал биограф Дюбуа: «Годы не брали его. Шевелюра Дюбуа основательно поредела, но быстрые, нетерпеливые движения и подтянутая, энергичная фигура были как у молодого человека. Если он был старше своих лет, когда приехал в Атланту, то в 1910 году, покидая ее, Дюбуа выглядел моложе своих лет».
Жена Дюбуа, о которой он писал как о прекрасной темноглазой красавице, унаследовала все качества своей матери немки-домохозяйки. Она была прекрасной матерью, заботливой хозяйкой и не более.