Гл. 3. Всякий христианин, хорошо знакомый со своею верою, не может не сказать о Божественном Начальнике своей веры то же, что сказал ему Никодим: вем, яко от Бога пришел ecu Учитель: никтоже бо может знамений сих творити, яже Ты твориши, аще не будет Бог с ним, Магометы и другие сектанты, основавшие свои религии, никак не годятся в сравнение какое-нибудь с нашим божественным Основателем веры. Слова и дела обнаруживали в них людей, притом со слабостями людскими, но никак каких-нибудь высших, неземных существ. Спаситель отвечает Никодиму прямо на его тайное желание — узнать, как можно спастись или наследовать Царствие Божие, которое Господь проповедовал: аминь, аминь глаголю тебе: аще кто не родится свыше, не может видети Царствия Божия (ст. 3). Никодим с недоумением спрашивает: «Как может родиться человек, будучи стар. Разве может он в другой раз войти в утробу своей матери и родиться?» Какие детские понятия! Учитель Израилев не знает другого рождения, кроме плотского. Вот на какой степени стояли понятия о духовных предметах людей, современных Спасителю! Господь поясняет ответ Свой Никодиму: аминь, аминь глаголю тебе: аще кто не родится водою и Духом, не может внити в Царствие Божие: рожденное от плоти плоть есть (как, например, вот ты, Никодим, не знающий почти ничего, кроме плотского), и рожденное от Духа дух есть. (Кто родился от Духа, тот уже возвышается над плотским, отлагает плотские понятия и воспринимает духовные). Не дивися, яко рех ти: подобает вам родитися свыше. И ныне, вероятно, многие удивятся, когда им скажут: вам следует родиться духовным образом — свыше. Но это — сущая правда. Они не должны удивляться. Дух, идеже хощет, дышет, и глас Его слышиши, но не веси откуду приходит и камо идет: тако есть всяк человек рожденный от Духа (ст. 8). Рождение от Духа Божия совершается таинственно, неприметным для человека образом; возрожденный слышит, ощущает действия Духа Божия, но не знает, откуда приходит к нему благодатное посещение и куда скрывается (подобно как веяние ветра). Никодим говорит: «Как может быть это? » — то есть удивляется, недоумевает, не доверяет, как это все может случиться. Спаситель с упреком говорит ему: «Ты учитель Израилев, почиваешь на законе и между тем не знаешь этого. Истинно, истинно говорю тебе, что Мы (Троичность?) говорим то, что знаем, и свидетельствуем о том, что видели, и вы свидетельства Нашего не принимаете. Если Я о земном сказал вам, и вы не веруете, то как уверуете, если Я скажу вам о небесном? А Я постоянно на небе (Сый на небеси) и пришел научить вас небесным истинам, открыть вам небесную волю. Никто никогда не восходил на небо, кроме Того, Кто сошел с неба, то есть Сын Человеческий, Сущий на небе (следовательно, Кто лучше может знать небесные истины?). Вы не верите, каким образом может родиться человек духовным образом, будучи, например, старым; вы не верите даже этой, земной, на ваших глазах бывающей истине; но я скажу вам еще важнейшую, небесную истину, которой вы еще меньше поверите. Сын Человеческий, Сый на небеси и в то же время сшедый с небесе, должен для спасения человеческого вознестись на Крест, как Моисей вознес змию в пустыне — да всяк веруяй в Онъ не погибнет, но иматъ живот вечный. Тако бо возлюби Бог мир, яко и Сына Своего Единороднаго дал есть, да всяк веруяй в Онъ не погибнет, но иматъ живот вечный. Не посла бо Бог Сына Своего в мир, да судит мирови, но да спасется Им мир. Веруяй в Онъ не будет осужден: а не веруяй уже осужден есть, яко не верова во имя Единороднаго Сына Божия. Сей же есть суд, яко свет прииде в мир, и возлюбиша человецы паче тму, неже свет: беша бо их дела зла. Всяк бо делаяй злая ненавидит света и не приходит к свету, да не облачатся дела его, яко лукава суть: творяй же истину, грядет к свету, да явятся дела его, яко о Бозе суть соделана (ст. 15—21).
Как премудро Господь наставляет учителя Израилева. Прежде преподает ему истину о духовном рождении, которое необходимо для того, чтобы принять и усвоить умом и сердцем новое, небесное, благодатное учение; и в самом деле, просвещение от Духа Божия необходимо для усвоения верою и делами истины о беспредельной любви Божией к роду человеческому, сошествии на землю Сына Божия ради спасения человеков, о Его страданиях и смерти; о Сыне Божием как о Свете мира и о страшной тьме, в которой находится мир. Затем Господь научает его высочайшим истинам христианства, сейчас упомянутым.