Церкви всё это очевидно не нравилось, и сперва на юг отправляли папских легатов (посланников), которые пытались увещевать людей, читали проповеди в церквях, уговаривали местных феодалов не поддерживать еретиков. Но получалось у них плохо. В конце XII века один папский легат жаловался, что люди на улицах в ответ на его проповеди показывали ему палец (можно догадаться, какой), предлагая убраться. Вразумить население пробовали самые разнообразные проповедники. Святой Доминик, основатель ордена доминиканцев, выступал в церквях, и пока он просто обличал пороки, его внимательно слушали, но когда принялся за катар, люди стали выходить из храма, и вскоре он остался один. Не привыкший к подобному, он вышел на улицу и начал проповедовать там, однако стоявшие рядом рыцари застучали оружием по щитам, и паства ничего не слышала. В начале XIII века очень энергичный и властный папа римский Иннокентий III отправил своего очередного посланника, Пьера де Кастельно, к Раймунду VI Тулузскому – увещевать его и потребовать, чтобы тот прекратил покровительствовать катарам. Граф Тулузы не хотел ссориться с папой, хотя явно симпатизировал катарам. Известно, что однажды он тяжело заболел вдалеке от своего дворца и, несмотря на запрет врачей перевозить его, потребовал, чтобы его срочно доставили в Тулузу (вероятно, желая перед смертью пройти обряд утешения). Открыто он не выражал своего отношения к катарам, вилял, обещал бороться с ними, но ничего не делал. В итоге папского посланника Кастельно нашли убитым, и это стало для церкви последней каплей – и поводом для очередного крестового похода.
Крестовый поход, инициированный в 1209 году папой Иннокентием III, был удивительным: крестоносцы отправились не в Святую землю, подняли оружие не против мусульман, а против катар. Историки называют ту военную кампанию Альбигойскими войнами (или Альбигойским крестовым походом), потому что важной вехой в ней стало взятие города Альби. В любом случае событие это было доселе невиданное: крестовый поход против своих же, христиан, которых, правда, церковь своими не считала. Альбигойские войны, страшные и кровавые, растянулись на несколько десятилетий, и дело там было, конечно, не только и не столько в религии. Север выступил против Юга и разорил, опустошил, буквально раздавил его. Известна история о том, что при осаде Безье одного из папских легатов спросили, как при взятии города отличить хорошего христианина от еретика, а тот якобы ответил: «Бейте всех, Господь узнает своих». И действительно, вырезали целые города, выжигали деревни, вытаптывали поля. Раймунд VI ушел в изгнание, потом вроде бы вернулся, но после его смерти сын, Раймунд VII, продолжал покровительствовать еретиками, и в конце концов его заставили покаяться, публично унизив.
Когда крестоносцы осаждали город Каркассон, его молодой правитель Раймунд Роже Транковель пошел на переговоры, но с ним поступили совершенно невероятно: его захватили в плен, что было нарушением рыцарской чести. В плену он прожил недолго и вроде умер от болезни, но поговаривали, будто его убили. В итоге Каркассон пал, как и многие другие города. Длилось всё это очень долго, катар постепенно вытесняли, они уходили всё дальше и дальше – ведь им надо было сохранить Совершенных (если Совершенные исчезнут, то некому будет проводить посвящение, что в конце концов и произошло в XIV веке). Катары нашли убежище в крепости Монсегюр, расположенной на практически неприступной скале. Папа римский не раз требовал от графа Тулузы осадить замок, хозяин которого укрывал у себя катар. Но в итоге катарскую цитадель осадили крестоносцы. Осажденные надеялись, что зимой захватчики уйдут, но напрасно. Монсегюр, отрезанный от внешнего мира, сопротивлялся девять месяцев, до марта 1244 года. Крестоносцы смогли подняться по практически отвесной скале до середины горы, захватили размещенный там пост осажденных, поставили катапульту и начали обстреливать замок, после чего катары поняли, что деваться некуда, и пошли на переговоры. Им дали две недели на то, чтобы сдаться, и пообещали сохранить жизнь тем, кто отречется от веры. Однако никто не отрекся, более того – многие люди, находившиеся в замке, прошли обряд утешения, став катарами в последний момент. Сегодня рядом с горой стоит крест – на том месте, где, как считается, сожгли несколько сотен катар.