Во времена Клисфена эта система, как и многое другое, претерпела значительные изменения. В результате реформы, проведенной им в 507 г. до н. э., были созданы 10 полков, каждый из которых состоял из членов одной филы, которыми в более позднее время (а возможно, и с самого начала) командовали люди, называвшиеся
Полководцев избирали ежегодно. Но даже в демократических Афинах, жители которых слишком полагались на жребий, служивший способом назначения магистратов, при котором все получали равные возможности, не считали его подходящим способом избрания успешных военачальников. Когда от каждой филы выдвигались кандидаты, все граждане голосовали по каждой кандидатуре, вследствие чего военачальники в первую очередь были ставленниками города, а не фил. Человека могли переназначать до тех пор, пока жители города доверяли ему. Рекорд принадлежит Периклу, которого последовательно переизбирали 15 раз. Естественным следствием этого стало то, что звание военачальника очень быстро превратилось в политическую награду для амбициозных афинян и получавший его человек стал выполнять более широкие, чем руководство войсковыми подразделениями, функции, связанные с исполнительной властью. Архонты, высшие должностные лица в Афинах эпохи архаики, стали терять свою значимость. После битвы при Марафоне в 490 г. до н. э. полемархи вообще перестали участвовать в сражениях.
Полководцами становились представители самых богатых и старинных семейств, если не считать не обладавшего знатным происхождением Клеона, занимавшего эту должность на протяжении непродолжительного времени вплоть до своего поражения и гибели в битве при Амфиполе в 422 г. до н. э. То, что ее занимали в основном представители аристократии, делало пребывание в ней рискованным – после поражения всегда возникает желание свалить вину на некомпетентность или предательство командиров. Афиняне были особенно склонны поддаваться этому соблазну, так как их военачальники происходили из социального слоя, отличного от тех, к которым принадлежало большинство граждан и практически все их предводители. Соответственно, история Афин конца V–IV в. до н. э. полна судебных разбирательств и приговоров, вынесенных полководцам, не сумевшим добиться успехов, и многие из них, несомненно, были незаслуженными. Но, несмотря на все сопряженные с ней риски, эта должность влекла за собой славу, которой жаждали греки, а в верхушке афинского общества по-прежнему была сильна традиция, связанная с занятием государственных должностей. Известно несколько семейств, в которых должность военачальника последовательно передавалась из поколения в поколение на протяжении значительного промежутка времени. Человеку, участвовавшему в судебном процессе по какому-то другому обвинению или в связи с другим делом, могло помочь заявление о том, что его отец или кто-то из предков был военачальником. Эти семьи, как и те, из которых избирались древнеримские консулы, не сделали данную должность наследственной, но сам по себе факт существования такой традиции важен.