Помимо этого, в Спарте был особый военачальник, командовавший флотом, которого назначали ежегодно. Эта должность появилась еще до Пелопоннесской войны, а значит, хотя спартанский флот и не мог сравниться с афинским, он был достаточно многочисленным для того, чтобы постоянно нуждаться в руководстве. В начале войны этот «адмирал» иногда командовал не морскими, а сухопутными войсками. Но на смену этому неудачному эксперименту вскоре пришло назначение гармостов. Ближе к концу войны, когда боевые действия в основном разворачивались на востоке Греции, ежегодно назначавшийся «адмирал» обрел практически полную самостоятельность, так как находился слишком далеко от дома для того, чтобы все его действия можно было контролировать. Некоторые из них, в первую очередь грозный Лисандр, на протяжении нескольких лет затмевавший всех остальных спартанцев, включая царей, самостоятельно вели политические игры.
Основными соперниками во время Пелопоннесской войны были Афины и Спарта, но формально она велась между двумя союзами, в связи с чем возникают вопросы о природе древнегреческих союзов и объединений. Союзники Спарты принимали активное участие в военных действиях; отношения между афинянами и их союзниками были крайне важны в течение всей войны, вопрос заключался в том, смогут ли спартанцы вызвать в Афинской морской державе и поддержать широкомасштабное восстание.
Хотя Спарта и в более ранние периоды вступала в союзы с другими городами-государствами, развитие ее союза можно отнести к середине VI в. до н. э., когда спартанцы отказались от попыток занять и поработить город Тегея в Аркадии и вместо этого заключили с ним союз. Понятие «Пелопоннесский союз» возникло недавно, официальное название этого объединения было простым и расплывчатым – «Спартанцы и их союзники», хотя в письменных источниках их также называют «пелопоннесцами». Вначале этот союз мог основываться на ряде договоров с отдельными городами, по условиям которых Спарта, несомненно, уже была доминирующим партнером. Но к концу VI в. до н. э., возможно из-за сложностей, с которыми спартанцы столкнулись при попытке заставить всех своих союзников в 506 г. до н. э. принять участие в походе против Афин, в союзе появилось некое подобие конституции. Позже Фукидид ссылался на «древние клятвы» о том, что решения должны приниматься большинством голосов городов, и подобное условие свидетельствует о существовании некоей общей договоренности. Геродот сообщает, что в самом конце VI в. до н. э. прошло собрание союзников, на котором был отвергнут план, предложенный спартанцами.
Фукидид описывает процедуру объявления войны афинянам в 432 г. до н. э. гораздо более подробно, чем какое-либо другое событие. Сначала коринфяне, чье недовольство было поводом к войне, привели с собой в Спарту многочисленных представителей союзников, и все они обратились к народному собранию, а затем ушли, чтобы спартанцы могли принять собственное решение. Проголосовав за войну, те созвали формальное собрание своих союзников и поставили перед ними вопрос. Причина этого заключалась в том, что ни одна из сторон не могла принудить другую к участию в войне против ее воли. Союзники не могли быть инициаторами тех или иных политических действий, за исключением неформального представительства, как в случае с коринфянами, но они могли отвергнуть предложение, сделанное им спартанцами. После объявления войны командование силами союза и вся военная стратегия были переданы спартанцам. Ограничить эти полномочия союзники могли, только высказав убедительные аргументы во время полевого военного совета или пригрозив увести своих воинов.