После возвращения Марии в Шотландию вражда между Босуэллом и Мореем усилилась. Будучи одним из самых знатных людей страны, он получил место в Тайном совете, но редко присутствовал на заседаниях, поскольку Морей постоянно преследовал его, не давая передышки. Несколько раз Морей нападал на него и устраивал ему ловушки. Затем, в декабре 1561 г. Босуэлл дал своему сопернику шанс. Он устроил нечто вроде холостяцкой вечеринки с лордом Джоном Колдингемом. Лорд Джон должен был жениться на сестре Босуэлла, Джейн Хепберн[24]
, и друзья решили поздно ночью нанести визит любовнице Аррана в Эдинбурге, даме по имени Элисон Кларк. В прошлый раз их впустили и позволили развлекаться, но теперь им было отказано. Тогда они выбили дверь, что на следующий день привело к столкновению с Арраном и его друзьями. Возникли беспорядки. Когда страсти накалились, на сцене появился Морей, якобы для восстановления порядка.Босуэлла выслали из Эдинбурга, но у него то и дело возникали новые конфликты с Арраном, который в то время мечтал о женитьбе на Марии. Босуэлл, храбрый вояка, преданно защищавший мать юной королевы, высмеивал планы Аррана и оскорблял его. Результатом стал очередной раунд вражды — Мария относилась к Аррану с явным подозрением, но он все же был союзником Морея.
По настоянию Марии они вроде бы помирились, но Арран вел себя как безумный. Он был психически нездоров — просил пилу, чтобы отрезать себе ноги, или нож, чтобы вскрыть вены на запястьях. Теперь он обвинил Босуэлла в измене. В серии непоследовательных заявлений он утверждал, что Босуэлл советовал ему похитить Марию, чтобы жениться на ней. Это были серьезные обвинения, даже если их выдвигал безумец, и предполагаемый заговор требовалось расследовать.
Босуэллу было нечего скрывать. Он добровольно сдался правосудию, и, когда Арран обвинил его в измене, вызвал того на дуэль. В конечном счете все обвинения Аррана были опровергнуты. Но Морей не освободил Босуэлла. Воспользовавшись своим влиянием в Тайном совете, он отправил его в тюрьму — в подземелье Эдинбургского замка. Через три месяца Босуэлл решился на побег. Легенда гласит, что он выломал прутья решетки в своей камере и без веревки спустился по отвесной скале, но скорее всего — хотя это менее романтично — он подкупил кого-то из стражей, который вывел его за ворота.
Босуэлл укрылся в доме своей матери в Хаддингтоне, откуда написал Марии, соглашаясь подчиниться ее воле, но королева сердилась на него за побег из тюрьмы. Несмотря на своеобразное чувство юмора Марии, все удовольствие от грубых шуток Босуэлла в адрес Аррана было вытеснено его пренебрежением к правосудию. За такие проступки аристократы наказывались изгнанием и ссылкой, и именно такую судьбу она уготовила Босуэллу. «Любые его действия или слова не смогут повлиять, — писал Рэндольф Сесилу, — на ее решение по меньшей мере выдворить его из страны».
Все это случилось незадолго до того, как Гордоны были разбиты Мореем в сражении при Корричи. Брат Марии достиг вершины власти. По мнению Босуэлла, он обманывал сестру, удовлетворяя жажду личной мести под прикрытием установления законности и порядка. Пострадал даже Шательро — его цитадель в Дамбартоне была захвачена Марией по совету ее брата-интригана. Опасаясь, что станет следующим, Босуэлл решил уехать сам, и в конце декабря 1562 г. сел на корабль, отправляющийся на континент. Когда об этом сообщили Марии, она устроила скандал, настаивая на том, чтобы Босуэлл понес наказание.
Казалось, с Босуэллом покончено. Морей вроде бы одержал легкую победу. Но через месяц Мария затеяла интригу со своим браком с доном Карлосом. Охладев к Морею, она отправила Мейтланда с поручением в испанское посольство в Лондоне. Мария все больше сопротивлялась попыткам Англии запугать ее. И в такой ситуации она стала более благосклонно относиться к националисту и англофобу Босуэллу.
Первым перемену заметил Рэндольф. Мария спросила, где находится Босуэлл. Она хотела его вернуть, чтобы «держать его про запас, хотя бы и в тюрьме, и использовать в любого рода неприятностях, которые могут возникнуть». Эта фраза — показатель отношения Марии к Босуэллу в течение двух последующих лет. В качестве раздражителя — и Англии, и Морея — Босуэлл мог оказаться бесценным. В данном отношении его пренебрежение законом могло считаться его преимуществом.
Дело осложнялось неопределенностью сведений о передвижениях Босуэлла. Считается, что он оставался в ссылке до марта 1565 г., когда на короткое время вернулся, но был вынужден снова укрыться во Франции. В действительности он периодически посещал Шотландию, особенно в 1564 г., когда тайно встретился с Марией в Данбаре. Этот факт соблазнительно использовать для доказательства романтической связи между Марией и Босуэллом еще до ее брака с Дарнли, но это было бы излишне опрометчиво.