Босуэлл вернулся во Францию, где провел всего лишь несколько недель. В его отсутствие суд признал его виновным, но Мария вмешалась и не дала секретарю суда назначить наказание. В итоге Босуэлл сумел избежать конфискации земель, а дело просто отложили на тот случай, если он будет плохо себя вести в будущем.
Его положение изменилось после того, как Морей восстал против брака Марии с Дарнли. Мария вызвала Босуэлла за десять дней до свадьбы. Она твердо решила отомстить брату за предательство и могла действовать безнаказанно, поскольку уже не зависела от его союзников, чтобы получить поддержку в Тайном совете. Она знала, что Босуэлл идеален в роли мстителя. Вражда между ним и Мореем зашла слишком далеко. В довершение всего Мария также предоставила свободу действий лорду Гордону, сыну и наследнику побежденного графа Хантли, семья которого была полностью уничтожена в сражении при Корричи. Когда Гордоны были атакованы Мореем и лишились своих земель и имущества, лорд Гордон, будучи протестантом, спасся только благодаря заступничеству своего тестя, Шательро. Его отправили не на галеры, а под домашний арест в Данбаре, где он провел более двух лет. Через две недели после вызова Босуэлла Мария освободила Гордона также под честное слово. Об этой милости было объявлено в Эдинбурге, и через два дня он уже явился на аудиенцию к Марии и Дарнли в Холирудский дворец. Гордон снова поступил на королевскую службу, и ему вернули сначала титул лорда Гордона, а затем графа Хантли — со всеми землями и привилегиями, принадлежавшими его отцу. В подтверждение королевской милости требовался еще указ парламента, но Мария твердо решила восстановить все наследственные права Хантли.
И Хантли не остался в долгу. Он не только участвовал в подавлении мятежа, поднятого Мореем и его союзниками, но также объединился с Босуэллом, став его ближайшим другом и союзником, а на следующий год их дружба была скреплена родственными связями — Босуэлл женился на сестре Хантли, леди Джин Гордон.
Когда Морей и его союзники подняли мятеж, для Марии важнее всего было действовать быстро. Вызвав Босуэлла, она не стала ждать его возвращения, а сразу нанесла ответный удар. Бунт следовало подавить в зародыше, и поскольку мятежников поддерживало очень небольшое число лордов, Мария воспользовалась благоприятной возможностью. 26 августа войско было собрано — на выплату жалованья солдатам королева пожертвовала свои драгоценности. Она добилась беспрецедентно быстрого успеха в формировании королевской армии. Мария вышла в поход из Эдинбурга во главе десятитысячного отряда, что в пять раз превышало силы противника. Морей обнаружил, что в этот раз он имеет дело не со старой вдовствующей королевой, страдающей от водянки и опирающейся на непопулярные французские войска, а с очаровательной, энергичной и разгневанной правительницей, которую поддерживают ее подданные.
Поскольку Морея последний раз видели в Эршире, Мария направилась именно туда через центральную часть Шотландской низменности. Несмотря на ветер и проливной дождь, они с Дарнли продвигались довольно быстро. В седельной кобуре королевы находился пистолет, голову венчал стальной шлем; рядом с ней Дарнли красовался в позолоченной кирасе. Мария ощущала себя в своей стихии и пребывала в прекрасном настроении. В военной кампании, которая получила меткое название «загонный рейд», поскольку Мария постоянно гнала противника перед собой, инициатива с самого начала принадлежала королевским войскам. Как сообщал Рэндольф, «королева преследует мятежников так плотно и с такой силой, увеличившейся в разы благодаря ее мушкетерам, что не дает им времени для отдыха ни на одном месте». Даже Нокс был вынужден признать ее отвагу. «Несмотря на утомительность этого предприятия, — писал он, — храбрость королевы сравнялась с храбростью мужчин, она всегда была в первых рядах».
В Эре к Морею присоединились все мятежные лорды, за исключением Аргайла. Они объединили свои отряды, а когда услышали о приближении Марии, двинулись в противоположном направлении. 31 августа они вошли в Эдинбург, надеясь захватить город до прихода королевских войск. Но жители остались верны Марии и против мятежников повернулись все пушки замка. Обескураженные мятежники отступили на 50 миль к западу и 5 сентября подошли к Дамфрису. Мария едва не перехватила их 4 сентября, но, когда им удалось незаметно проскользнуть мимо нее, она не стала их преследовать и вернулась в Эдинбург, чтобы пополнить свое войско и дать ему отдохнуть.