Рутвен и другой заговорщик кололи кинжалами Риццио, спрятавшегося за спиной Марии. Впоследствии она говорила, что лезвия проходили так близко от нее, что она «чувствовала холод стали». Дарнли пребывал в смятении. Выдвигалось предположение, что одной из целей заговора было убить Марию, или, по крайней мере, спровоцировать выкидыш — королева была на седьмом месяце беременности. Это абсолютно неправдоподобно, поскольку если бы с Марией что-то случилось, план Дарнли провалился бы. Дарнли еще не получил «брачную корону» и мог претендовать на нее до тех пор, пока был мужем Марии. Если ее убьют, его титул короля-консорта умрет вместе с королевой, а трон перейдет к наследнику первой очереди — изгнанному герцогу Шательро, смертельному врагу Леннокса и Дарнли. Гибель Марии имела смысл только в том случае, если бы заговор назначили после коронации Дарнли или после рождения ребенка. Тогда Дарнли остался бы королем или был назначен опекуном, но в любом случае сохранил бы свое положение. В противном случае он и его отец не продержались бы и шести месяцев. Все фракции объединились бы против них — убили или вынудили отправиться в ссылку.
Рутвен схватил Марию и передал ее Дарнли, сказав, чтобы она не боялась. «Все это делается, — тщетно пытался он успокоить ее, — с ведома и от имени короля». Риццио, спрятавшегося в алькове, вытащили из столовой, куда уже набились люди Мортона, вооруженные пистолетами. Один из них направил заряженный пистолет на Марию, чтобы она не бросилась на помощь несчастному Риццио, когда его тащили из комнаты. Рутвен приказал, чтобы Риццио спустили по тайной лестнице в покои Дарнли, но его голос утонул в общем шуме. Возникла давка. Риццио вытолкнули в приемную, где ждали остальные заговорщики. Они бросились вперед и принялись яростно колоть его кинжалами прямо перед дверью на главную лестницу. Дарнли отказался участвовать в резне, и один из заговорщиков схватил его кинжал, чтобы нанести смертельный удар. Кинжал Дарнли остался вколотым в труп, указывая на участие супруга королевы в заговоре.
Тем временем Марию парализовал страх, что ее тоже убьют. Сохранилось ее письмо с описанием событий, отправленное в Париж. Убийцы, рассказывала она, ворвались к ним, схватили Риццио и «со всей жестокостью вытолкали его из комнаты, и у входа в наши покои нанесли пятьдесят шесть ударов кинжалами и мечами».
Убедившись, что Риццио мертв, убийцы удалились, а Мортон спустился по лестнице, чтобы запереть ворота и двери дворца. В помещениях выставили стражу, а черный ларец Марии с шифрами и тайной корреспонденцией забрали из комнаты Риццио и вернули ей.
Чем рассказ Марии отличается от других рассказов, так это описанием дальнейших намерений заговорщиков. Она была убеждена, что план состоит из двух этапов: сначала убийство Риццио, а затем дворцовый переворот, во время которого убьют Босуэлла, Хантли и графа Атолла, которые командовали ее войском во время «загонного рейда». Сэр Джеймс Бальфур, которому покровительствовал Дарнли, якобы также присутствовал в списке на уничтожение. Его должны были «удавить», чтобы он не смог раскрыть истинного масштаба предательства Дарнли. Босуэлл и Хантли в это время были во дворце. Они слышали шум в башне Якова V, догадались, что им грозит опасность, и сбежали через окно, спустившись по веревке. Атоллу и Бальфуру также удалось ускользнуть, избавив себя от неприятностей.
В столовой Мария была вынуждена слушать наставления. Рутвен откровенно высказал, что он и его сторонники думают о ней. По версии Марии, он заявил, что «они в высшей степени оскорблены нашими деяниями и тиранией, которые больше невозможно терпеть; тем, что нашим доверием злоупотребил вышеупомянутый Давид… когда мы принимали его советы по поддержке старинной [католической] веры и лишению собственности изгнанных лордов, по разрушению дружбы с иностранными [католическими] правителями и странами, нашими союзниками, по введению в Совет лордов Босуэлла и Хантли». Версия Рутвена несколько отличалась. По его свидетельству, главное обвинение состояло в том, что Мария «правила вопреки мнению Ваших лордов и советников, и против тех знатных людей, которые были изгнаны». На что с вполне обоснованным сарказмом Мария возразила, что Рутвен сам был членом ее тайного совета после низвержения старшего графа Хантли три года назад!
Независимо от того, чей рассказ точнее, Марии предъявили претензии, и ее собственный рассказ подтверждает, что она понимала цели заговорщиков, а также сложившуюся ситуацию. Она расплакалась, но отказывалась разговаривать в таком тоне. Повернувшись к Дарнли, она спросила: «Почему Вы позволили так поступить со мной, учитывая, что я подняла Вас из низкого сословия и сделала Вас своим мужем. Какое преступление я совершила против Вас, что Вы так опозорили меня?»