Попав в Англию, Мария Стюарт настойчиво добивалась встречи с Елизаветой, полагая, что сумеет расположить ее к себе. Однако Елизавета не стремилась выступать в поддержку соперницы. Сложность заключалась также и в том, что английская королева не могла открыто поддержать лордов-протестантов, вынудивших Марию отречься от престола, – срабатывала, так сказать, «классовая» солидарность. Поскольку решительные меры в сложившейся ситуации были исключены, Елизавета сочла за благо как можно дольше оттягивать свидание с пленницей под предлогом, что ей нужно сперва уяснить, насколько справедливы слухи о безнравственности Марии, которую обвиняли и в изменах Дарнли, и в его убийстве, – как непорочная королева-девственница, английская государыня якобы боялась унизить себя встречей с неподходящей собеседницей. Марии пришлось проглотить это оскорбление и раз за разом пытаться представлять Елизавете доказательства своей невиновности.
Тем временем почти всех слуг, прибывших с Марией в Англию, одного за другим отправляли на родину, а королеву перевозили из одного неуютного замка в другой, где она неизменно находилась под бдительным надзором хозяев-тюремщиков. Положение несчастной пленницы тревожило католиков как в Англии, так и за ее пределами. Друзья Марии составляли хитроумные заговоры, чтобы вызволить ее из заточения, но благодаря шпионам Елизавете неизменно удавалось упредить действия католиков.
В 1569 г. на севере Англии началось восстание под руководством графов Нортумберленда и Уэстморленда. Они намеревались освободить Марию, низложить Елизавету и возвести шотландку на английский престол. Впрочем, мятежники были готовы довольствоваться и меньшим: им было достаточно, чтобы незамужняя Елизавета провозгласила Марию своей преемницей. При этом предполагалось, что Мария выйдет замуж за Томаса Говарда, герцога Норфолка (старшего сына поэта Генри Говарда, графа Сарри), который должен был возглавить мятежников. Совсем недавно Норфолк, в третий раз овдовев, задумал жениться на Марии и вернуть ее на шотландский престол, тем самым добившись для себя королевского статуса. Однако Елизавете стало известно об этом плане, она приказала арестовать Норфолка и 18 октября отправила его в Тауэр. Планы мятежных католиков были нарушены.
Нортумберленд и Уэстморленд медлили в нерешительности, не зная, как поступить дальше. Лишь тогда, когда королева прислала им письменное приказание явиться к ней на суд, графы отважились на бунт. 14 ноября они вместе со своими вооруженными отрядами ворвались в Даремский собор и уничтожили находившиеся там англоязычные Библию и Книгу общей молитвы. После этого они велели отслужить в храме католическую мессу, словно очищая от скверны его древние стены. Эта месса стала последним в тюдоровской Англии публичным богослужением, проведенным по католическому обряду. Елизавете I пришлось отправить войска на усмирение мятежников. Обоим графам пришлось спасаться бегством из страны, в то время как их сообщников постигло суровое наказание. Но оно могло бы быть гораздо более жестоким. Так, герцог Норфолк был вскоре выпущен из Тауэра под домашний арест: даже карая врагов, Елизавета старалась соблюдать чувство меры.
В Шотландии, куда прибыли мятежные графы, вновь усилились позиции католиков. В январе 1570 г. был убит протестант граф Морей, правивший королевством как регент от имени малолетнего Якова VI. В Италии давний недруг Елизаветы папа Пий V потирал руки, предчувствуя скорую победу над английскими протестантами. В апреле 1570 г. он отлучил Елизавету от церкви и своей властью освободил ее подданных от присяги на верность королеве. Папе было очевидно, что пока Елизавета остается на престоле, Англия никогда не вернется в лоно римской церкви.
Орден иезуитов буквально наводнил Англию шпионами-миссионерами, которые останавливались в домах католиков и тайно служили мессу: многие англичане по-прежнему оставались верны нереформированной религии. Однако подавляющее большинство, особенно более молодое поколение, связывало католицизм с бесчеловечными жестокостями, творившимися инквизицией в царствование Марии Кровавой. Память об этом привила большинству нации иммунитет к папизму.
После смерти Морея регентом Шотландии стал дед короля Якова граф Леннокс. Он был протестантом, однако католики в Шотландии по-прежнему были сильны, и с ними приходилось считаться. Зная, каким влиянием пользуется в Шотландии Франция, Елизавета затеяла фарс с выбором жениха из королевского дома Валуа (впервые мысль о французском браке королевы возникла еще в середине 1560-х годов, причем в качестве потенциального супруга рассматривался семнадцатилетний король Карл IX). Однако такие игры с католическими правителями не могли устранить проблему, лишь отсрочивая принятие решения. Католические заговоры против Елизаветы продолжались.