Император Николай I в личном письме в 1844 году предложил Воронцову занять должность наместника на Кавказе и главнокомандующего отдельным Кавказским корпусом с неограниченными полномочиями, с сохранением должности Новороссийского и Бессарабского генерал-губернатора. 62-летний генерал согласился и 24 марта прибыл в Тифлис, а 26 марта приступил к исполнению новой должности.
В мае главнокомандующий выступил с войсками в Даргинскую экспедицию, которая через 2 месяца тяжелого похода завершилась взятием аула Дарго — опорного пункта Шамиля. За этот поход Воронцов был возведен в княжеское достоинство и назначен шефом Куринского егерского полка. Позднее он отказался от длительных военных экспедиций и действовал методично, сочетая гражданское и хозяйственное обустройство края с частными военными операциями.
На Кавказе национальный вопрос имел большое значение. Воронцов понимал это и укреплял дружеские связи между русскими и местными жителями. Значительная часть жителей Кавказа были мусульмане. До них доходили слухи о том, как уважительно относился наместник к вере крымских татар. Они шли к нему и находили понимание, а он всячески стремился сохранить местные традиции, обычаи, исторически сложившиеся порядки.
Образовав Черноморскую береговую линию укреплений и перекрыв торговлю турецким купцам с горцами, русское правительство превратило укрепления в торговые центры, которые могли бы восполнить нужду местного населения в промышленных товарах и соли, доставляемой ранее из Турции.
Комитет по делам Закавказского края 11 мая 1844 года рассмотрел записку министерства финансов «Об устройстве торговли на восточном берегу Черного моря». Своим решением он установил максимально упростить таможенный осмотр иностранных судов, прибывающих в Новороссийскую и Сухумскую бухты, уменьшить с них торговые сборы, а также учредить в этих портах беспошлинную складку товаров.
По представлению министра финансов, император Николай I своим указом от 30 июня 1845 года повелел до окончательного разрешения общих предложений по устройству торговли, таможен и карантинов на восточном берегу Черного моря в виде временной меры открыть в Новороссийске, на северо-восточном берегу Черного моря, порт для приема приходящих из-за границы судов российских и иностранных. Застава в Новороссийске открылась 1 января 1846 года. Было установлено, что для пособия городам Анапе и Новороссийску ежегодно отчислять в их пользу в продолжение 30 лет пятую часть таможенных сборов. Готовились документы на упорядочивание таможенного регулирования торговли, что должно было повлиять на снижение контрабандной торговли.
Осенью 1846 года действительный тайный советник Степан Васильевич Сафонов, состоявший директором гражданской канцелярии при Кавказском наместнике князе Михаиле Семеновиче Воронцове, был командирован из Тифлиса для личных объяснений с императором Николаем I о преобразовании карантинно-таможенного управления на Кавказе и составлении нового тарифа для Закавказского края.
В 11 часов 45 минут двери в кабинет отворились, вышел камердинер и сказал Сафонову:
— Пожалуйте к государю.
После коротких приветствий и обмена любезностями, государь поинтересовался здоровьем князя Воронцова, а потом поднял папку, лежавшую перед ним, и, слегка пошевеливая ею, сказал:
— Ну, ты привез много важных предложений. Я только слегка успел пробежать бумаги, но потом прикажу князю Барятинскому дать им надлежащий ход. Я должен тебя предупредить, что против их есть много возражений со стороны министров и замечаний собственно от меня. Очень буду рад, если ты мне прояснишь и, хотя бы отчасти, переменишь мое убеждение.
Сафонов готов был сразу же возразить, но смутился и начал подробно объяснять ситуацию:
— Единственное возражение против льготной торговли за Кавказом заключается в жалобах московских фабрикантов. Но показания их неимоверно увеличены, и я надеюсь, что при рассмотрении данных чисел это будет указано. По всем сведениям, собранным самым аккуратным образом, оказывается, что вместо 5 миллионов рублей ввозится только, по собственным показаниям купцов, приблизительно на 2,5 миллиона. Как мне говорили некоторые тифлисские купцы, эти показания преувеличены ими по той причине, что всякий купец всегда старается показать, что он торгует на гораздо больший капитал, нежели есть в самом деле, для поддержания своего кредита. Убавив из этой суммы те товары и те произведения, которые шли, идут и будут идти ежегодно из России за Кавказ, как например: железо, сталь, стекло, полотно и прочее, увидим, что показания московских фабрикантов уменьшаются в значительной степени, а при тщательном рассмотрении окажутся совершенно ничтожными.