Однако и в руководстве страны порой брали верх антицерковные настроения. Это происходило вследствие того, что русская православная церковь, как правило, активно приветствовала приход белых армий и поддерживала антисоветские настроения среди населения в тылу Красной армии. Были случаи, когда священники активно участвовали в подрывной антисоветской деятельности. Это в значительной степени объясняло «указание» В.И.Ленина от 1 мая 1919 года о том, что следует, «как можно быстрее покончить с попами и религией».
При этом следует учесть, что со времен Французской революции церковь повсеместно воспринималась революционерами как оплот реакции и деспотии. Отделение церкви от государства расценивалось с начала XIX века многими передовыми людьми того времени как первое и необходимое условие освобождения народа от пут обскурантизма, социального и политического гнета. Во многих странах мира борьба против религии была тесно связана с борьбой за просвещение широких масс и их социальное освобождение. Порой эта борьба перерастала в войну, в ходе которой и верующие, и их противники не знали пощады друг к другу. Так, во время президентств Обрегона (1920-1924) и Кальеса (1924-1928) в Мексике развернулась настоящая война против католической церкви и ее сторонников – «кристерос». О том времени, когда в Мексике правительственные войска поголовно уничтожали не только священников, но и верующих, ярко рассказал в своем известном романе «Власть и слава» английский писатель Грэхэм Грин, верный сын католической церкви.
Хотя несмотря на грозное «указание» церковь не была объявлена вне закона, многие священники пали жертвами антирелигиозной кампании, а церкви во многих городах и селах были закрыты. Поскольку подавляющее большинство населения, особенно в деревнях, составляли верующие, эта кампания нанесла серьезный урон престижу советской власти, особенно среди крестьянства.
Непонимание крестьянства усугублялось в южных районах страны откровенно враждебным отношением к казакам, часть которых поддержала антисоветские мятежи еще в конце 1917 года. 24 января 1919 года председатель ВЦИК Я.М. Свердлов подписал циркулярное письмо, в котором говорилось: «Необходимо, учитывая опыт Гражданской войны с казачеством, признать единственно правильным самую беспощадную борьбу со всеми верхами казачества путем поголовного их истребления». Курс на «расказачивание» привел к массовым репрессиям и казням.
Нечто подобное происходило в ходе Вандейских войн, когда революционные власти вели огульную кампанию истребления населения мятежных провинций Франции. В то же время советские власти осознавали необходимость перелома в своих отношениях с большинством крестьянства. Ленин писал:
И все же первая советская конституция, принятая на V Всероссийском съезде Советов, закрепила неравное распределение власти между рабочими и крестьянами, Сельские Советы получали в 5 раз меньше мест на Всероссийском съезде Советов по сравнению с городскими Советами. Кроме того, выборы были открытыми и многоступенчатыми. Лица, объявленные представителями свергнутых эксплуататорских классов, лишались права голоса. Правда, они составляли не более 2-3 % от взрослого населения России.
Ленин объяснял: «Мы не обещаем, что Конституция обеспечивает свободу и равенство вообще. Свобода, – но для какого класса и для какого употребления? Равенство, – но кого с кем? Тех, кто трудится, кого эксплуатировала десятки и сотни лет буржуазия и кто сейчас борется против буржуазии? Это сказано в Конституции: диктатура рабочих и беднейшего крестьянства для подавления буржуазии».
Первая советская конституция и политика советского правительства в первые месяцы после Октябрьской революции были подвергнуты суровой критике со стороны бывших вождей II Интернационала. В своей книге «Диктатура пролетариата», написанной летом 1918 года, Карл Каутский возмущался лишением советской конституцией избирательных прав тех, кто имел наемных рабочих. Осуждал Каутский и исключение правых эсеров и меньшевиков из состава ВЦИК. Каутский высказывал сомнение в том, что советская власть принесла блага трудящимся России. Он писал: «Сомнительно, получил ли русский пролетариат в смысле действительных завоеваний, не декретов, в Советской республике больше, чем он получил бы от Учредительного собрания, в котором, точно так же, как и в Советах, преобладали социалисты, хотя и другой окраски… Советская власть через девять месяцев своего существования, вместо того, чтобы распространять всеобщее благосостояние, оказалась вынужденной объяснять, от чего происходит всеобщая нужда».