Поддерживая суровые меры борьбы против контрреволюции, Ленин говорил: «Я рассуждаю трезво и категорически: что лучше – посадить в тюрьму несколько десятков или сотен подстрекателей, виновных или невиновных, сознательных или несознательных, или потерять тысячи красноармейцев и рабочих? – Первое лучше. И пусть меня обвинят в каких угодно смертных грехах и нарушениях свободы – я признаю себя виновным, а интересы рабочих и крестьян выиграют». (Правда, когда член коллегии ВЧК Мартин Лацис в журнале «Красный террор» написал: «Не ищите в деле обвинительных улик о том, восстал ли подозреваемый против Советов оружием или словом», Ленин решительно осудил Лациса.)
Несмотря на свое стремление отмежеваться от методов правления буржуазии, сама логика революции и Гражданской войны заставляла советских руководителей идти по тому же пути, по которому шла любая власть в ходе буржуазных революций и гражданских войн в капиталистических странах. Так, в ходе Гражданской войны в США (1861-1865 гг.) создание тайных заговорщических организаций в тылу своих противников и их подрывная деятельность (одной из жертв которой пал президент США Авраам Линкольн) заставляли правительства Севера и Юга принимать меры, которые шли вразрез с правовыми и конституционными нормами американских штатов. Хотя А. Линкольн вошел в историю США как символ борьбы за демократию, именно его правительство разрешило, чтобы лиц, «подозреваемых в нелояльности и шпионаже, арестовывать и содержать в военных тюрьмах без суда в течение неопределенного времени». Десятки тысяч людей были арестованы и заключены в тюрьмы. Аналогичные действия предприняло и правительство Конфедерации.
В то же время усиление в стране охоты за тайными врагами неизбежно порождает обстановку массовой паранойи. По словам персонажа из рассказа Марка Твена, на Севере в годы Гражданской войны «конца не было слухам о шпионах мятежников, – говорили, что они проникают всюду, чтобы взрывать форты, поджигать наши гостиницы, засылать в наши города отравленную одежду и прочее в том же духе». Следствием распространения аналогичных настроений в Советской России стали аресты невиновных людей, случайно заподозренных в подрывной деятельности. По этой причине сбившиеся с пути председатель ВЦИК М.И. Калинин и председатель ЦИК Украины, бывший депутат Госдумы от большевиков Г.И. Петровский были чуть не расстреляны бойцами С.М. Буденного по подозрению, что они – шпионы белых. Да и сам С.М. Буденный, встретив задержанных вождей советской власти, решил по их «внешнему виду», что они или меньшевики, или эсеры. Подобных историй в Гражданскую войну было немало, и не все они кончались так же благополучно.
После многочисленных заговоров и мятежей, измен и предательств членов небольшевистских партий подозрения вызывали все представители свергнутых классов, все члены небольшевистских партий, а также и коммунисты, которые могли стать соучастниками белых. Огульное проведение красного террора не пощадило ни царя, ни членов царской семьи, расстрелянных в Екатеринбурге и в ряде других городов, ни вождей красного казачества Миронова и Думенко, ни многих бывших царских офицеров, ни красных комиссаров, ложно обвиненных в измене делу пролетарской революции.
Хотя небольшевистские социалистические партии не были запрещены, их представительство на Всероссийских съездах Советов неуклонно сокращалось. На VI Всероссийском съезде Советов (6-9 ноября 1918 года) из 1296 делегатов лишь 32 представляли другие партии, а беспартийных было 4. На VII Всероссийском съезде Советов (5-9 декабря 1919 года) из 1011 делегатов коммунистов было 970, беспартийных – 35, революционных коммунистов – 3, боротьбистов – 1, от партии Паолей-Цион – 1, анархистов-коммунистов – 1. На VIII съезде (22-29 декабря 1920 года) из 2537 делегатов коммунистов было 2284, «сочувствующих коммунистам» – 67, беспартийных – 98, меньшевиков – 8, бундовцев – 8, левых эсеров – 2. Хотя небольшевистские социалистические партии оставались в стране, многие из их членов вступали в ряды РКП(б).
У многих руководителей советской власти, особенно у тех, кто всю жизнь прожил в городах и был заражен антикрестьянскими представлениями, почерпнутыми из чтения западноевропейской социалистической литературы, подозрения вызывали и все крестьяне. Секретарь Пензенского губкома В.В. Кураев жаловался делегатам VIII съезда РКП(б): «Мы должны сказать, что поведение органов Советской власти в деревне во многих отношениях совершенно недопустимо».
Негативное отношение значительной части крестьян определялось политикой продразверстки, но усугублялось оскорбительным отношением новых властей к православной вере. Зиновьев возмущался на съезде: «Исполкомы запретили колокольный звон. Или же случалось, что закроют церкви и откроют кинематографы или как-нибудь иначе наступят на ноги местному населению… Нельзя скрывать того факта, что местами слово «комиссар» стало бранным, ненавистным словом».