С 1862 года заключенных стали переправлять из Москвы и других сборных пунктов, например Курска, поездами через Владимир в Нижний Новгород. Поезда, приспособленные для перевозки ссыльных, состояли из вагонов третьего класса с решетками на окнах. Из-за скученности арестанты размещались не только на скамьях, но и под ними, и в проходах: «запечатанные двери и отсутствие вентиляции» брали свое. Путь в 410 верст до Нижнего Новгорода занимал сутки [Белоконский 1887: 80; РГИА. Ф. 1286. Оп. 38. Д. 467 (1877). Л. 34].
К 1860-м годам власти, чтобы ускорить высылку, обратили внимание на сибирские реки. В 1867 году частные подрядчики поставили баржи для перевозки в общей сложности 5434 ссыльных на север по реке Тобол от Тюмени до Тобольска. Человеческий груз, состоявший из 4651 взрослого, 566 детей в возрасте до пятнадцати лет и 126 младенцев, был доставлен в распоряжение Тобольского приказа о ссыльных, который приступил к их распределению по пешим партиям или транспортировочным баржам, в зависимости от их конечного пункта назначения. Тех, кто направлялся в Томск и далее, вновь погрузили на баржи, которые везли их по Иртышу на север, а затем свернули к югу, против течения Оби, чтобы совершить четырнадцатидневное плавание до Томска. Это были поспешно переоборудованные грузовые баржи, оснащенные решетками, чтобы арестанты не прыгали за борт, пытаясь обрести свободу.
Как отмечал один из чиновников, не всегда было возможно отделить одиноких женщин от мужчин. Он также сообщал, что параши находятся прямо в каютах заключенных и «при большом скоплении арестантов воздух в камерах недостаточно очищается» [РГИА. Ф. 1286. Оп. 28. Д. 917 (1867). Л. 80], что было явно слишком мягко сказано.
Однако не все сибирские реки составляли удобную единую систему, так что некоторые участки пути необходимо было преодолевать по суше. Один из таких отрезков пролегал между Пермью и Тюменью, на маршруте, по которому в 1867 году прошли 16 235 осужденных. В том же году предприимчивый купец Алексей Михайлов заключил соглашение с Министерством внутренних дел. Михайлов обязался предоставить лошадей и подводы, рассчитанные на шесть человек каждая, для перевозки осужденных и их семей по 710 километрам Пермско-Тюменского шоссе за 1,5 копейки с «человеко-версты» – цену ненамного ниже той, которую готово было отпускать на эти нужды государство. Михайлов обязался ежедневно перевозить до 120 арестантов и членов их семей в летние месяцы, а зимой – «как можно чаще». Свою деятельность по перевозке заключенных он начал в августе 1868 года [РГИА. Ф. 1286. Оп. 28. Д. 921 (1872). Л. 1–3, 115, 298–300]. Однако, несмотря на все технические и транспортные новшества, правительство не смогло справиться с ростом числа ссыльных, отправляемых в Сибирь. В 1860-х годах в Сибирь прибыло в среднем 11 200 ссыльных и членов их семей; к 1870-м годам среднее число возросло до 16 600, при 48-процентном среднегодовом росте от одного десятилетия к следующему [Ссылка 1900: Приложение 1, табл. 1].
К 1870-м годам перевозка ссыльных в Сибирь обрела промышленные масштабы, и в ней задействовалось все больше рабочей силы и ресурсов. Затраты на ее осуществление росли. К 1869 году на этапах между Нижним Новгородом и Ачинском, городом на границе Западной и Восточной Сибири, служило 56 офицеров, 96 старших унтер-офицеров, 472 младших унтер-офицера, 1851 рядовой и 56 писарей [РГИА. Ф. 1286. Оп. 28. Д. 920 (1869). Л. 122]. Согласно государственному аудиту, проведенному в 1876 году, правительство потратило на перевозку ссыльных в Сибирь 659 841 рубль: 94 527 рублей на провиант, 46 379 рублей на одежду, 429 324 – на транспортные расходы, 69 644 – на лечение больных и т. д. [РГИА. Ф. 1286. Оп. 38. Д. 380 (1877). Л. 5].
«В виду сбережения здоровья людей и сокращения расходов на ссыльную часть» власти в 1867 году решили приостановить высылку в зимние месяцы. Министр внутренних дел Тимашев утверждал, что вытекающие из этого задержки с отправкой были ценой, которую стоило заплатить: