Во времена постоянных конфликтов Коноха и соперничающая с ней деревня Кумо сумели подписать мирный договор. Но однажды ниндзя из Кумо попытались пленить совсем юную Хинату, главу основной ветви. Причина была проста: Кумо хотел захватить власть клана Хьюга, члены которого имели способность видеть на 360° и даже на многие мили. Хиаши, отец Хинаты, спас свою дочь, убив вражеского ниндзя. Для деревни Кумо убийство их ниндзя было лишь предлогом, чтобы потребовать тело Хиаши в качестве компенсации и тем самым получить особую силу бьякуган. Коноха, вынужденная отреагировать, чтобы избежать дальнейшего конфликта, согласилась на это требование. Однако вместо Хиаши решил пойти его брат-близнец Хизаши, отец Неджи. Его намерения были ясны: бьякуганом члена вторичной ветви нельзя было завладеть после смерти его обладателя. Хизаши пожертвовал своей жизнью, чтобы сохранить тайну клана и защитить брата и деревню.
Не зная правды, Неджи долгое время верил, что его отца заставили пожертвовать собой ради главной ветви. Хотя его и огорчало то, что его считали лишь вещью и слугой главной ветви, он не испытывал ненависти к ней за все это. С другой стороны, после потери отца его страдания породили злобу и отвращение к главной ветви, которую он считал виновной в его гибели. С того дня Неджи убедился, что ни один человек не может убежать от своей судьбы, данной ему с самого рождения. Его уверенность в себе росла, а вместе с ней и его способности, из-за чего он стал почти слепым, несмотря на специальные учебные техники. Ежедневно страдая от своей неполноценности в клане, Неджи постепенно стал крайне фаталистичным. Метка на его лбу была главной причиной его веры в судьбу. Он жил с глубоким убеждением, что его путь уже предначертан, и что ход событий невозможно изменить. Считая себя, как и все окружающие, гением, Неджи принижал тех, кто был слаб или отличался от него, таких как Хината, Рок Ли и Наруто. Болезненное чувство неполноценности и слабости, которое он испытывал в собственном клане, заставило его попытаться залечить свои раны, относясь таким же образом к более слабым людям.
Позже Неджи объединился с Роком Ли и Тентен по приказу Гая. По традиции каждой команды, начинающие ниндзя должны были рассказать о себе и своих мечтах. Когда Гай спросил Рока Ли о его мечте, тот, не умея использовать ниндзюцу или гендзюцу, быстро ответил, что хочет стать великим ниндзя, специализирующимся на тайдзюцу, искусстве рукопашного боя. Неджи посмеялся над ним, подразумевая, что, родившись с такой особенностью, он обречен на неудачу. После этого Рок Ли стал воспринимать Неджи как своего соперника, желая доказать, что при упорных тренировках даже неудачник может превзойти гения. Неджи выигрывал каждый бой против Рока Ли, считая, что он никогда не сможет проиграть, как бы Рок Ли ни старался.
Вместе с Роком Ли и Тентен Неджи принял участие в экзамене на чунина, чтобы пройти путь от начинающего ниндзя до ниндзя среднего уровня. В боевом испытании Неджи столкнулся с Хинатой, наследницей главной ветви, которую он ненавидел больше всего на свете. С детства Хината была очень застенчивой и довольно хрупкой – Неджи считал несправедливым, что такая слабачка должна стать наследницей клана Хьюга. Он рассматривал этот поединок как прекрасную возможность заставить ее страдать и излить свою обиду на главную ветвь. Он воспринимал это как очень важное судьбоносное событие. Покорный гений второстепенной ветви получил возможность выставить наследницу главной династии на посмешище. Перед началом поединка Наруто, выведенный из себя агрессивным поведением Неджи, требовавшего Хинату сдаться, убеждал последнюю не слушать его. Полная решимости Хината вспомнила, как много раз она слышала от Наруто, что он никогда не отступит от своего слова, что он никогда не убежит. Под взглядом человека, которым она восхищалась, Хината попыталась противостоять одному из самых могущественных соперников.