Однажды, во время войны между Амэ и Конохой, Нагато стал свидетелем смерти своих родителей: их убили ниндзя Конохи, сочтя их воинами из деревни Скрытого Дождя, а не мирными жителями. Так Нагато остался сиротой. Он остался один, в полной растерянности перед лицом смерти. Каждый день был борьбой – борьбой за выживание. Зачем продолжать жить, если ты всего лишился? Как встать на ноги после того, как на твоих глазах убили родителей? Нагато был слишком мал, чтобы задавать себе подобные вопросы. Возможно, у него даже не было сил. Все, что он хотел сделать, – удовлетворить свои основные потребности: утолить голод и жажду. В поисках еды Нагато бродил по мокрым улицам своей деревни, на которых кровь смешивалась с дождем.
Однажды, потеряв сознание, он был разбужен девочкой Конан, протягивающей ему кусок хлеба. Он быстро поел и в конце концов последовал за ней. После этого Нагато встретил Яхико и узнал, что Яхико и Конан были такими же сиротами войны, как и он. Юная троица стала держаться вместе, они нашли в себе силы оставаться в живых, несмотря на ужасную бедность и голод. Еще не найдя своего собственного видения жизни, Нагато восхищался Яхико и его амбициями. Последний обладал темпераментом лидера и сожалел о бессилии взрослых жителей деревни Амэ. Боль от потери родителей и чувство беспомощности перед лицом войны породили его амбиции и планы – Яхико хотел мира. Однако он также хотел, чтобы все люди испытали одинаковые страдания – так они могли бы лучше понять друг друга и остановить бесконечный цикл войны. Несмотря на свой юный возраст, Яхико знал, что ребенок не сможет остановить бесконечные конфликты.
Однажды юная троица последовала за тремя легендарными ниндзя Конохи: Джирайей, Орочимару и Цунаде. По дороге Орочимару хотел убить их, но Джирайя решил взять детей под свою опеку. Нагато не хотел этого: он видел, как его родителей убили ниндзя с такой же повязкой на голове. Как он мог доверять ниндзя из Конохи? Даже если Джирайя не виноват в случившейся войне, он ее участник. Мудрый шиноби решил передать свои знания этим трем сиротам, видя в таком жесте некую компенсацию ущерба, нанесенного им войной.
Джирайя посвятил три года жизни тому, чтобы привить сиротам свою философию и обучить техникам для защиты и выживания. Однажды Нагато убил ниндзя, который пытался атаковать Яхико. Увидев, что его друг в опасности, он открыл в себе чувство гнева, вызвавшее желание отомстить. Придя в себя, Нагато испытал мучительное чувство вины – он глубоко сожалел о содеянном, как будто опустился до уровня тех, кто ведет войну. В глубине души Нагато понимал, что на короткий миг принял участие в войне, чтобы защитить дорогого человека. Он осознал, что у некоторых ниндзя, подобных Джирайе, не было другого выбора. Учитель объяснил ему, что, познав разные чувства, можно остаться добрым к окружающим, – ведь человек, который знает о страданиях других, может понять их и помочь им преодолеть боль. Эта философия была близка Яхико, потому Нагато решил защитить Яхико и Конан, рискуя своей жизнью. Он нашел причину жить. Он гордо шел рядом с Яхико, защищая его идеалы. После трех лет обучения Джирайя решил, что троица способна действовать самостоятельно. Яхико, Нагато и Конан изучили ниндзюцу и унаследовали философию своего учителя. Джирайя дал им силу изменить свою жизнь.
Через некоторое время после ухода Джирайи Конан, Нагато и Яхико создали группу, действующую во имя добра: трио защищало менее удачливых людей от мародеров и воров. Их целью было отгородиться от преступников и существовать так до тех пор, пока не станет возможным вести диалог, объединить людей с помощью слов, а не силы.
Однажды троица встретила человека в маске по имени Обито. Он предложил им построить вселенную победителей, мира и любви, мир-мечту, полностью противоположный тому, с которым они столкнулись. Подозрительный Яхико опасался, что им манипулируют, и отказался от предложения Обито, считая такой мир невозможным. Он открыл Обито свое намерение разделить собственные страдания с остальными, но не ради мести, а для установления взаимопонимания. Обито посчитал этот идеал нелепым. Яхико снова отправился в путь вместе с Нагато и Конан, однако Нагато отнесся к словам Обито с доверием.