Нагато и Конан присоединились к лагерю Обито и превратили Акацуки в группу наемников. Обито сделал Нагато лидером этой новой группировки, но сам он правил за кулисами. Главной его целью было захватить Хвостатых демонов, чтобы господствовать над всеми государствами шиноби и установить прочный мир. Обито нужны были эти демоны, чтобы погрузить мир в свою иллюзию, в свои грезы, в которых никто не будет страдать от реальности и все будут счастливы. Что касается Нагато, то, несмотря на указания Обито, он хотел создать разрушительную технику, способную уничтожить целую деревню; он хотел убивать, но оставлять выживших, чтобы они, парализованные, больше никогда не пытались ничего делать. Нагато объяснил все это своему мастеру, Джирайе, – разрушение и устрашение стали его оружием. Нагато стал настолько сильным, что ему удалось убить Джирайю, одного из самых могущественных ниндзя в истории. Убивая своего учителя, Нагато наверняка думал, что уничтожает его пацифистские идеалы, в которые тот искренне верил. Беспристрастно убив Джирайю, Нагато подвел черту под прошлым – он изменил свое представление о мире. Он стал Пейном, богом этого мира, мстительным и разрушительным. Его целью по-прежнему было навязать мир, но с помощью насилия. Постепенно Акацуки захватили почти всех хвостатых демонов. Пришло время отправиться в Коноху, чтобы схватить Наруто и забрать Кьюби. Обито послал Нагато, но тот увидел в этом прекрасную возможность отомстить за смерть своих родителей, убитых ниндзя деревни Скрытого Листа. В глубине души Нагато не мог забыть свое прошлое, ведь именно из-за него он и погрузился в разрушение.
Через некоторое время после смерти Джирайи Наруто стал обучаться у Фукасаку, мастера-жабы, который научил Джирайю всему, что знал сам. Срочность ситуации заставила Наруто стать сильнее, чтобы защитить себя, ведь он был главной целью Акацуки. Он тренировался на горе Мёбоку, недоступной для людей, поэтому он был в безопасности, так как его добровольно спрятала Коноха. Во время обучения Фукасаку заставлял Наруто читать первую книгу Джирайи, ту самую, героя которой, вдохновленного Нагато, звали Наруто. Так Наруто питался мыслями своего учителя – он осознал все, что Джирайя передал ему.
Контролируя шесть тел Пейна, Нагато атаковал Коноху вместе с Конан. Произошло несколько взрывов, разрушивших часть деревни. Выход Нагато был намеренно разрушительным – он хотел посеять ужас, причинить людям страдания. Нагато и Конан искали информацию о Наруто и убивали всех, кого допрашивали. Угроз и силы было недостаточно – Нагато столкнулся с отпором сплоченной деревни: жители и ниндзя защищали Наруто, не раскрывая ничего из того, что знали; не было и речи о предательстве товарища. Теперь ценность Наруто была признана его братьями по оружию. Многие ниндзя, гордые тем, что защищали Наруто и деревню, были убиты.
Нагато представил себя Цунаде, Пятой хокаге, как бога, пришедшего восстановить порядок. Захватив большинство хвостатых демонов, Акацуки нарушили баланс сил между деревнями. Навязывая свои идеалы и свою власть окружающим, Нагато хотел стать арбитром в конфликтах, хозяином мира шиноби. Используя технику, которая позволяла ему заглядывать в воспоминания человека, Нагато узнал, что Наруто нет в Конохе. Он приготовился использовать оружие поражения, о котором рассказывал Джирайе, – оружие, способное уничтожить целую деревню. Нагато предупредил жителей деревни, что им не избежать страданий, которые, по его мнению, необходимы для того, чтобы они поняли слово «мир». Увидев Нагато в таком состоянии, Конан встревожилась. Он потерял контроль над собой и собирался применить технику, опасную для его собственной жизни. Нагато отчаянно жаждал мести, крови, страданий – он не забыл о прошлом и собирался отомстить миру ниндзя и Конохе, виновной в смерти его родителей. Но в первую очередь Нагато по-прежнему не смирился со смертью Яхико. Именно с помощью его тела он собирался уничтожить Коноху. Сила Нагато заключалась в контроле над шестью умершими, главным из которых было тело Яхико. Контролировать тело последнего и говорить через него было для Нагато все равно что поддерживать в нем жизнь.
И вот Нагато применил свою разрушительную технику. Гигантский свет ослепил жителей деревни. Они были ошеломлены, увидев что-то почти божественное, что-то из другого мира. Внезапно раздался огромный взрыв, который разрушил всю деревню. Свет представлял собой божественную силу Нагато; взрыв и звук олицетворяли наказание, месть, страдания, посланные им. Это была его справедливость.