Перед лицом войны слова и действия Обито ответили на вопросы Какаши о поступках отца: Обито защищал ценности Сакумо, разжигая пламя, которое Какаши не смог погасить. С этого момента будущее трех товарищей могло стать лучше, но война распорядилась иначе. Верный ценностям, которые он защищал, Обито пожертвовал собой ради Какаши, и тот раскаялся в своих поступках. Обито спас ему жизнь. Беспомощный перед лицом смерти друга, Какаши пришел в отчаяние. Хотя он считал миссию важнее жизни Рин, жизни Обито или даже своей собственной, его спас его товарищ. После этого он понял поступок своего отца и осознал важность дружбы.
Какаши отомстил за Обито, убив ниндзя, которые обрушили пещеру. Однако их с Рин окружили новые вражеские отряды. Следуя своим новым идеалам, Какаши, обещавший Обито защитить Рин, приказал ей бежать, так как хотел во что бы то ни стало выполнить последнее обещание, данное другу. Он сражался с отрядом в одиночку и был спасен своим учителем Минато. Вскоре после этой трагедии Какаши почувствовал себя ответственным за смерть товарища – как и для его отца в прошлом, жизнь товарищей стала для него важнее самой миссии. На очередном задании Какаши и Рин снова попали в засаду, на этот раз в ту, что устроили ниндзя из другой вражеской деревни. Рин была сосудом для Исобу, треххвостого демона; она знала, что ниндзя Кири используют ее и манипулируют ею, чтобы демон внутри нее напал на деревню Коноха. Попав в ловушку, Рин решила защитить свою деревню и подставила себя под смертельную технику Какаши. Невольно он собственными руками убил напарницу, которую поклялся защищать.
Какаши пережил еще одну трагедию, которая лишь усугубила его чувство вины. В четвертый раз в своей жизни он потерял близкого человека и снова оказался бессилен. Какаши пообещал своему другу Обито защитить дорогого ему человека; хотя это было против его воли, он видел, как Рин пронзило его техникой молний. С невыразимой печалью Какаши пробудил шаринган Мангекё – ниндзя с шаринганом активируют его, пережив травмирующие события. После этого Какаши потерял сознание от только что пережитого ужаса – он чувствовал себя ответственным за смерть Рин, которая намеренно оказалась на пути его молнии.
После смерти матери, самоубийства отца и самопожертвования Обито Какаши своими глазами видел последние минуты жизни Рин, его близкой подруги. Помимо потери любимого человека, Какаши предал обещание, данное им Обито: защищать Рин. Несмотря на эту бесконечную боль, миссия подошла к концу – мост Каннаби был разрушен, что положило конец войне. После новой трагедии Какаши стали сниться кошмары, он просыпался, омывая руки слезами, как будто кровь Рин все еще была на его теле. Этот период стал самым болезненным в его жизни. Благодаря Обито он сумел залечить некоторые старые раны, вновь обрести свой путь и разделить ценности и мысли своего отца. Но новая война нанесла ему новые раны. Какаши сомневался в своей жизни, испытывая глубокое сожаление и невероятную злобу. Время шло, и он скорбел, регулярно ухаживая за могилами своих друзей и отца. Хотя он привык к одиночеству и нормально его воспринимал, на этот раз Какаши чувствовал себя ужасно одиноким. Он был одинок и физически, и морально, в своих мыслях. Подстегиваемый чувством вины и печали, которые он пытался скрыть от окружающих, он начал борьбу с самим собой. В тот момент его ничто не могло утешить – только его учитель Минато был еще жив. Как и его отец, Какаши мог сломаться и покончить с собой, чтобы воссоединиться с теми, по кому он будет скучать всю свою жизнь. Он становился все мрачнее и мрачнее, одиночество только углубляло его раны. Минато беспокоился, что он зацикливается на прошлом. Чтобы отвлечь его от этих мыслей, он записал ученика в спецназ Анбу.