В это время к еще не замерзшей Березине стали подходить основные силы отступающей из России армии Наполеона. Витгенштейн занимал левый берег реки, Чичагов стоял на правом. 14 ноября французы начали переправу. Войска Витгенштейна не смогли справиться с прикрывавшими их частями Виктора. За 15 и 16 ноября урон русских войск составил свыше 4 тысяч. Французов погибло до 15 тысяч, взято в плен 23 тысячи человек. Армия Наполеона потерпела на Березине окончательное поражение и была изгнана из пределов России. Весной на Березине бы. то найдено 36 тысяч мертвых тел.
Почти весь декабрь русская армия находилась на отдыхе, а 28 декабря войска перешли Неман. Уже в январе вся Восточная Пруссия была очищена от французов войсками Витгенштейна, а 27 февраля они овладели Берлином. 16 апреля в Бунцлау скончался М. И. Кутузов. Главнокомандующим русско-прусскими силами был назначен Витгенштейн. Положение нового главнокомандующего было не из легких. Под его начальством оказались такие корпусные командиры, как Барклай-де-Толли, цесаревич Константин Павлович, прусский военачальник Блюхер. Петр Христианович не имел перед ними достаточного авторитета. Вдобавок находившийся при армии император распоряжался помимо главнокомандующего, что еще более стесняло его деятельность. Русская армия атаковала Наполеона 20 апреля при Люцене, но была отбита и отступила за Эльбу. У союзников было 72 тысячи человек, французская армия насчитывала 100 тысяч. Французы потеряли в этом бою 15 тысяч, союзники 12 тысяч человек; потери могли быть еще больше, но отсутствие у Наполеона кавалерии лишило его возможности развить свой успех. Пришлось сдать Дрезден, и Наполеон вновь овладел Саксонией. Затем в двухдневном сражении 8 и 9 мая у Бауцена союзная армия снова потерпела поражение и отступила в Верхнюю Силезию. Урон союзников составил 12 тысяч, французы потеряли 18 тысяч человек. После неудачных сражений при Люцене и Бауцене Витгенштейн просил увольнения от должности, которая была передана Барклаю-де-Толли, и возглавил часть русских войск, участвовавших в сражениях под Дрезденом и Лейпцигом.
15 февраля Витгенштейн разбил корпус Удино и Макдональда при Бар-сюр-Обе. Против 44 тысяч русских войск действовало 28 тысяч солдат противника. Потери русского корпуса составили около 2 тысяч человек, причем сам командующий был ранен. Из-за полученной раны он был вынужден оставить армию, хотя и присутствовал вместе с императором Александром I при вступлении русской армии в Париж. Король Пруссии в своем рескрипте писал: «В сражении при Бар-сюр-Обе я вновь имел случай быть свидетелем храбрости русских и благоразумного предводительства ими, которое вам, любезный генерал, приносит столько чести…» В 1815 г. возвращение Наполеона с острова Эльба вынудило русское правительство двинуть свои войска к границам Франции; командование ими было поручено Витгенштейну, но к этому времени уже пришло известие о поражении французов под Ватерлоо и повторном отречении Наполеона.
В следующем году Петр Христианович получил длительный отпуск и уехал за границу на лечение. Вернувшись в Россию, он 3 мая 1818 г. получил под свое командование 2-ю армию вместо генерала Беннигсена с назначением одновременно членом Государственного совета. Занявший престол после смерти брата Александра I император Николай I удостоил Витгенштейна 22 августа 1826 г. чина генерал фельдмаршала.