Тем временем в кругах, близких императору, созревала новая интрига против Суворова. Царедворцы по разным причинам боялись появления рядом с Павлом столь сильного, любимого в армии и в народе, увенчанного лаврами деятеля. Близкий к Павлу граф Пален был недоброжелателем Суворова, не раз поднимался вопрос о двуличии суворовского секретаря Егора Фукса, который писал донесения генерал-прокурору о политических брожениях в армии. Донесения, впрочем, были вполне лояльные по отношению к Суворову, а в позднейшие годы Фукс прославится сборниками восторженных воспоминаний и анекдотов о Суворове. И всё-таки шпионская деятельность Фукса вызывает вопросы и подозрения. По отзыву дипломата барона А.Я. Булера, известному со слов его сына, Фукс производил впечатление как человек «весьма деятельный и полезный; но он пришёлся не по душе Суворову, который его не жаловал, считая его (быть может, совершенно несправедливо) соглядатаем, приставленным к нему Павлом I». За работу при Суворове Павел произвёл Фукса в действительные советники. Кстати, именно Фукс, по повелению нового государя Александра Павловича, возглавит в 1812 г. походную канцелярию Суворова. Власти безгранично доверяли этому балагуру с лёгким пером.
Нельзя умолчать и о ещё одной возможной причине последней опалы Суворова. Речь идёт о столкновении разных воззрений на армию. Е. Шумигорский в статье об императоре Павле Русского биографического словаря писал: «Негласною причиною немилости можно предполагать возбуждённое недоброжелателями Суворова самолюбие Павла, оскорблённого признанием Суворова, что артиллерийская, квартирмейстерская и провиантская части находились в австрийской армии в лучшем состоянии, чем в русской. В Суворове он опять увидел екатерининского генерала, противника его преобразований, а между тем недоброжелатели Суворова при дворе вовремя напомнили государю, что он был в родстве с Зубовыми, находившимися в опале». При этом эффектно и слаженно работавшие австрийские провиантские службы несколько раз подвели армию накануне решающих событий – и Суворов не просто сообщал, а кричал об этом. Суворов за эффектами не гонялся, стремясь обеспечивать победу любым способом. Если привычный хаос в квартирмейстерской части не мешал победам – Суворов не старался привести его в немецкий порядок. Павел же, ненавидевший армейский «натурализм» екатерининского времени, хотел видеть российскую армию более немецкой, чем любая немецкая. Суворов был скверным помощником на таком пути.
Павлу не раз докладывали, что в походах Суворов постоянно нарушал армейский порядок, заведённый императором, держал при себе дежурного генерала. Забыв о том, что дал Суворову право воевать, «как умеешь», Павел впал в ярость. Торжественная встреча была отменена. Суворов ещё в дороге узнал о новой опале – и болезнь снова обострилась. Медленно ехала карета с больным полководцем по прибалтийским краям, к Петербургу – через Ригу и Вильно. Повсюду Суворова сопровождал народный восторг. В Риге больной полководец с трудом надел мундир и отправился под Светлое Воскресенье на пасхальную службу, после чего разговлялся в доме генерал-губернатора. После этого всплеска активности Суворову стало хуже, передвигаться ему было нестерпимо трудно. Надо думать, что и слухи о новых придворных интригах разбередили старые раны. Заканчивался последний поход Суворова – возвращение из Европы. 20 апреля, прохладным весенним вечером, экипаж Суворова въехал в Петербург. Никакой триумфальной встречи не было: Суворова приветствовали только друзья и родственники. Он и поселился не во дворце, а на Крюковом канале, в доме Дмитрия Хвостова, который стараниями Суворова стал после Итальянского похода графом Сардинским. Сам генералиссимус так и не обзавёлся домом в Северной Пальмире. Да и московский дом из-за сложной семейной ситуации, по существу, утратил. Впрочем, Суворов не слишком нуждался в постоянной столичной резиденции: вся жизнь прошла в учениях, походах и боях. Полвека питался Суворов солдатским хлебом!