По указанию представителя Ставки, констатировавшего, что в отношении трусов и дезертиров репрессивные меры на поле боя, как того требовал приказ Ставки ВГК № 270 от 16 августа 1941 г., не применялись, были арестованы и преданы суду военного трибунала должностные лица, допустившие потерю управления войсками и «позорное бегство в тыл»: командир 9-го стрелкового корпуса, временно исполнявший обязанности командующего 44-й армией, генерал-майор И. Ф. Дашичев (вскоре освобожденный, но в июле 1942 г. повторно арестованный), командир 236-й стрелковой дивизии генерал-майор В. К. Мороз (расстрелян в феврале того же 1942 г.) и военный комиссар той же дивизии батальонный комиссар А. И. Кондрашов, командир 63-й горнострелковой дивизии подполковник П. Я. Циндзеневский (он был освобожден из-под ареста и принимал участие в дальнейших боях в качестве командира 77-й горнострелковой дивизии), начальник политотдела 404-й стрелковой дивизии Н. П. Колобаев и некоторые другие. Об этом войскам фронта объявили в приказе от 23 января 1942 г., копия которого была направлена Верховному главнокомандующему. В нем анализировались итоги минувших неудачных боев и отмечались «крупнейшие недочеты» — неудовлетворительная организация боя, плохое управление войсками на всех уровнях, начиная со штаба фронта, неумение войск закрепляться на достигнутом рубеже, отсутствие эффективной системы огня, бдительного боевого охранения, непрерывной разведки и наблюдения, беспорядки во фронтовом и армейском тылу. Командиры дивизий уличались Л. З. Мехлисом в том, что не использовали всей мощи огня артиллерии, бросали танки мелкими группами на неподавленную противотанковую оборону. Неудовлетворительно был подготовлен основной рубеж обороны Керченского полуострова — Ак-Монайские позиции. Дополнительно было проверено состояние авиации и артиллерии фронта. Здесь тоже были вскрыты серьезные недостатки. Из-за неудовлетворительного материально-технического обеспечения на Керченском полуострове скопилось 110 неисправных самолетов, в результате в среднем за день производилось менее одного самолето-вылета. В приказах, изданных по результатам проверок, содержалось требование к командованию армий, дивизий, полков учесть опыт боев 15–18 января и немедленно навести порядок в частях. Паникеров и дезертиров расстреливать на месте как предателей. Без промедления устранив недочеты, следовало активно повести подготовку к наступлению.
С самого начала Л. З. Мехлис стал подменять командующего войсками и штаб фронта во всех принципиальных вопросах. «По распоряжению тов. Мехлиса все оперативные планы, директивы и иные распоряжения войскам фронта проверяются и санкционируются им, — информировал Д. Т. Козлов заместителя начальника Генштаба А. М. Василевского. И, явно дезориентированный таким оборотом событий, спрашивал: — Следует ли в данном случае представлять на утверждение народному комиссару оперативные планы, свои предложения о предстоящей деятельности войск или все указания по всем вопросам жизни и деятельности войск получать от него [Мехлиса. —
Характер служебных взаимоотношений представителя Ставки и командования фронта не изменился и в последующем. Побывавший в апреле 1942 г. в штабе Крымского фронта нарком ВМФ СССР адмирал Н. Г. Кузнецов вспоминал о царившей там неразберихе: «Командующий Крымским фронтом Д. Т. Козлов уже находился «в кармане» у Мехлиса, который вмешивался буквально во все оперативные дела. Начальник штаба П. П. Вечный не знал, чьи приказы выполнять — командующего или Мехлиса. Маршал С. М. Будённый [главком Северо-Кавказского направления, в состав которого входил Крымский фронт. —
С первого же дня пребывания на Крымском фронте представитель Ставки ВГК, игнорируя Козлова, единолично решал вопросы комплектования войск, обеспечения фронта вооружением, боеприпасами, топливом и продовольствием. Вел почти непрерывные переговоры со Ставкой, Генеральным штабом, Тылом Красной армии, главными управлениями Наркомата обороны.
Предметом особой заботы было обеспечение фронта командными и политическими кадрами. 24 января по настоянию представителя Ставки были назначены: генерал-майор авиации Е. М. Николаенко — командующим авиацией фронта, генерал-майор инженерных войск А. Ф. Хренов — заместителем командующего войсками фронта, бригадный комиссар С. С. Емельяненко — начальником политуправления. Для заполнения других вакантных должностей через Главное управление кадров Наркомата обороны активно запрашивались генералы и офицеры.