После оккупации Андаманских островов и северной части Суматры японский флот готовился нанести удар по Цейлону, чтобы не допустить вмешательства Восточного флота в свои действия против Бирмы. Планировалось, что авиация оперативного соединения вице-адмирала Нагумо, состоявшего из 5 авианосцев, 4 линкоров, 3 крейсеров и 8 эсминцев должна нанести главный удар по острову. Одновременно соединению адмирала Одзавы (легкий авианосец, 6 крейсеров и 8 эсминцев) предстояло произвести погром британского судоходства в Бенгальском заливе. 26 марта 1 -й авианосный флот Нагумо вышел из Staring Вау на о. Целебес. 31 марта недавно вступивший в командование Восточным флотом адмирал Сомервилл вывел свои корабли в двух группах в море и крейсировал в ожидании противника к югу от Цейлона. В группу Force А входили более быстроходные линкоры и авианосцы и крейсера новой постройки. В составе второй группы (тихоходных кораблей), Force В, вместе с 4 линкорами типа R (Royal Sovereign), авианосцем Hermes, 2 старыми крейсерами Caledon и Dragon и 8 эсминцами находился Jacob van Heemskerck. Не получив данных о противнике, командующий вечером 2 апреля повел флот на атолл Адцу (секретную английскую базу в группе Мальдивских островов, расположенную в 600 милях к юго-западу от Цейлона) для пополнения запаса топлива. При этом несколько кораблей из состава обеих групп (2 тяжелых крейсера, авианосец и эсминец) были направлены в Коломбо и Тринкомали.
5 апреля японцы нанесли удар по Коломбо. Налет авиации причинил относительно небольшие повреждения береговым сооружениям и не вывел базу из строя, но в гавани были потоплены вспомогательный крейсер Hector (11198 т) и эсминец Tenedos, а несколько часов спустя и успевшие уйти из Коломбо тяжелые крейсера Cornwall и Dorsetshire из состава Force А. 9 апреля состоялась атака на Тринкомали: порт получил тяжелые повреждения, а заблаговременно оставившие его корабли соединения Force В авианосец Hermes и эсминец Vampire обнаружены и потоплены вместе с корветом Hollyhock и 2 танкерами. К этим потерям следует добавить 23 судна общим тоннажем 112312 т, потопленных соединением Одзавы в Бенгальском заливе, и 5 судов (32 404 т), ставших жертвами японских подлодок у западного побережья Индии.
В условиях господства авианосного флота Нагумо в Индийском океане, когда корабли Eastern Fleet не могли получить необходимого авиационного прикрытия ни в море, ни на базах Цейлона, ни тем более на атолле Адцу, Сомервилл решил оставить «быстроходный» отряд кораблей Force А в индийских водах (с базой в Бомбее) на случай использования противником легких сил, а группу Force В под командованием вице-адмирала Уиллиса отослать в Килиндини (Kilindini — Восточная Африка) для защиты морских коммуникаций. Fleemskerck оставался в составе этого соединения, действовавшего в западной части Индийского океана.
В сентябре-октябре крейсер находился в водах Мадагаскара, участвуя в десантной операции союзников Stream по захвату этого острова, колониального владения вишистской Франции. 10 сентября соединение контр-адмирала Теннанта, состоящее из английских легких крейсеров Birmingham, Gambia, голландского Jacob van Fleemskerck и смешанной англо-голландской[17
Голландские эсминцы Van Galen (бывший английский Noble) и Tjerk Hiddes (бывший Nonpareil),] 7-й флотилии эсминцев (7 единиц), обеспечивала высадку 29-й пехотной бригады и групп командос в Мадзунга и Мурундава на западном побережье Мадагаскара. Авиационное прикрытие осуществлял авианосец Illustrious в сопровождении корабля обеспечения Albat-ross и 4 эсминцев. 18 сентября союзные силы начали проведение операции Jane. 29-я бригада вновь погрузилась на транспорты и в сопровождении авианосца, линкора Warspite, Jacob van Fleemskerck и 7 эсминцев прибыла к Таматаве. 23 сентября была занята столица острова Антананариву и устранен вишистский губернатор. Французский гарнизон острова сдался 5 ноября после прибытия на Мадагаскар южно-африканских войск.25 октября 1942 года Fleemskerck был передан в оперативное подчинение американского 7-го флота и до декабря 1943 года эскортировал конвои в Индийском океане, водах Австралии и Новой Зеландии. 26 ноября совместно с двумя корветами и австралийским крейсером Adelaide осуществлял эскортирование конвоя OW.1 из Фримантла в Диего-Суарес на Мадагаскаре. 10 декабря крейсера эскорта наткнулись на германский блокадопрорыватель Ramses (7983 т), шедший из Батавии во Францию. Во избежание сдачи немецкий экипаж затопил свой корабль.
В ходе упоминавшейся уже конвойной операции Pamfhlet в феврале 1943 года Fleemskerck конвоировал 5 войсковых транспортов-лайнеров до Сиднея, где 27.02. — 15.04. состоялись очередные ремонт и модернизация голландского крейсера.