Голландская реформатская церковь также стремилась по-своему направить ход интеллектуальной жизни посредством пяти провинциальных университетов, основанных один за другим между 1575 и 1636 гг. В дальнейшем такая тенденция только усилилась благодаря событиям 1618–1619 гг., когда существующие университеты «очистили» от всех преподавателей, которые безоговорочно не поддержали решений Дордрехтского синода. Но и здесь триумф контрремонстрантов оказался неполным. Впредь настоятельно требовалось принесение «клятвы верности» доктрине всеми священниками, профессорами и преподавателями, однако она часто принималась при условии индивидуального толкования, а иногда даже учитель, который отказался принимать ее, тем не менее назначался на должность. Профессора-ремонстранты, такие как знаменитый классический ученый и поэт, преподобный Каспар Барлеус, нидерландский ученый и писатель, изгнанный в 1619 г. из Лейдена, позже получили места в Амстердамской академии, или, как ее называли, «Прославленной школе», а также в других учебных заведениях, которые имели более уступчивое руководство. В кальвинистских университетах, как и в католических других стран, глубоко укоренились философия Аристотеля и догма позитивизма, однако у реформатских членов университетского совета не хватало власти — а зачастую и желания — полностью подавить прения, о чем свидетельствовал не имеющий силы запрет, который они наложили на распространение картезианской (декартовской) философии в Лейдене. Даже в Утрехте, ставшем бастионом кальвинистского фундаментализма за сорокалетнее пребывание пылкого Воеция на посту главного профессора теологии (1636–1676), на преподавательскую должность в 1649 г. был принят ремонстрант — при условии, что его назначение не будет рассматриваться в качестве прецедента. И наконец поддержка провинциального суверенитета правителями-олигархами обычно давала уверенность, что если квалифицированный педагог не был принят в одном месте, то он мог найти другой город, где власти оказывались не такими придирчивыми.
Отношение ортодоксальных кальвинистов к лютеранам, баптистам, браунистам и прочим протестантским инакомыслящим, хоть и менее враждебное, чем к католикам, долгое время являлось довольно относительной и частичной веротерпимостью. После диких эксцессов раннего анабаптистского движения в Германии и Нидерландах, которые были осуждены Лютером, Цвингли и другими протестантскими реформаторами с такой вербальной свирепостью, вполне соответствовавшей по своей жестокости садистской мести, обрушенной немецкими священниками и князьями на последователей Томаса Мюнцера и Иоанна Лейденского, нидерландские баптисты превратились в пацифистское и ультрапуританское сообщество. Наиболее примечательной их сектой являлись меннониты, названные так по имени ее основателя Менно Симонса, которые отказывались нести гражданскую службу или брать в руки оружие. Активное преследование меннонитов прекратилось в 1581 г., в основном благодаря защите, оказанной им Вильгельмом Молчаливым, однако полные гражданские права они обрели только в 1672 г. Возможно, изначально баптисты представляли собой самую большую протестантскую группу, однако в 1650-х и 1670-х годах многие из них, разочаровавшись в пацифизме и непротивлении в борьбе с Испанией и Римом, переметнулись к воинствующим кальвинистским проповедникам. На протяжении XVII и XVIII столетий баптисты и меннониты сформировались в две тихо процветающие замкнутые общины, чья экстремально пуританская манера одеваться и умеренность порой вызывала насмешки как кальвинистов, так и «вольнодумцев». Обе эти группы инакомыслящих в XVIII в. сильно уменьшились в численности, хотя их значение в социальной и культурной жизни Северных Нидерландов еще недостаточно оценено.
Евреи составляли еще одну заметную группу, извлекавшую пользу из относительной терпимости правящего сословия Голландской республики ко всем верам, кроме католической. Амстердамские общины португальских и испанских евреев, бежавших с Иберийского полуострова от инквизиции, насчитывали около 800 человек в 1626 г. и 1200 в 1655 г.
В 1597 г. им позволили построить свою первую синагогу и значительно лучшую в 1639 г. Ряды этих евреев-сефардов пополнились беженцами-ашкеназами из Германии и Польши, осевшими как в восточных провинциях, так и в Амстердаме. Ашкеназы в большинстве своем стояли на более низком культурном и экономическом уровне, чем их предшественники-сефарды, и презирались как иноверцами, так и сефардами. Однако их не заставляли жить в гетто, и в 1657 г. Генеральные штаты недвусмысленно признали всех проживавших здесь евреев, принадлежащих к голландской нации, хотя полных гражданских прав они не получали вплоть до 1796 г.