Передача святых мест под контроль францисканцев не могла не озлобить служителей греческой православной церкви, которые еще со времен крестоносцев ненавидели латинян. Те незаконно завладели их имуществом в храме Гроба Господня, а в 1204 г. воинство Четвертого крестового похода разграбило Константинополь, что стало одним из самых позорных эпизодов в истории крестоносцев. По мнению некоторых исследователей, Византия так никогда и не оправилась после этого удара. Поэтому не удивительно, что греки видели в латинянах заклятых врагов. Но они еще не научились манипулировать османскими властями и использовать тот факт, что их вселенский патриарх проживает в столице империи Стамбуле. В 1541 г. иерусалимский патриарх Герман I учредил Греческую конфедерацию Гроба Господня как официального хранителя святых мест от имени православного христианства. Одновременно с этим францисканцы сформировали свое национальное сообщество, призванное охранять те же святые места от имени латинского христианства. Так были намечены рубежи и нанесены первые удары в длительной и неблаговидной войне между греческими и западными христианами за право контроля над усыпальницей Иисуса. В 1551 г. францисканцы одержали еще одну победу. Венецианцы убедили Сулеймана передать им небольшой монастырь к западу от Гроба Господня, где в то время обитало лишь несколько грузинских монахинь. Грузинские христиане протестовали, но звонкая монета перекочевала в карманы турецких чиновников, и монахиням пришлось съехать. В июле 1559 г. францисканцы перебрались в обитель, которую переименовали в монастырь Святого Спасителя, и вскоре этот монастырь стал их главным оплотом в Иерусалиме. Им удалось приобрести несколько близлежащих домов, так что к 1600 г. монастырь Святого Спасителя уже представлял собой целый поселок с собственной кузней и столярными мастерскими. К 1665 г. там также появились школа для мальчиков, приют, библиотека и лучший в городе лазарет.
После смерти султана Сулеймана в 1566 г. Османская империя начала слабеть. Постепенно вырождалась феодальная система. С окончанием завоевательных войн
И все же султаны не оставляли своим вниманием Харам. Купол Скалы ремонтировался при Мехмеде III в 1597 г., при Ахмеде I в 1603 г. и при Мустафе I в 1617 г. Султаны выпустили большое количество