Источник конфликтов такого рода – подспудная неуверенность людей в силе собственной веры. Присутствие соперничающего культа в том же святом месте способно вызывать чрезвычайное раздражение. Мусульмане ощущали угрозу в многочисленности евреев, чьи молитвы вторгались в их личное пространство. А то, что обе общины почитали одни и те же места, причем каждая претендовала на обладание монопольной истиной, порождало трудноразрешимые вопросы. Кто был прав? Жалобы по поводу еврейских молитвенных покрывал свидетельствуют о стремлении мусульман отмежеваться от других религиозных сообществ во избежание возможной путаницы. Множество подобных споров возникало уже в XX в. с его усилившейся тенденцией к плюрализму, особенно когда между религиозными группами существовали и политические разногласия. Самый известный случай – конфликт между мусульманами и индуистами в древнем городе Айодхья на востоке Гангской равнины, почитаемом как святое место представителями обеих общин. Евреи стали ощущать уязвимость своего положения в османском Иерусалиме и ближе к концу правления Сулеймана начали покидать город. Внутри Иерусалима они переселялись из районов Риша и Маслах, где жили по соседству с мусульманами, в район Шараф, поближе к Западной стене. Так постепенно образовывался еврейский анклав. На исходе XVI в. Шараф уже считался особым Еврейским кварталом и отчетливо выделялся из мусульманского окружения.
При Сулеймане I обострились также отношения между мусульманами и западными христианами в Иерусалиме. Османское завоевание неодинаково отразилось на судьбе представителей разных христианских деноминаций. Греко-православные христиане, армяне и сиро-яковиты считались законными подданными османов и входили в признаваемые правительством религиозные
Заступничество великих европейских держав оказалось важным подспорьем для францисканцев в их пошатнувшемся положении в Иерусалиме. В 1535 г. султан Сулейман заключил с Франциском I союз против императора Священной Римской империи Карла V и в качестве жеста доброй воли (турки были более сильным союзником) добавил к политическому договору торговую конвенцию – Капитуляции. Капитуляции предоставляли французам в Османской империи особые льготы, выводя их из-под юрисдикции местных властей. Король получал право назначать своего консула, который разбирал гражданские и уголовные дела между французскими купцами и вообще подданными Франции на османской территории без вмешательства исламской судебной системы. Также подтверждался статус францисканцев как главных хранителей святых мест Иерусалима (Peters 1985, p. 483). Правда, на практике из всех громких слов почти ничего не воспоследовало. Должно было пройти еще триста лет, прежде чем европейский консул действительно получил возможность постоянно жить в Иерусалиме. Предлагая французам Капитуляции, Сулейман проявлял по отношению к ним снисходительность – Османская империя находилась тогда в зените могущества. Так же поступали и следующие султаны, заключая подобные союзы с Францией и другими западными государствами. Но в историческом плане это был просчет. Позднее, когда империя ослабла, существование консульской юрисдикции позволило Западу безнаказанно вмешиваться во внутренние дела Турции, нарушая ее суверенитет.