Жители Палестины вскоре почувствовали захватнический дух этой новой археологии. Когда де Сольси в 1863 г. вернулся в Иерусалим, чтобы продолжить раскопки Гробницы царей, его встретили разъяренные владельцы участка, требовавшие денежной компенсации за свою собственность. А евреи обвинили де Сольси в осквернении гробниц их предков. Европейцы же вели себя так, будто страна, которую они исследуют, находится в их полном распоряжении. Прибывшего в Иерусалим в феврале 1867 г. офицера Королевских инженерных войск Чарльза Уоррена местные чиновники встретили недружелюбно и подозрительно. Ему не разрешили проводить раскопки на самом Хараме: вторжение в святое место новых крестоносцев с лопатами, ломами и кирками было недопустимо. Чтобы решить проблему, Уоррен арендовал несколько частных участков земли вокруг южной стороны Харама, выкопал на них глубокие шахты и оттуда проложил горизонтальные ходы к фундаменту подпорных стен. В результате Уоррен установил, что Храм Ирода стоял на грудах хаотично наваленных каменных обломков, которые постепенно накапливались в библейский период, заполняя долину Тиропеон. Раскапывая Офель, он обнаружил также древний подземный водовод иевусейских времен, который в его честь получил название «шахта Уоррена».
Все больше путешественников с Запада стало прибывать в Палестину в поисках фактов. В отличие от пилигримов прошлых времен, они ехали туда не ради приобщения к священной географии духа, а чтобы найти исторические подтверждения истинности своей веры. Фонд исследования Палестины открыл возле Яффских ворот магазин и лекционную аудиторию. Гиды должны были сдать экзамен по истории Иерусалима в свете данных, полученных исследователями Фонда. «Библейская археология», вызванная к жизни стремлением обрести уверенность в правдивости Библии, шаг за шагом открывала более сложную картину, плохо совместимую с такой уверенностью. Оказалось, что невозможно делать простые однозначные утверждения о прошлом Иерусалима. Американский археолог Фредерик Дж. Блисс обнаружил в Тель эль-Хеси, приблизительно в 30 милях к югу от Иерусалима, клинописную табличку, сходную с найденными незадолго до того в Тель эль-Амарне в Египте. История Святой земли, таким образом, началась не с Библией, а значительно раньше. Не менее сложные для интерпретации находки Блисс сделал и в самом Иерусалиме. Они, хотя доказать это археолог еще не мог, наводили на мысль, что подлинный Город Давида находился не на горе Сион (Западном холме), как считалось веками, а на холме Офель. Неужели вся борьба вокруг так называемой гробницы Давида – бессмыслица? Однако приступив к раскопкам на Офеле, Блисс убедился, что нельзя просто копать и копать вглубь, пока не докопаешься до Города Давида. Многие остатки древних строений с трудом поддавались датировке, но люди явно жили на этом холме непрерывно, начиная с бронзового века и вплоть до византийского периода. Культурные слои разных эпох перемешались здесь самым непостижимым образом, и лишь по прошествии многих лет археологи смогли воссоздать более или менее достоверную картину прошлого Иерусалима. Это оказалось намного труднее, чем представлялось верующим, которые читали Библию как исторический источник (Silberman, pp. 155–158).
В 1910 г. археолог-доминиканец Луи-Юг Венсан сумел завершить начатые Блиссом раскопки Офеля и показать, что древнейший город Иерусалим в действительности находился именно там, а не на горе, которую называли Сионом. Как явствовало из его находок – гробниц, водоводов, укреплений, восходящих к бронзовому веку, – история города началась задолго до времен Давида (Silberman, p. 185). Следовательно, Иерусалим не принадлежал евреям по праву первопоселенцев. В самом деле Библия не только не отрицает, а прямо настаивает на том, что народ Израиля отнял и Палестину, и Иерусалим у местного населения. Таким образом, современная археология грозила опровергнуть некоторые простые и, как казалось, незыблемые положения веры.