Тем временем наполеоновская экспансия и вызванные ею потрясения привели к тому, что «слишком архаичный» Орден подвергся травле и разграблению практически во всей Европе. Еще в 1802 году Карл IV Испанский упразднил все четыре госпитальерских приората в своей стране, конфисковал их имущества и «взамен» основал светский орден св. Иоанна Крестителя в Испании. Великим магистром нового ордена стал сам король. В 1806–1808 годах были уничтожены семь Великих приоратов в Италии и Германии — Венецианский, Ломбардский, Германский, Римский, Барлеттский, Капуанский и Баварский (который вместе с российскими составлял англо-баварско-российский язык Ордена). В 1810–1812 годах король прусский последовал примеру испанского коллеги. Затем Державный орден лишился Великих приоратов Мессины (1825 год) и Крату в Португалии (1834 год). Остается напомнить, что еще в 1792 году шесть Великих приоратов на территории Франции были сметены революцией. Один лишь Великий приорат Богемии оставался незатронут этой катастрофой.
Борьба вокруг престола великого магистра, начавшаяся после смерти Томмази в 1805 году, привела к расколам. Полномочия главы Ордена перешли к его заместителю (поручику) — неаполитанцу бальи И. М. Гевара-Суардо. Бальи успешно занимал пост поручика великого магистра с августа 1803 года. Капитул Ордена подтвердил временные права место-блюстителя и одновременно назначил выборы нового великого магистра. Собранная в Катанье Генеральная ассамблея избрала на этот пост бальи Дж. Караччоло ди Сант-Эрамо. Однако (как и в случае с Павлом I) папский престол по ряду причин не утвердил Караччоло в магистерском сане. На это раз Орден (включая приораты России) повиновался, и, несмотря на протесты и интриги оскорбленного Караччоло, на долгое время госпитальеры остались под властью поручика-местоблюстителя, Любопытно, что позиция российских рыцарей опять оказалась отличной от позиции российского правительства, которое в 1806–1807 годах было склонно признать избрание Караччоло состоявшимся.
Инцидент с Караччоло вызвал и вызывает немало споров. Дело в том, что среди привилегий, дарованных папами иоаннитам, было и дозволение «свободно избирать своего главу», установленное Пасхалием II в 1113 году при признании госпитальерского союза Орденом (булла «Pie Postulatio», обычно упоминаемая как документ об основании Ордена). Дозволение, о котором идет речь, предоставляло кавалерам возможность не зависеть от светских или духовных властей в проведении процедуры выборов. Недаром, предлагая нестандартную «элекцию» в 1802 году, Священный совет подчеркивал: участие папы имеет исключительный характер и не означает упразднение орденских вольностей.[60]
Однако результаты свободно проведенных выборов представлялись на утверждение папе. Обычно это делалосьТак или иначе, Орден остался верен канонической дисциплине. У Караччоло некоторое время находились влиятельные сторонники (в частности, при неаполитанском и российском дворах), а отсутствие «настоящего» великого магистра ослабило Орден — по крайней мере, морально. Разнообразные оппозиционные группировки, нарушая устав, стали отделяться от Ордена. В этой ситуации неудивительно и предательство Александра I — императора, великого приора межконфессиональной российской ветви госпитальеров, протектора Ордена.[62]
Одним из первых проявлений недоброжелательства стала отмена привилегий нижних чинов российской армии, имеющих донатские знаки Ордена, произошедшая еще в феврале 1802 года.[63] В 1810 году Александр конфисковал казну обоих российских Великих приоратов. В 1811 году Государственный совет подтвердил это решение.[64] Командорства (включая родовые) были уничтожены, орденские здания отобраны. Незадолго до этого император обещал великому приору католического российского приората Ордена, герцогу де Серракаприола, что все останется «в прежнем состоянии», Время показало, что означало это обещание: российские кавалеры могли донашивать свои кресты. Прием новых членов, делопроизводство, организационная работа — все было остановлено. Наконец, 20 января 1817 года Александр I утвердил резолюцию Совета министров, согласно которой российская ветвь Ордена объявлялась несуществующей.[65] Отныне она перестала существовать в российской юрисдикции.