Таким образом, почти тридцать лет потребовалось для того, чтобы показатели работы филиала КПИ приблизились к общероссийским и показателям головного института и встал вопрос о его самостоятельности. Этому способствовало тесное взаимодействие вуза с предприятиями базовой отрасли — Красноярского машиностроительного завода и в то время Научно-производственного объединения прикладной механики (НПО ПМ), руководители которых В. К. Гупалов и М. Ф. Решетнёв в развитии института в области подготовки кадров и активизации научной деятельности кафедр определили перспективы развития. Своим личным участием в работе выпускающих кафедр с привлечением к научно-педагогической деятельности почти всех ведущих специалистов предприятий они способствовали не только значительной динамике развития вуза, но и обеспечению высокой квалификации инженерно-технического персонала предприятий. Объективности ради следует отметить, что ректор А. М. Ставер в то время не был сторонником выделения своего филиала в самостоятельный вуз, но возобладали всё-таки государственный подход и интересы дела, которые настойчиво отстаивал Г. П. Беляков, ректор филиала КПИ того времени, и поддерживали руководители базовых предприятий. Без обретения самостоятельности не было бы того аэрокосмического университета, который стал известен не только в нашей стране, но и на международном уровне. В кооперации с АО «Красмашзавод», АО «Информационные спутниковые системы» имени академика М. Ф. Решетнёва» и научными подразделениями СО РАН он превратился в крупный учебно-научно-производственный комплекс, решающий важные задачи в интересах обеспечения обороноспособности страны и социально-экономического развития нашего региона, а по некоторым направлениям подготовки специалистов стал одним из ведущих в системе аэрокосмических вузов страны.
Показательным примером эффективной совместной работы ректора вуза и руководителей базовых предприятий стал перевод Института космической техники в двойное подчинение: Министерству высшего и среднего специального образования РСФСР и Министерству общего машиностроения СССР (МОМ СССР), отвечавшему за развитие ракетно-космической отрасли страны. Это событие стало в 1989 году прецедентом для всей системы высшего инженерно-технического образования страны. Совместный приказ двух министров по проблемным вопросам развития вуза определил основные принципы, на которых должны строиться по-настоящему партнёрские отношения между промышленной отраслью, заинтересованной в высоком качестве подготовки специалистов, и сферой профессионального образования. В течение нескольких лет до распада СССР и ликвидации Минобщемаша СССР Красноярский институт космической техники был единственным в стране вузом двойного подчинения. Последующие события в стране прервали этот эксперимент, но и то короткое время, в течение которого он продолжался, показал действенность настоящих, а не «бумажных» реформ: в это время было начато финансирование и строительство нового учебно-лабораторного корпуса, практически реализованы принципы многоканального финансирования вуза, совместно с базовыми предприятиями созданы новые учебно-производственные структуры и открыты новые направления в подготовке специалистов.
После избрания Сергея Антоновича в 1996 году ректором КГТУ на него наряду с ректорскими дополнительно было возложено множество общественных обязанностей. Как ректор крупнейшего инженерно-технического вуза края он возглавлял многие из общественных объединений работников науки и образования, ответственно и неформально выполнял свои обязанности, реально обеспечивая интеграцию потенциала вузов, предприятий и научных организаций региона. О многом говорит даже неполный перечень его общественных обязанностей: вице-президент Ассоциации инженерного образования России, председатель её Красноярского регионального отделения, председатель Красноярского регионального отделения Международной академии наук высшей школы, президент Красноярского краевого союза научных и инженерных организаций. Помимо этого он был научным руководителем Красноярского филиала Исследовательского центра проблем качества подготовки специалистов; членом Координационного совета по разработке государственных образовательных стандартов ВПО; членом редакционной коллегии журнала «Инженерное образование России». Практически в каждом выпуске этого журнала публиковались статьи Сергея Антоновича и сотрудников КГТУ — СФУ по проблемным вопросам работы высшей школы.