Сакара совершенно не годился для своей роли, и после незаметного и кратковременного царствования в Ахетатоне он сошел со сцены, уступив свое место Тутанхатону («Живому подобию Атона»), другому зятю Эхнатона, женатому на его дочери Анхесенпаатон («Она живет благодаря Атону»). Жреческая партия Амона постоянно возрастала, и Тутанхатон, начав царствовать в Ахетатоне, должен был вскоре пойти на компромисс, дабы сохранить свое положение. Он покинул город своего тестя и перенес двор в Фивы, не видевшие фараона уже двадцать лет. Ахетатон кое-как существовал еще некоторое время, поддерживаемый производствами цветного стекла и фаянса, процветавшими там в продолжение царствования Эхнатона. Эти ремесла вскоре заглохли, жители постепенно покинули город, пока наконец ни одной души не осталось на его опустевших улицах. Крыши домов провалились, стены покосились и обрушились, храмы, как мы увидим, стали жертвой мести фиванской партии, и некогда великолепная резиденция Атона постепенно превратилась в безобразные руины. В настоящее время последние известны под именем Тель-эль-Амарна и все еще лежат в том виде, как враги, время и жрецы Амона оставили их. Можно ходить по древним улицам среди домов, стены которых все еще имеют несколько футов в высоту, и пытаться восстановить по его покинутым жилищам жизнь некогда обитавших в них почитателей Атона. Здесь, в низкой кирпичной комнате, служившей архивом при посольском приказе Эхнатона, было найдено в 1885 г. около трехсот писем и депеш, по которым мы восстановили его сношения с царями и правителями Азии и постепенное отпадение его тамошних владений. Здесь находилось более шестидесяти депеш несчастного библского царя Риб-Адди. По современному названию места вся корреспонденция называется Амарнскими письмами. Все другие города Атона также совершенно погибли, но Гем-Атон в отдаленной Нубии избежал общей участи. Спустя долгое время местный храм Атона превратился в храм «Амона, владыки Гем-Атона», и благодаря этому в далекой Нубии все еще стоят развалины древнейшего храма монотеизма.
Поселившись в Фивах, Тутанхатон продолжал поклоняться Атону и несколько расширил или, по меньшей мере, подправил местный храм Атона, но жрецы Амона вынудили у него позволение возобновить почитание Амона. Он должен был восстановить старый праздничный календарь Карнака и Луксора; он сам руководил первым «праздником Опет», величайшим празднеством в честь Амона, и восстановил местные храмы. Обстоятельства также заставили его начать восстановление обезображенных имен Амона, изгнанных с памятников Эхнатоном, и его реставрации встречаются теперь на юге вплоть до Солеба в Нубии. Тутанхатон вынужден был пойти и на другую серьезную уступку жрецам Амона: он поменял свое имя на Тутанхамон («Живое подобие Амона»), откуда ясно, что он наконец оказался всецело в руках жреческой партии.