Но все же время от времени проявлялась оппозиция, хотя уже и осужденная заранее. Булла Климента IV от 1268 года, запрещающая архиепископам и епископам рассуждать о привилегиях, предоставленных нищенствующим, показывает, что вражда не угасла и только ждала удобного случая, чтобы снова выйти наружу. Даже в самом отдаленном углу Испании, в Леоне и в Галисии, германдада епископов и аббатов отмечает в 1283 году как одну из обязанностей союза борьбу против усиления доминиканцев и францисканцев и против несправедливостей, наносимых ими постоянно как монастырям, так и белому духовенству. Германдада нередко старалась не допускать постройки новых монастырей нищенствующих орденов или заставить их удалиться от притеснений, но в результате она всегда навлекала на себя грозный гнев Папы. Блеснул было луч надежды, когда на папский престол вступил умный и образованный Иоанн XXI; но его нелюбовь к нищенствующим сократила его жизнь, как раньше жизнь Иннокентия IV. Через восемь месяцев после его вступления на престол св. Петра на него обрушилась дворцовая крыша, и благочестивые летописцы орденов заклеймили его память как память еретика и чародея.
Около 1284 года толкование некоторых новых уступок, сделанных Мартином IV, снова подняло антагонизм. Поднялась вся Галликанская Церковь. Реймский архиепископ для обсуждения вопроса собрал в 1287 году поместный собор; он в горячих выражениях напомнил тщетные усилия духовенства разрешить дело мирным путем, напомнил невыносимые захваты, чинимые монахами, и нестерпимые оскорбления, наносимые ими как духовенству, так и мирянам, и указал на необходимость просить помощи Рима. Все знали, что подобное обращение требует больших расходов, но все епископы согласились дать на это пять процентов своих доходов, а аббаты, приоры, деканы, капитулы и приходские церкви жертвовали на это по одному проценту от своих доходов. Благочестивый францисканец Салимбен говорит, что таким путем было собрано сто тысяч турских ливров и что эти деньги пошли на подкуп Папы Гонория IV.
В Великую пятницу 1287 года должна была выйти его булла, запрещавшая нищенствующим монахам проповедовать и исповедовать. Они были в отчаянии. Но если раньше, во время Иннокентия IV, их спасли молитвы доминиканцев, то на этот раз им помогли молитвы францисканцев. В ночь на среду десница Господня покарала Гонория, в четверг он умер, и нищенствующие были снова спасены.
Борьба, однако, продолжалась до тех пор, пока Бонифаций VIII не отменил в 1298 году буллы Мартина IV, хотя и тогда Церкви не было дано успокоения. Не более счастлив был и Бенедикт XI, жаловавшийся, что спор этот подобен гидре, у которой вечно отрастают новые головы, сколько бы их ни рубить. В 1323 году Иоанн XXII признал еретическим учение Иоанна де Пуальи, утверждавшего, что исповедь у братьев не имеет никакого значения, так как всякий-де должен исповедоваться у своего приходского священника.
В 1351 году духовенство снова поднялось против нищенствующих. Весьма возможно, что самоотвержение братьев во время чумы, когда священники позорно прятались, а братья одни ухаживали за больными и напутствовали умирающих, подняло еще более их престиж в глазах народа, и захваты их стали шире. Как бы то ни было, к Папе Клименту VI явилась огромная депутация кардиналов, епископов и несметного числа священников, прося его или уничтожить нищенствующие ордены, или, по крайней мере, сократить их привилегии; они просили Папу запретить нищенствующим проповедовать и исповедовать, а также брать себе деньги за похороны, что очень обогащало их и очень сокращало доходы приходского духовенства. Нищенствующие не удостоили депутатов своим ответом, и за них ответил сам Папа, заявивший, что утверждение просителей, будто нищенствующие монахи бесполезны для Церкви, совершенно неверно, и что, наоборот, они приносят Церкви огромные услуги. "Если вы, – продолжает Климент, – заставите их замолчать, то о чем сами-то вы будете говорить народу? О смирении? Но ведь вы – первые гордецы, вы высокомерны и гонитесь за внешним блеском! О бедности? Но ведь вы так жадны до денег, что вам мало было бы церковных доходов всего мира! О целомудрии?.. Но об этом я лучше уж помолчу: Бог видит дела каждого человека и знает, сколько из вас предается сладострастию. Вы ненавидите нищенствующих и запираете перед ними двери домов своих, боясь, чтобы они не увидели вашей жизни, а сами при закрытых дверях прокучиваете свои доходы в компании прихлебателей и бездельников. Если пошло на правду, то нечего вам жаловаться, что нищенствующие получают часть имущества тех покойников, которых они напутствовали на смертном одре, в то время как вы позорно бежали; нечего плакаться, что они тратят эти деньги на сооружения, служащие только во славу Бога и Церкви, а не мотают их на кутежи и удовольствия. И обвиняете вы нищенствующих только потому, что не живете так, как они, что большинство из вас ведет жизнь суетную и пустую".