По окончании трехгодичного курса в этой коллегии, Ренан перешел в знаменитую школу св. Сульпиция, представлявшую собою высшую академию богословских наук во Франции. Там он нашел более строгую богословскую и церковно-религиозную атмосферу и должен был серьезно заняться догматикой и патрологией. Но эти науки уже потеряли для него свою прелесть, и так как они преподавались в несимпатичном ему сухом виде, с устранением всякой живой мысли, как опасной для богословия, то он занялся почти исключительно филологией и философией. В последней его идеалом сделался английский философ Томас Рид, который как пресвитерианец окончательно подорвал в нем веру в состоятельность римского католицизма и у Ренана явилось тайное желание сделаться протестантом, чтобы иметь полную свободу для богословского мышления. Но сделать этот шаг значило порвать со всем прошлым, со всеми дорогими воспоминаниями детства, и Ренан в это время пережил тяжелую внутреннюю борьбу. Он еще не оставлял мысли сделаться священником, надеясь, что тяжелый, ответственный труд пастыря подавит в нем сомнения и восстановит цельность разбитого миросозерцания, и в тоже время страшился этого шага. Между тем ему предложено было место лектора восточных языков в академии св. Сульпиция, и это обстоятельство решило его судьбу. Для расширения и углубления своих филологических знаний он обратился к немецкой литературе, и там-то впервые встретился со «своим дорогим учителем», Давидом Штраусом, который произвел на его расшатанную душу неотразимое впечатление.
Ренан сделался его горячим последователем и восторженным поклонником, и вся его дальнейшая литературная деятельность развивалась уже под его именно демоническим влиянием. Но между учителем и учеником была все-таки громадная разница. Давид Штраус пришел к своей печальной теории с чисто-немецким хладнокровием, и последовательно развивая крайние гегелевские положения, именно мысль о тождестве идеи и действительности, субъекта и объекта, при помощи тяжеловесной аргументации прилагал их к евангельской истории, которую и превратил в ряд мифических вымыслов, созданных-де национально еврейским воображением на основе ветхозаветных фактов и чаяний. Поэтому для его холодного, бездушно-логического мышления было решительно безразлично, что божественная личность Христа, верою в Которого живет и движется весь новейший цивилизованный мир, превратилась в мифический призрак, отвлеченную идею. Совсем иначе относился к этому Ренан. В нем происходила страшная внутренняя борьба, и его ум, уже отравленный ядом сомнения и рационализма, не мог побороть его сердца, которое продолжало жить прежним религиозным миросозерцанием и чувствовало инстинктивный страх, что с разрушением этого миросозерцания рушится все счастье бытия, потеряется самый смысл жизни. И этот внутренний разлад составляет самую яркую особенность всей его личности и наложил неизгладимую печать на всю его жизнь и деятельность. Он явно чувствуется даже в тех его произведениях, в которых сильнее всего выразилась его рационалистическое неверие, как, напр., в его пресловутой «Жизни Иисуса» (вышла в 1863 г.). В силу этого именно внутреннего разлада он не имел достаточно духа последовать за своим учителем настолько, чтобы вслед за ним отвергнуть евангельскую историю, как миф. Нет, не имея никаких достаточных оснований, он изменил своему учителю и его мифическую теорию превратил в полумифическую, в силу которой стал признавать, что Христос был действительная историческая личность, лишь разукрашенная последующими сказаниями, и затем, как бы радуясь спасению этой личности от потопления ее в страшной нирване немецкого мифизма, он по влечению и велению своего сердца обращается к ней во многих местах с таким восторженным благоговением и поклонением, с каким только римско-католический патер может обращаться к какой-нибудь прославленной Мадонне или к «сладчайшему сердцу Иисусову». Очевидно, и здесь в этом наиболее смелом и крайнем произведении своего неверия и рационализма Ренан оказался не более как (по его собственному выражению) «неудавшимся священником», латинским патером, которому по горькой иронии судьбы пришлось служить не Христу, а Велиару.