Когда все это происходило, папа Пий VII все еще пребывал узником в Савоне. Туда он прибыл 20 или 21 августа 1809 года. Сначала он жил у мера, но чрез несколько дней под помещение ему отведен был епископский дом. Наполеон распорядился, чтобы ему ежемесячно выдавалось по 100.000 франков. а также давались в распоряжение лошади и кареты. Для слуг его придумана была особая ливрея, и им также положено было ежемесячное жалованье из казны. Но папа отказался от всего этого, и просил своих слуг, чтобы и они также обходились возможно меньшим жалованьем. Он жил чистым аскетом, и несколько овощей и рыбы составляли единственную его пищу. Он совсем не выходил из дома, но ежедневно совершал мессу в своей небольшой домашней церкви; и здесь служитель его часто слышал, как он молился за человека, который раньше был защитником церкви, а теперь ее гонителем. При этом он не оставлял исполнения обязанностей, которые лежали на нем, как на папе, насколько это возможно было при данных обстоятельствах. Иметь при себе секретаря ему не было дозволено, и поэтому должность секретаря у него исполнял служитель. Император зорко следил за всем этим и даже вскрывал всю корреспонденцию папы, выжидая, когда наступит момент для заключения с ним мира. Во Франции возник крайне трудный вопрос. Наполеон именно назначил новых епископов. Но для них необходимо было каноническое утверждение со стороны папы, и можно было предполагать, что при данных обстоятельствах папа откажет в нем. Министр исповеданий посоветовал Наполеону, во избежание этого неприятного столкновения с папой, прямо отправить новоизбранных епископов в свои епархии, хотя это было явным нарушением конкордата. И действительно, некоторые из новых епископов получили приказ немедленно отправиться в свои диоцезы и во всех своих грамотах титуловаться епископами, «не ожидая канонического посвящения». Также он хотел поступить и с высшим епископом Франции, кардиналом Фешом, архиепископом лионским, который носил титул «примата Галлии» и с 1808 года управлял и архиепископией парижской. Когда кардинал заколебался в этом отношении и высказался в том смысле, что он но может занять парижской архиепископии, не получив утверждения папы, то император до крайности разсердился и решил даже предоставить эту архиепископию другому кардиналу, Мори. Император хотел, во что бы то ни стало, смирить папу, и решил совершенно лишить его всякой возможности сообщаться с внешним миром. Ночью в начале января 1811 года в помещение папы внезапно вошел префект савонский и произвел у него домашний обыск. Все комоды у него были раскрыты, развернуты были даже все одежды папы, как и его служителя, чтобы исследовать, не спрятано ли что-нибудь в них. Затем такой же обыск произведен был и у секретаря папы. У него отняли перо и чернила, а также и все книги, даже бревиарий и служебник. Все это было отправлено в Геную, где французские полицейские чиновники произвели тщательный осмотр всего. Папе позволено было читать лишь «Монитер», – совсем неприятную для него газету, так как там он мог читать лишь о выходках императора против церкви. Самые близкие его служители, и между прочим его престарелый цирюльник, были отправлены в Фенестреллы, и при этом отобраны были даже те золотые вещи, которые были поднесены папе некоторыми благочестивыми католиками. На содержание его с этого времени отпускалось всего лишь от 1.200 до 1.500 франков ежемесячно, и кареты, которые предоставлялись ему в распоряжение, были отправлены в Турин. Даже рыбачий перстень (annulus piscatorius, золотая папская печать) был отобран у него, чтобы он не мог пользоваться им для запечатывания бумаг. Император потребовал этот перстень к себе, и получил его, но сломанным (как он обыкновенно ломается при смерти всякого папы).
Желая оправдать свои действия, Наполеон приказал издать несколько сочинений, составленных во враждебном папству духе. Одно из них вышло под заглавием: «Опыт о светской власти пап, о злоупотреблениях, которые они делали из своего служения, и о войнах, которые они объявляли государям, особенно тем, которые имели господство в Италии». Императорскому библиотекарю Барбье уже с января 1810 года поручено было собрать примеры, доказывающие, что папы подвергались запрещению или даже низложению со стороны императоров. В свою триумфальную колесницу император велел впречь даже богословскую науку, чтобы только сломить ненавистное ему папство. Наполеон был тогда твердо убежден, что все «поповство"(la prêtraille) в заговоре против него и он метался направо и налево. Служители церкви один за другим были «устраняемы», от кардинала до простых деревенских священников, и даже женщины, которые были известны своим благочестием и церковною настроенностью, были заключаемы в государственную тюрьму. Но доселе церковной политике императора все еще недоставало необходимого ореола законности. Такой ореол он решил придать ей чрез созвание французского национального церковного собора.