Уже в 1809 году Наполеон созывал богословскую комиссию и предлагал ей различные вопросы, касавшиеся частью всего вообще христианства, частью церкви во Франции, и между прочим – вопроса о созыве собора. Единственным мужественным человеком в этой комиссии оказался аббат Эмери. При общей запуганности и раболепном ничтожестве он один отстаивал права папского престола и вступил в спор с самим Наполеоном. На аудиенции у императора 16 марта 1811 года он с большою смелостью напомнил императору, что даже в императорском катихизисе написано: «Папа есть видимый глава церкви», во введении к галликанским положениям от 1682 года прямо говорится, что примат св. Петра предписывается Самим Христом, и что христиане должны оказывать повиновение папе. Мужество аббата видимо произвело впечатление на императора, который не разгневался на него. Он вступил с аббатом в рассуждение и заметил, между прочим, что не оспаривает духовного главенства и авторитета папы, насколько последний имеет его от Христа. «Но ведь, – сказал он, – не Христос дал ему светскую власть. Это сделал Карл Великий. Я преемник Карла Великаго, и опять отнимаю ее у папы, потому что он не умеет пользоваться ею и потому что она только мешает ему исполнять свое духовное и церковное служение». Когда аббат сослался на Боссюета, который прямо заявляет, что папа должен пользоваться полною свободою, чтобы иметь возможность осуществлять свое церковное полномочие, то Наполеон обратил его внимание на то, что теперь другие времена. Во времена Боссюета Европа имела многих властелинов: теперь она имеет одного, и если все другие государи преклоняются пред этим одним, то почему и папа не должен сделать того же? Аббат, однако, не сдавался, а ответил ему так, что император замолчал. Все придворные до крайности удивлялись такому мужеству, и некоторые из епископов были достаточно бесхарактерны и бестактны, что стали даже извиняться перед императором за смелость аббата; но Наполеон заметил, что Эмери говорил как человек понимающий. Когда чрез несколько дней после того кардинал Феш вздумал изложить пред своим царственным племянником некоторые богословские соображения, то получил резкий ответ: «Да молчите же вы! Вы невежа. Где учились вы богословию? Я должен поговорить об этом с г. Эмери: он понимает тут кое-что». К несчастью для французской церкви, дни аббата Эмери были исчислены. Бедствия церкви подорвали в нем жизненные силы, и когда он услышал, что император серьезно думает привести в исполнение свой план о соборе, то у него разорвалось сердце, и он умер 28 апреля 1811 года.