В Кадисе уже давно имелось шесть оснащенных кораблей. Наполеон приказал снабдить их недостающим продовольствием, пополнить экипажи и добавить еще пять кораблей, которые ресурсы этого порта позволяли отремонтировать, снарядить и оснастить при наличии денег. В Кадисе находились и пять французских кораблей и несколько фрегатов адмирала Розили, снаряженные не хуже лучших английских кораблей. Наполеон пожелал подкрепить дивизию Розили еще двумя кораблями. Из средств Казначейства Франции он послал аванс, необходимый для сооружения двух новых кораблей на верфях Картахены, где строили искуснее, чем в Кадисе, так как дерево приберегали для ремонта уже оснащенного флота. Взамен Испания должна была предоставить Франции великолепные трехдечные корабли «Санта-Анна» и «Сан-Карлос», которые Франция обязалась возвратить после завершения строительства двух кораблей в Картахене.
Строительство двух новых кораблей в Картахене за счет Франции должно было оживить судостроение и вернуть разбежавшихся рабочих. Из этого порта ушла в Тулон эскадра из шести кораблей, но там оставалось еще два способных к плаванию корабля. Наполеон приказал без промедления снарядить их и добавить к ним несколько фрегатов. Флоту Картахены, нашедшему прибежище в Маоне, он предписал отправляться в Тулон или вернуться в Картахену.
Пробуждение активности в портах Испании сочеталось с подготовкой военно-морских сил на всей протяженности побережий Французской империи. Наполеон планировал иметь полностью снаряженные флоты во всех портах Европы: от Зунда до Кадиса, от Кадиса до Тулона, от Тулона до Корфу и Венеции, — разместив рядом с ними лагеря с отборными войсками, дабы разорить и довести до отчаяния Англию постоянной угрозой мощных экспедиций во все страны — на Сицилию, в Египет, Алжир, Индии, Ирландию и даже саму Англию.
Тем временем прибыли в Байонну испанцы, выбранные по приказу Наполеона из разных провинций Испании для образования хунты. Одни ответили на его призыв, потому что были убеждены, что соединение с династией Бонапартов послужит возрождению их родины, избавлению ее от опустошительной войны и спасению ее колоний; других привлекли выгода, любопытство и симпатия к необыкновенному человеку. Между тем повстанческое движение, вспыхнувшее в Мадриде 2 мая, перекинулось сразу в несколько провинций: Андалусию, удаленную от французских войск, Арагон, где вблизи от границы всегда был силен национальный дух, и Астурию, малодоступную и потому остро чувствующую свою независимость. В этих провинциях чувства народа, далекого от политических расчетов и оскорбленного посягательством на национальную династию, одержали верх над чувствами просвещенных классов, поэтому там не смогли и не осмелились назначить депутатов для Байоннской хунты. Мадридское правительство восполнило этот недостаток, самостоятельно назначив их. Некоторые, хоть и желали, однако боялись ехать в Байонну, ибо всюду ходили слухи, что кто туда поедет, оттуда уж не вернется. Род суеверного ужаса завладевал умами. Войска, которые хотели направить к Пиренеям, и особенно гвардейцы, отказывались повиноваться, что было досадно, ибо эти силы оставались повстанцам. Наполеон, уведомленный Мюратом о подобных настроениях, на несколько дней отослал обратно в Испанию Фриаса, Мединасели и еще некоторых видных особ, чтобы показать, что из Байонны можно легко возвратиться.
Близился конец мая, настроения в Испании видимым образом ухудшались, особенно из-за задержки с провозглашением нового короля. Мюрат настойчиво просил как можно скорее покончить с этим, чтобы решился, наконец, столь мучивший его вопрос и чтобы предупредить дальнейшее ухудшение настроений испанцев. Наполеон, который, разумеется, догадывался о личных мотивах зятя и не мог ускорить ответ из Неаполя, написал ему жесткое письмо. Получив это письмо, Мюрат, обуреваемый тысячами забот и тысячами надежд, которые то возрождались, то рушились, уязвленный несправедливыми упреками Наполеона, в конце концов пал — как от нездорового климата, так и от собственных переживаний. Его поразила жестокая лихорадка, угрожавшая его жизни и внушившая низшим классам убеждение, что помощника Наполеона настигла рука Провидения. Это народное суеверие и внезапное прекращение власти генерального наместника были не самым меньшим неудобством в сложившихся обстоятельствах.
Наконец, после трех недель ожидания, в первых числах июня Наполеон узнал о согласии и прибытии Жозефа, который не мог ни ответить, ни прибыть раньше по причине дальности расстояний. Накануне его прибытия, 6 июня, Наполеон решился провозгласить его королем Испании, дабы он мог явиться в Байонну в качестве такового и тотчас принять клятву верности от хунты. Наполеон издал декрет, которым назвал Жозефа Бонапарта королем Испании и Индий и гарантировал новому государю целостность его государств в Европе, Африке, Америке и Азии.