Центральная власть не могла мириться с подобным положением. Важной вехой на пути окончательного установления крепостного строя явилось введение в 1581 г. «заповедных лет». «Ныне по государеву указу крестьянам выходу нет», – гласил правительственный документ. Запрет на уход работника к другому хозяину распространялся на частновладельческих, удельных (принадлежащих царской фамилии) и черносошных (лично свободных, входивших в общину) крестьян. Эта мера сопровождалась составлением писцовых книг, в которые записывалось количество и указывалось качество земли и имена сидевших на ней крестьян. «Вот тебе, бабушка, и Юрьев день!» – метко отозвался русский человек о царском указе. В самом конце XVI столетия, в 1597 г. был установлен пятилетний срок сыска беглых крестьян, получивший название «урочных лет».
Усиление крепостного гнета во второй половине XVI в. заставляло крестьян массами покидать центр России, бежать на юг, что приводило к обезлюдению ранее самых развитых районов страны.
Кризис в государстве был усугублен тем, что правящий слой феодалов был расколот на дворянство и боярство. Дворяне были недовольны тем, что они не допускались к участию в управлении страной, а их интересы слабо учитывались в государственной политике. Дворянство добивалось окончательного прикрепления крестьян к земле, отмены Юрьева дня.
Радикальные меры правительства, стремившегося привязать посадское и сельское население к земле без права смены места жительства, не замедлили сказаться. В конце XVI в. начинаются массовые волнения крестьян и горожан, которые предшествовали наступлению в России Смутного времени.
Последние годы жизни Ивана Грозного были омрачены сознанием того, что он не сможет оставить царский трон достойному преемнику. В трагической гибели своего старшего сына Ивана был повинен он сам. Дмитрий, младший сын от брака с последней женой Марией Нагой, в год смерти Ивана IV (март 1584 г.) пребывал еще в младенческом возрасте (родился в 1582 г.). Царем стал средний сын Федор Иванович. Он был чрезвычайно религиозен и не питал склонности к управлению страной. В конце мая 1584 г. Москва торжественно отпраздновала коронацию нового царя. Иван Грозный перед смертью просил бояр И. П. Шуйского и Б. Ф. Годунова опекать будущего царя, хотя сам многие годы ограничивал политические притязания боярства.
Сразу же после вступления Федора Ивановича на престол при дворе началась борьба за влияние на преемника Грозного. Среди прочих выдвинулся шурин царя Борис Годунов. Он фактически и являлся правителем России на протяжении 14-летнего царствования Федора Ивановича. Наиболее опасный соперник Годунова боярин И. П. Шуйский погиб в тюрьме. Сам Борис Годунов происходил из незнатного рода, был зятем Малюты Скуратова. Годунов получил боярский титул лишь после женитьбы царского наследника Федора на его родной сестре. Многие годы, проведенные при дворе Ивана Грозного, были для Бориса Годунова школой сложного искусства политики.
Иван Грозный оставил сыну непростое наследство: истощенное войнами и опричниной хозяйство, напряженные отношения с Речью Посполитой и Крымским ханством. Казна опустела, поэтому действие заповедных лет было продлено, пятилетний срок сыска беглых крестьян продолжался оставаться в силе.
В годы правления Федора Ивановича в условиях относительной политической стабильности экономика России стала преодолевать негативные последствия опричнины. Развернулось городское и сельское строительство, возникали новые города и села в Поволжье и Сибири. Каменный приказ вел работу по перестройке устаревших крепостных стен в Москве, Астрахани, Смоленске. В столице были возведены известняковые, обложенные кирпичем стены и 29 башен Белого города, а также дерево-земляная линия укреплений, охватившая весь город по обоим берегам Москвы-реки.
Крупным событием стало учреждение в России патриаршества. За полгода до этого в Москву прибыл константинопольский патриарх Иеремия. С его благословения на церковном Соборе 1589 г. и был избран первый русский патриарх, которым стал московский митрополит Иов. Учреждение патриаршества свидетельствовало о возросшем международном авторитете страны. Русская церковь не только перестала формально подчиняться Константинополю как его митрополия, но стала самым крупным в мире центром православия. Русский патриарх утверждался царем всея Руси.
В царствование Федора Ивановича были предприняты шаги к восстановлению позиций России в отношениях с Швецией и Речью Посполитой. Единственная при Федоре Ивановиче война с Швецией завершилась подписанием в мае 1595 г. Тявзинского мирного договора, по которому Россия вернула себе города Ивангород, Ниеншанц, Орешек (Шлиссельбург), Ям, Копорье и волость Корелу, часть побережья Балтики, правда, без гаваней. Это явилось серьезным успехом русской дипломатии. Выгодным для России стало заключение перемирия с Речью Посполитой, не оставлявшей своих притязаний на западные русские земли. Не увенчался успехом и поход крымского хана Казы-Гирея на Москву в 1591 г.