В конце 1564 г. Иван IV покинул столицу. В январе 1565 г. он прислал в Москву из Александровой слободы (ныне г. Александров) два послания. В одном, обращенном к духовенству и служилым людям, царь обвинял князей и бояр в измене и из-за этого отказывался от престола. В другом, адресованном посадским людям, он повторил то же, но добавил, что на посадских людей у него гнева нет. Замысел царя был достаточно прост: используя веру масс в «доброго царя», борющегося за народ с богатинами-боярами, добиться того, чтобы простые люди попросили его вернуться на царство.
Своей цели Иван IV достиг. Из Москвы в Александрову слободу была направлена депутация, просившая его вернуться. Этого ему и было нужно. Переговорив с депутацией, царь согласился остаться на престоле, но при условии, что его власть будет неограниченной, что он своей волей будет карать изменников: одних казнить, отбирать их имущество, на других класть свою опалу. Для этого он устраивал государев удел – опричнину. Иным путем получить неограниченную власть царь не мог.
Объявив о создании опричнины (от слова «опричь» – кроме), царь начал по своему усмотрению отбирать в государев удел территории – лучшие для земледелия, а также те, которые были важны в военно-стратегическом плане.
Создавая опричнину, царь выселял оттуда многих вотчинников-бояр в земли земщины, т. е. той территории, которая не входила в опричнину. Земщиной управляла Боярская дума. В опричнине был создан государев двор и организовано особое войско, ставшее своего рода полумонашеским-полурыцарским орденом, основанным на щедрых денежных и земельных подачках и на беспрекословном подчинении царю. Состав опричников был довольно пестрым. В их число входили дворяне, представители княжеско-боярской аристократии, иностранцы-наемники. В опричнине был создан государственный аппарат с опричной думой. Опричнина стала мощной военно-карательной машиной в руках царя.
Учреждая опричнину, Иван IV выговорил себе право казнить бояр без суда и следствия, что и было главной его целью. Жестокий, часто впадавший в приступы бешеного гнева, аморальный и одновременно с этим глубоко религиозный, Иван IV развязал массовый террор в стране, направленный против всего ее населения. Чтобы подавить людей думающих и рассуждающих, царь нагнетал атмосферу всеобщего страха, казнил правых и виноватых, сторонников и противников. С помощью террора он пытался возвести на земле «царство Божие», позволить людям увидеть истину и единого Бога, забыть о междоусобицах и преступлениях.
Сразу после начала опричнины была разгромлена суздальская княжеская группировка, Шуйские в том числе, и был ликвидирован Старицкий удел. Его князь, двоюродный брат Ивана IV Владимир Андреевич, который мог претендовать на престол, вместе с семьей был отравлен. Последнее реально существовавшее удельное княжество прекратило свое существование.
Опричнина вызвала недовольство и озлобление. Митрополит Афанасий отказался поддерживать царя в его деяниях и ушел с поста «по болезни». Казанский епископ Гермоген, выступивший против опричных казней, был сослан. Митрополитом стал Филипп, в миру боярин Колычев.
В 1566 г. на Земском соборе довольно весомо было высказано недовольство опричниной. После этого последовали новые казни. В 1567 г. был казнен боярин И. П. Федоров и его сторонники, готовившие арест царя. Против опричнины выступил митрополит Филипп. Он отказал царю в благословении, после чего был сослан в Тверской Отрочь монастырь. Там он был задушен одним из самых приближенных опричников царя Малютой Скуратовым. Низложение митрополита Филиппа было шагом к лишению церкви ее относительной самостоятельности.
В 1569–1570 гг. Иван Грозный совершил с опричным войском поход на Новгород, население которого якобы решило отойти под власть великого княжества Литовского. По пути опричники жгли города и села, грабили их жителей. Были разгромлены Клин, Тверь, Торжок. Вступив в Новгород, опричники начали расправу с его населением. Разгром города продолжался 40 дней. Потери, которые понесла наиболее развитая в хозяйственном отношении часть России, были огромны.
Недовольство опричниной в стране нарастало. Росло оно и в опричнине, поскольку казни «изменников» начались в ней самой. Опричная политика все больше ослабляла страну. Ухудшалось положение России в Ливонской войне. В 1571 г. последовал удар Крымского ханства. Хан Девлет-Гирей вторгся в Россию и сжег Москву. Все это привело к тому, что в 1572 г. Иван IV отменил опричнину и запретил даже упоминать это слово.