После смерти Ивана IV разгорелась борьба за власть между боярскими группировками. В ней столкнулись группировка знати, сплотившейся вокруг Шуйских, по значимости рода претендовавших на власть, и худородная группировка особого «двора» – бывшие фавориты Ивана IV во главе с Богданом Вельским, сторонником сохранения опричных порядков. Влиятельная группировка Романовых – Годуновых, близкая к умершему Ивану IV и Федору своими родственными связями, также участвовала в борьбе.
Опасаясь народных волнений, боровшиеся между собой бояре не торопились объявлять всем о кончине царя. Но весть о смерти Ивана IV все-таки проникла в город и вызвала в народе волнения. Глубокой ночью бояре присягнули Федору. Царевича Дмитрия вместе с матерью отправили в Углич, а ее родственников Нагих арестовали и сослали из Москвы. Б. Бельский контролировал положение в Кремле, расставив на его стенах стрелецкие сотни особого «двора». Но против Вельского выступила земская оппозиция, требовавшая вернуть страну к доопричным порядкам. Бельский всякими посулами уговорил стрельцов «двора» слушаться только его приказов и, закрыв Кремль, откуда выехали на обед члены опекунского совета, пытался убедить Федора в необходимости сохранения «двора» и опричных порядков.
Никита Романов и Иван Мстиславский, бояре из опекунского совета, узнав о действиях Вельского, с толпой дворян и холопов поспешили в Кремль. Но стрельцы их туда не пустили. У ворот Кремля произошла стычка стрельцов с опекунами и прибывшими с ними дворянами и холопами. Столкновение было бурным и шумным. На шум прибежали москвичи, с которыми стрельцы попытались расправиться силой оружия. Это послужило толчком к восстанию. Восставшие требовали выдачи Вельского и прекращения жесткого опричного курса. Федор и его окружение выслали из Москвы Вельского, о чем было сообщено москвичам. Постепенно восстание стало сходить на нет.
Плодами его воспользовались дядя царя Никита Захарьин и его шурин Борис Годунов (царь Федор был женат на его сестре Ирине), которые, удовлетворив некоторые требования восставших, оказались у трона. Заботы нового окружения Федора свелись к укреплению власти царя и привлечению на свою сторону земской знати. Возвышение Б. Годунова вызвало недовольство титулованной знати, особенно у Шуйских, олицетворявших могущество аристократии. Земщина не могла простить Годунову его опричного прошлого. Положение Годунова, несмотря на то что он оказался у самого кормила власти, оставалось непрочным.
В апреле-мае 1586 г. в Москве вновь закипели страсти. Новая вспышка борьбы боярских группировок за власть, целью которой было отстранение Годунова от власти, совпало с новым народным восстанием в Москве. Поводом стало отсутствие у Федора наследников и попытка Годунова оговорить с Веной вопрос (в случае смерти Федора) о заключении брака его жены Ирины с австрийским принцем с последующим его возведением на русский престол. Переговоры велись тайно, но о них все-таки узнали поляки, которых снабдил достоверной информацией участник переговоров переводчик Заборовский. Годуновы хотели всеми силами сохранить свою власть. Но обращение к иноверцам лишь усилило недовольство противников Бориса. Бояре усилили агитацию против него. В апреле 1586 г. умер Никита Захарьин (Романов), что еще более ослабило положение Годунова.
В мае 1586 г. правительству пришлось отсиживаться в Кремле «в осаде» от разгневанных жителей Москвы. Царь и царица покинули город, а московские жители требовали развода царя с женой. Но Годунову удалось внести раскол в ряды своих противников. Восстание было подавлено. Семь его зачинщиков из числа московских посадских людей были казнены. Князья Шуйские и иерархи церкви были отправлены в ссылку. Годунов предпринял меры по упрочению своего положения.
В результате событий мая 1586 г. к власти пришла группировка старомосковского боярства, связывавшая прочность своего положения и увеличения богатств со службой государству. Борис Годунов имел много своих сторонников в Боярской думе и сумел подчинить приказной аппарат. С 1587 г. он стал фактическим правителем России.
Б. Ф. Годунов продолжал проводить политику, направленную на усиление государства и царской власти, уменьшение политического веса и значения знати. Политика централизации проводилась им без массовых казней и репрессий. Он издавал указы о запрете переходов крестьян в Юрьев день, указ «об урочных летах» 1597 г. Годунов провел так называемое «посадское строение». Черные посадские тяглецы, зал сжившиеся в «белые слободы», насильственно возвращались в «государево тягло». Государство тем самым увеличивало поступление денег в казну и шло навстречу посадским людям, которые резко выступали против «белых слобод». Однако эта мера государства не сняла напряжения в его отношениях с посадскими общинами городов.