В 1597 г. был издан указ о кабальных холопах. С этого времени, уплатив долг, они не получали свободу, а оставались холопами своего владельца до его смерти. Люди, служившие «по вольному найму», и «добровольные холопы» после шести месяцев службы становились холопами и сами, без договоренности с владельцем, разорвать свою зависимость не могли.
Политика Годунова была направлена на экономическую поддержку средних и мелких землевладельцев («обеление», т. е. освобождение от налогов помещичьей пашни, отмена церковных тарханов в 1584 г.).
В 1589 г. в России было введено патриаршество. Первым патриархом стал близкий к Годунову Иов. Русская церковь после падения Константинополя была зависима от константинопольского патриарха номинально. Она считала себя хранительницей «активного православия». Российское государство было независимым, что говорило о наличии на ней «Божьей благодати». После краха Византии в России укрепилась мессианская идея, что Россия в православном мире занимает исключительное место и от нее зависит судьба мира, а русская церковь и государь – охранители и утвердители «большого православия» в мире. Стремление русской церкви к самостоятельности вызывало несогласие константинопольских церковников, поэтому для его преодоления церкви была необходима помощь государства, что, в свою очередь, усиливало ее зависимость от него.
В 1590–1593 гг. Россия воевала со Швецией. Война была успешной. По Тявзинскому миру 1595 г. Россия вернула утраченные после Ливонской войны земли с городами Ям, Копорье, Ивангород и Корела. Она продолжала осваивать Сибирь и укреплять свои рубежи. Для борьбы с Крымским ханством создавались новые города-крепости – Орел, Курск, Воронеж, Белгород, Елец и др. На западе известным фортификатором Федором Конем была построена первоклассная Смоленская крепость. На севере выстроены крепости в Архангельске и Кольском городке. В Поволжье были сооружены крепости в Самаре, Саратове, Царицыне, Астрахани. Россия укрепляла свои позиции на Кавказе, развивая отношения с Грузией. В устье Терека была поставлена мощная крепость.
Путем развития крепостного права Борис Годунов в 90‑е годы сумел вывести из кризиса экономику страны. Однако экономическое положение России оставалось весьма и весьма неустойчивым. Любой катаклизм в стране мог вызвать новый экономический кризис или вообще поставить экономику на грань краха.
Несмотря на достигнутые успехи и некоторую стабилизацию положения в России, во второй половине 80‑х – начале 90‑х годов в стране назревал экономический, социальный и политический кризис, который разразился в начале XVII столетия, затронув все стороны жизни.
В 1591 г. в Угличе погиб царевич Дмитрий. Опекунский совет при царе Федоре признал Дмитрия законным сыном Ивана IV. С 1584 г. до своей гибели он жил с матерью в Угличе под присмотром людей Б. Годунова, который добился запрета упоминать о том, что Дмитрий родился в седьмом, незаконном браке Ивана IV. Обстоятельства гибели царевича Дмитрия по сию пору недостаточно ясны. В Углич Годунов направил следственную комиссию во главе с одним из самых ярых своих противников князем Василием Шуйским. Комиссия составила свое заключение, по которому можно было трактовать причины гибели царевича по-разному. Официально было объявлено, что Дмитрий погиб во время припадка эпилепсии, которой он страдал, случившегося с ним во время игры в тычку (ножички) – «сам себя наколол ножом». Но сразу после известия о гибели царевича по стране пополз слух о том, что Дмитрий убит людьми Годунова, который тем самым расчистил себе дорогу к трону. К этому слуху добавился новый взбудораживший людей слух о чудесном спасении царевича-избавителя Дмитрия. Эти слухи усилили недовольство Годуновым в народе. Простые люди, недовольные проводимой им крепостнической политикой, теперь возненавидели «детоубийцу», стремившегося узурпировать трон. Однако, несмотря на усилившееся в народе брожение, правитель продолжал свою политику укрепления государства и царской власти. А это, в свою очередь, вело к усилению неприятия ее не только народом, но и феодалами.
Тем не менее во все более обострявшейся в России обстановке Годунов сохранял в своих руках реальную власть. Он четко контролировал деятельность администрации, твердо проводил внешнюю политику, его поддерживал патриарх. Он жаловал, миловал, отправлял в опалу, назначал на служебные должности. Многие феодалы при дворе были обязаны ему своим положением.