Последний Земский собор в полном составе собрался в 1653 г. и обсуждал вопрос о принятии Украины в состав России. Л. В. Черепнин и ряд других историков считают, что созыв Земских соборов продолжался до 80‑х годов XVII в. Вряд ли они правы, потому что Земские соборы после 1653 г. не были ими в полном смысле этого слова. В Земском соборе непременно должны были участвовать Боярская дума, Освященный собор и выборные представители дворянства и городов (т. е. представители Земли). На соборы после 1653 г. созывались лишь представители тех сословий, мнение которых власть в данный момент хотела знать. Это и так называемый собор 1662 г. с торговыми людьми, и собор 1682 г. с Боярской думой и Освященным собором, но без Земли, где было отменено местничество.
Изменения происходили и в приказной системе. Деятельность административных учреждений основывалась на обычаях, исторической традиции, а не на писаных законах. Существовало 40 постоянно действующих приказов. Они делились на государственные (территориальные и отраслевые), дворцовые и патриаршие. Функции их переплелись, не были строго разграничены, что вело к раздроблению и усложнению управления. Фактически приказные чиновники, основную массу которых составляли «беспородные» люди, сами определяли, что выполнять из распоряжений власти, а что нет. Правительство стремилось преодолеть запутанность и раздробление в управлении и сосредоточить власть в своих руках. Чтобы этого добиться, оно сливало и реорганизовывало приказы, подчиняло целые их группы одному лицу. Так, например, тесть царя князь И. Д. Милославский руководил работой пяти приказов, а Посольскому приказу были подчинены 9 приказов, ведавших присоединенными территориями.
Правительство стремилось перестроить систему местного управления. В 1613 г. в 33 городах было введено воеводское управление, что означало усиление бюрократических начал в управлении на местах. Служба воевод считалась «корыстной», так как не оплачивалась государством. При вступлении в должность воевода получал от населения «въезжий» корм, а к празднику подношения. Приношениями радовали воевод разного рода челобитчики. Воеводы оттеснили на задний план выборные органы местного управления, что вело к уменьшению роли местного дворянства, верхушки посада и черносошных крестьян в управлении на местах. Зато это способствовало выдвижению во власть высших слоев дворянства, получавших места воевод.
Россия делилась на 250 уездов, во главе которых стояли воеводы. Во второй половине XVII в. некоторые уезды стали объединяться под властью одного воеводы в так называемые разряды: Рязанский, Украинный, Новгородский, Севский и т. д. В руках воевод была сосредоточена административная, судебная и военная власть, надзор за сбором налогов и податей.
При воеводе действовала канцелярия, «съезжая», или «приказная изба». Губные учреждения при воеводах становились лишь исполнительными органами. Земские старосты, при которых были земские избы, наблюдали за сбором прямых налогов, содержали воеводу и его приказных людей. Выборные чины местной администрации постепенно теряли свое значение, и порядок выборов отмирал.
Остро стоял вопрос о реформировании и централизации вооруженных сил России. Падала боеспособность стрелецкого войска. Стрельцы по многу лет не получали от государства денежного жалованья. Источником жизни для них и их семей были занятия торговлей и ремеслом, разрешенные им еще в XVI в. Командиры полков часто использовали стрельцов для работы в своих хозяйствах. Все это делало военную службу обременительным занятием для стрельцов.
Дворянское ополчение несло службу на тех же началах, что и в XVI в. Поместья, которые получали дворяне, для государства были средством организации военной службы дворян, для них же самих служба была средством получения земли и крепостных. Но к концу XVII в. большая часть дворян получила право передавать свои поместья по наследству, а потому служба для них стала весьма обременительной. Они всячески от нее уклонялись. К тому же дворяне были плохо обучены ведению военных действий. Один из современников охарактеризовал их военную подготовку следующим образом: «Учения у них к бою не бывает, и строю никакого не знают». Уже в первой половине века в связи с этим началось формирование полков «нового строя», рейтарских и драгунских. Они создавались путем принудительного набора «даточных людей», когда от 100 дворов на пожизненную службу в этих полках брали одного человека (с 1679 г. двор стал единицей налогообложения). К концу XVII в. полки «нового строя» стали играть значительную роль в организации вооруженных сил России.