Смятения и споры отчаянных противников Москвы с ее сторонниками не утихали; однако последние уже решительно преобладали и находили дальнейшее сопротивление невозможным. При таких обстоятельствах главный воевода новгородский кормленый князь Василий Васильевич Шуйский торжественно на вече, 28 декабря, сложил с себя присягу Новгороду; а спустя два дня беспрепятственно выехал в московский стан и вступил в службу великого князя. 29-го Иван позвал новгородских послов к себе, лично подтвердил помянутые условия и отпустил их в город. Но едва владыка и послы вышли от него, как их нагнали бояре и объявили, что государь требует еще волостей и сел, «понеже великим князьям нельзя без того держать свое государство на отчине своей Великом Новгороде». По поводу этого требования послы еще несколько раз ездили в Новгород и возвращались в московский стан. Новгородцы предлагали то пограничные с Литвой Великие Луки и Ржеву Пустую с волостями, то десять волостей владычных и монастырских; но великий князь не принимал их предложения. Когда же его попросили самому назначить, то он потребовал половину всех волостей владычных и монастырских и все волости торжковские, кому бы они ни принадлежали, то есть владыке, монастырям, боярам или другим новгородцам. Вече согласилось и на это; только просило отобрать половину земель у шести главных монастырей (Юрьевского, Благовещенского, Аркажа, Антоньева, Никольского в Неревском конце, Михайловского на Сковородке), а иные монастыри не трогать, ибо они бедны и мало имеют земель. Великий князь соизволил на эту просьбу, а когда по его приказу составили подробный список требуемых волостей, то он оказал милость владыке и не взял у него половины земель, а отобрал из них десять лучших волостей. Когда решен был вопрос о волостях, владыка с послами бил челом Ивану Васильевичу смиловаться над городом и облегчить осаду, в которой гибло много людей. Но великий князь не спешил исполнением этого челобитья и велел еще своим боярам говорить с посольством о ежегодной дани, которую оно предложило со всех волостей новгородских по полугривне или по семи денег с сохи. Московские бояре спросили, как велика новгородская соха и получили в ответ: «Три обжи составляют соху; а обжа, когда один человек орет на одной лошади, кто орет на трех лошадях и сам третей, то выходит соха». Великий князь потребовал было по полугривне с обжи; однако потом смиловался и положил по полугривне с сохи «со всех волостей новгородских, также на Двине и в Заволочье, со всех, кто пашет землю, равно с ключников, старост и одерноватых». При сем по челобитью владыки он согласился не посылать собственных писцов и даннщиков, от которых была бы тягота крестьянам, а положиться на веру и совесть новгородцев, которые сами соберут дань и отдадут, кому будет приказано.
По окончании всех этих переговоров Иван Васильевич велел очистить для себя Ярославов двор и составить целовальную или присяжную запись для новгородцев. На ней подписался владыка и приложил свою печать, вместе с печатями от всех пяти концов. По этой записи приносили присягу великому князю те новгородские бояре, житьи и купцы, которые приезжали с челобитьем в стан на Паозерье. А 15 января пятеро московских бояр, ведших переговоры, отправлены в город, чтобы по той же целовальной грамоте привести к присяге весь Новгород. С сего дня вече уже перестало существовать; поэтому высшие классы, то есть бояре, житьи и купцы, присягали на владычном дворе; а по концам были посланы от великого князя его дети боярские, которые приводили к присяге черных людей. Потребовали также присяги от людей боярских и от вдовых боярынь, так как в Новгороде они пользовались значительными правами и распоряжались имуществом своих детей. Затем новгородские бояре, дети боярские и житьи били еще челом великому князю о принятии их в свою службу; на что, конечно, получили его соизволение, с обязательством доносить о всяком добре и лихе, замышляемом кем-либо из новгородцев на великого князя. Только 18 января Иван Васильевич разрешил скопившимся в городе крестьянам разойтись по своим волостям и селам, и только 29-го в четверг на Масленой неделе он с братьями и боярами приехал в Новгород, чтобы отслушать обедню у Св. Софьи; но опять воротился к себе на Паозерье, так как город заражен был моровой язвой. Еще около трех недель он оставался здесь, занимаясь устройством новгородских дел.