На Ярославовом дворе вместо веча теперь помещены были два великокняжеских наместника, князь Иван Стрига-Оболенский с братом Ярославом; на Софийскую сторону великий князь также назначил двух бояр (Василия Китая и Ивана Зиновьева). Эти четыре наместника должны были теперь ведать управление и суд вместо прежних посадников и тысяцких. Затем, не стесняясь только что данным помилованьем покорившимся новгородцам, великий князь велел схватить еще несколько вожаков противной ему партии из числа бояр и житьих людей и отправить их в московское заточение, а имения их отписать на себя. В числе схваченных находилась и знаменитая Марфа Борецкая с ее внуком Василием, сыном Федора Дурня, который умер в заключении в городе Муроме, приняв монашеское пострижение. Владыка Феофил богатыми «поминками» старался задобрить самодержавного теперь государя Новгородской земли и несколько раз подносил ему золотые цепи, чары, ковши, серебряные кружки, кубки, миски, целые сотни кораблеников и прочие дорогие вещи. Наконец, 17 февраля Иван Васильевич выехал в обратный путь и 5 марта в четверг на пятой неделе Великого поста прибыл в Москву. Еще прежде прислал он боярина Слыха к матери, сыну и митрополиту с известием, «что отчину свою Великий Новгород привел в свою волю и учинился на нем государем как и на Москве». Вслед за великим князем привезли из Новгорода и вечевой колокол, повесили его на Кремлевской площади на колокольню, и стал он звонить «на равнее» с прочими колоколами.
Печальную картину представлял Великий Новгород и вся его область после этого похода. Повсюду остались глубокие следы разорения и опустошения. Народу погибло гораздо более, чем в первый поход; ибо тогда было теплое время и сельские жители укрывались в лесах; а теперь при зимних снегах и морозах укрыться было некуда, и множество людей погибло от меча, болезней, голода и холода.
Несмотря на такое истощение сил, вольнолюбивые новгородцы не могли скоро помириться с потерей самобытности и с тяжким для них московским владычеством. Уже в следующем, 1479 году доброхоты донесли великому князю, что Новгород тайно сносится с Казимиром Литовским, который готовится к войне с Москвой и поднимает на него хана Золотой Орды; около того же времени возникло неудовольствие между Иоанном и его братьями, так что время показалось очень удобное для новгородского восстания. Иоанн оценил важность минуты, и на этот раз, вопреки своей обычной медлительности и осторожности, 26 октября поспешил в Новгород только с одной тысячью военных людей, поручив сыну собирать большую рать и идти за собой. Несмотря на поставленные по пути заставы, долженствовавшие не пропускать в Новгород известий о походе великого князя, граждане узнали о нем; они немедленно подняли знамя восстания и принялись укреплять город; причем вновь избрали степенных посадника и тысяцкого и возобновили свое вечевое устройство. Услыхав о том, великий князь остановился в Бронницах и две недели ждал, пока подошла московская рать. Тогда он вновь осадил Новгород. На этот раз осада продолжалась недолго: внутри города пошли опять раздоры партий и постоянные измены; многие граждане уходили в стан к великому князю. Меж тем московские пушки, направляемые Аристотелем, громили стены; а внешняя помощь ниоткуда не являлась. Новгородцы опять попытались было вступить в переговоры через своего архиепископа и послали просить опасной грамоты. Но Иоанн отвечал: «Я сам спас для невинных и государь вам; отворите ворота; когда войду в город, то невинных ничем не оскорблю». Отворили ворота. Архиепископ с духовенством и с крестами, выборные власти, бояре и весь народ вышли навстречу великому князю, пали ниц и просили прощения. Он взял благословение у владыки; сказал, что невинным приносит мир, и отправился помолиться у Св. Софии. Затем остановился в доме нового посадника Ефима Медведева, и началась суровая расправа.
Легкомысленно начав восстание, новгородцы не сообразили того, что в случае неудачи они лишаются и тех немногих льготных условий, на которых сдались Иоанну несколько месяцев тому назад. И действительно, великий князь после усмиренного восстания обошелся с ними уже как самодержавный государь со своими мятежными подданными. Во-первых, он велел схватить главных крамольников и подвергнуть их пытке. На этой пытке они оговорили архиепископа как участника мятежа. Тогда Феофил был взят под стражу и отослан в Москву, где заключен в Чудов монастырь; а великие владычные сокровища, состоявшие в золоте, серебре и драгоценных камнях, отобраны в казну государеву. На место Феофила был прислан потом из Москвы Сергий, посвященный в новгородского архиепископа из монахов Троицкой лавры. Во-вторых, более сотни важнейших мятежников казнены; их имения также отобраны на государя.