Черезъ три дня послѣ низверженія св. Филиппа, поставленъ былъ митрополитомъ игуменъ троицкій Кириллъ,
къ досадѣ архіепископа Пимена, надѣявшагося быть таковымъ. Онъ правилъ съ 1568 по 1572 годъ, ничѣмъ себя не ознаменовавъ. Казни продолжались. Подвергся въ 1570 г. разгрому Іоанномъ Новгородъ, при чемъ главнымъ измѣнникомъ былъ объявленъ архіеп. Пименъ. Онъ, съ другими, былъ обвиненъ въ сношеніяхъ съ польско-литовскимъ королемъ, воевавшимъ съ Россіей. Пимена посадили на бѣлую кобылу, в худой одеждѣ, съ волынкой, съ бубномъ въ рукахъ какъ шута, возили по Новгороду и отправили въ Александровскую слободу. Лишенный сана, Пименъ былъ сосланъ въ Николаевскій Веневскій монастырь, гдѣ вскорѣ умеръ.По кончинѣ митр. Кирилла IV, его замѣстителемъ въ томъ же 1572 г. былъ избранъ архіепископъ полоцкій Антоній.
При немъ упразднена была въ 1572 г. опричнина. Тогда же послѣдовали кары въ отношеніи враговъ св. Филиппа, объявленныхъ клеветниками. Соловецкій игуменъ Паисій сосланъ былъ въ Валаамскій мон. Единомышленникъ Пимена въ дѣлѣ противъ святителя, еп. рязанскій Филоѳей, лишенъ былъ сана. Монахъ Зосима и еще десять иноковъ, клеветавшихъ на Святителя, были разосланы по разнымъ монастырямъ. Кобылинъ, жестокій и грубый приставъ св. Филиппа, былъ сосланъ въ монастырь. Другіе соучастники зла удалены отъ лида царскаго. Но казни еще повторялись. Митр. Антоній правилъ до 1580 г. Преемникомъ его былъ игуменъ хутынскій Діонисій. Онъ читалъ молитвы постриженія надъ умиравшимъ 18 марта 1584 г. царемъ Іоанномъ, названнымъ въ монашествѣ Іоной. Соловьевъ пишетъ о немъ: “Діонисій могъ быть уменъ и сладкорѣчивъ: во многихъ хронографахъ онъ называется мудрымъ грамматикомъ; но чтобы онъ дѣйствовалъ противъ Годунова изъ честолюбія, — на это нѣтъ никакихъ современныхъ свидѣтельствъ”. Борисъ Ѳедоровичъ Годуновъ, братъ царицы Ирины, выдвинутый за свой умъ и способности Іоанномъ Грознымъ, съ 1586 г. сталъ, по свидѣтельству лѣтописей, правителемъ государства. Царь Ѳеодоръ Іоанновичъ, по словамъ Карамзина, былъ постникомъ и молчальникомъ, болѣе для келіи и пещеры рожденнымъ, чѣмъ для державной власти. Родовитое боярство было недовольно выдвиженіемъ Годунова, потомка татарскаго мурзы Чета, прибывшаго въ Россію въ серединѣ ХІV в. Главными врагами Годунова были князья Шуйскіе. Продолжимъ сказаніе Соловьева: “Діонисій является вначалѣ миротворцемъ между Годуновыми и Шуйскими: потомъ, когда, тотчасъ же послѣ примиренія, Годуновъ опять началъ вражду, сославши неизвѣстно куда двоихъ приверженцевъ Шуйскаго, митрополитъ соединяется съ послѣднимъ, но позволяетъ уговорить себя Борису не начинать дѣла о разводѣ (царя съ царицей), ибо это дѣло долженствовало быть очень тяжело для совѣсти святителя; Діонисій не могъ не помнить, какимъ нареканіямъ подвергался митрополитъ Даніилъ за разводъ великаго князя Василія. Наконецъ, когда, по прямому свидѣтельству лѣтописца, Годуновъ, преслѣдуя Шуйскихъ, пролилъ много крови неповинной, Діонисій является явнымъ обличителемъ неправдъ его передъ царемъ — и страдаетъ за это”. Митрополитъ Діонисій въ 1586 г. былъ сведенъ съ престола и сосланъ въ Хутынскій мон. Преемникомъ его сталъ архіеп. ростовскій Іовъ, до этого епископъ Коломенскій.Въ исторіи епархіальнаго управленія московской митрополіи важно было паденіе вольныхъ городовъ и прекращеніе ихъ стремленія къ церковной самостоятельности. Въ Новгородѣ
литовская партія со времени кончины св. архіеп. Іоны требовала, чтобы вновь избранный владыка Ѳеофилъ ѣхалъ ставиться не въ Москву, а въ Кіевъ. Тотъ не соглашался, тѣмъ болѣе, что литовскимъ митрополитомъ былъ тогда ставленникъ патріарха уніата, Григорій. Въ отрицательномъ отношеніи къ послѣднему Ѳеофилъ нашелъ поддержку даже у большинства тѣхъ новгородцевъ, которые политически склонны были предаться королю Казимиру. Послѣ перваго похода вел. князя Іоанна III противъ Новгорода въ 1471 г. Ѳеофилъ былъ поставленъ въ Москвѣ и позднѣе выступалъ тамъ въ качествѣ ходатая за свой городъ. Но, когда въ 1478 г. Іоаннъ III послѣ похода подчинилъ себѣ окончательно Новгородъ, то просьбы владыки о сохраненіи вольностей были безуспѣшны. Узнавъ о сношеніяхъ крамольныхъ новгородцевъ съ польскимъ королемъ и орденомъ, Іоаннъ въ 1480 г. вновь покаралъ Новгородъ. Владыка Ѳеофилъ былъ отправленъ въ Чудовъ мон. На его мѣсто былъ поставленъ москвичъ владыка Сергій. Преемникомъ его съ 1484 г. былъ тоже москвичъ св. Геннадій, борецъ съ жидовствующими, позднѣе устраненный Іоанномъ IV за взиманіе, вопреки соборнаго постановленія, платы за ставленіе духовенства. Въ 1509 г. отстраненъ былъ св. Серапіонъ за наложеніе запрещенія на пр. Іосифа Волоколамскаго. Отмѣчалось выше устраненіе Іоанномъ III архіеп, Пимена. Преемникъ его, Леонидъ, въ 1576 г. былъ умерщвленъ по распоряженію царя. Псковъ все время просилъ объ освобожденіи своемъ отъ власти новгородскихъ владыкъ, но митрополиты разрѣшенія этого не давали.