Въ изучаемомъ періодѣ исторіи чаще созывались соборы. Архіеп. Филаретъ отмѣчаетъ: “Св. Геннадій писалъ къ митр. Зосимѣ: “поелику повелѣно каждый годъ съѣзжаться къ тебѣ, нашему отцу, то да учинишь на соборѣ съ нами, твоими дѣтьми и сослужебниками, исправленіе дѣлъ недоразумѣваемыхъ”. Съ половины XV ст. нерѣдко выполнялось это правило; а въ XVI в. часто собирались соборы. На соборъ являлись кромѣ епископовъ настоятели знатнѣйшихъ монастырей”. Съ 1441 г. по 1572 г. включительно соборы созывались 22 раза, изъ нихъ 18 въ XVI ст.
Съ распаденіемъ Золотой орды, сарайскій епископъ съ 1454 года сталъ жить въ Москвѣ на Крутицѣ и временами завѣдывалъ дѣлами митрополіи. Въ 1551 г. соборъ утвердилъ за епископомъ Крутицкимъ это преимущество. Въ 1472 г. епископъ пермскій переселился изъ Устьвыми въ Вологду. Въ 1515 г., съ отвоеваніемъ вел. кн. Василіемъ III отъ Литвы Смоленска, въ вѣдѣніе московской митрополіи перешла тамошняя епархія. По отобраніи въ 1563 г. русскаго Полоцка, епархія перешла въ вѣдѣніе Москвы; въ 1579 г. Полоцкъ снова былъ захваченъ литовцами. Въ 1570 г. завоеванъ былъ древній Юрьевъ лифляндскій и учреждена тамъ епархія. Вскорѣ она закрылась, т. к. польскій король Стефанъ Баторій отнялъ Юрьевъ-Дерптъ. Въ 1555 г. учреждена новая казанская епархія.
Духовенство давно тяготилось тѣмъ, что епархіальныя дѣла производились большею частью свѣтскими чиновниками архіерейскихъ домовъ. Стоглавый соборъ опредѣлилъ: судъ по всѣмъ духовнымъ дѣламъ производить самимъ святителямъ, или кому они укажутъ изъ духовныхъ лицъ; за владычними боярами оставить судъ только по гражданскимъ дѣламъ, подвѣдомымъ суду Церкви, и то лишь надъ мірянами церковнаго вѣдомства и бѣлымъ духовенствомъ. Въ связи съ этимъ, увеличено было число духовныхъ органовъ архіерейской власти — архимандритовъ, игуменовъ, протопоповъ — и, на основаніи Стоглава, учрежденіе выборныхъ
Правилами Судебниковъ Великокняжескаго Іоанна III и Царскаго Іоанна IV и правилами Стоглаваго собора произведено было болѣе точное разграниченіе церковнаго и гражданскаго вѣдомствъ. Признана была неподсудность, кромѣ уголовныхъ дѣлъ, духовныхъ и церковныхъ людей государственному суду. По искамъ на лицъ духовнаго вѣдомства отъ людей постороннихъ и наоборотъ назначался
Члены причтовъ по прежнему ставились къ церквамъ по выбору прихожанъ. Но въ XVI в. замѣтны признаки скораго упадка выборного начала. Государство все болѣе стѣсняло поставленіе въ священный чинъ людей служилыхъ и тяглыхъ, такъ что ставленники были большею частію изъ лицъ духовнаго происхожденія. Постепенно формировалась
Соборъ 1503 г. отмѣнилъ