Соловьевъ, упоминая о пріѣздѣ изъ Кіева князя Михаила и Схаріи, пишетъ, что послѣдній, “съ помощью пятерыхъ сообщниковъ, также жидовъ, насадилъ въ Новгородѣ свою ересь”. Онъ продолжаетъ: “Какъ во время стригольничества, наружное благочестіе первыхъ еретиковъ обратило на нихъ вниманіе народа и содѣйствовало быстрому распространенію ереси; еретики старались получить священническія мѣста, чтобы успѣшнѣе дѣйствовать на своихъ духовныхъ дѣтей; если видѣли человѣка твердаго въ православіи, передъ такимъ и сами являлись православными; передъ человѣкомъ, обличающимъ ересь, они и сами являлись строгими ея обличителями, проклинали еретиковъ; но гдѣ видѣли человѣка слабаго въ вѣрѣ, тутъ были готовы на ловлю. Еретики отличались ученостью, имѣли книги, какихъ не было у православнаго духовенства, которое потому и не могло бороться съ еретиками ... Положеніе Новгорода во время окончательной борьбы съ Москвою и непосредственно послѣ нея не давало его церковному правительству возможности обратить надлежащее вниманіе на ересь. Слава благочестивой жизни и мудрости двухъ главныхъ еретиковъ новгородскихъ, Діонисія и Алексія, достигла того, что обратила на нихъ вниманіе великаго князя, когда онъ пріѣхалъ въ Новгородъ въ 1480 году, и оба они взяты были въ Москву: одинъ былъ сдѣланъ протопопомъ въ Успенскій, другой — священникомъ въ Архангельскій соборы. Здѣсь они скоро распространили свое ученіе и между людьми извѣстными, могущественными по своему вліянію; въ числѣ принявшихъ это ученіе были Симоновскій архимандритъ Зосима, славный своею грамотностію и способностями дьякъ Ѳедоръ Курицынъ съ братомъ Иваномъ Волкомъ, невѣстка великаго князя, Елена, мать наслѣдника престола. Іоаннъ зналъ, что эти люди держатъ новое ученіе, но, по характеру своему, ждалъ, пока дѣло выяснится, особенно видя приверженность къ новому ученію людей, которыхъ не могъ не уважать въ томъ или иномъ отношеніи”.
Новгородскіе архіепископы Ѳеофилъ и Сергій не обратили вниманія на ересь. Открылъ ее ихъ преемникъ дѣятельный и пламенный владыка Геннадій. Ему донесли, что нѣсколько священниковъ, въ пьяномъ видѣ, надругались надъ иконами. Онъ немедленно далъ объ этомъ знать вел. князю и митрополиту Геронтію, нарядилъ слѣдствіе, обыскалъ еретиковъ и отдалъ ихъ на поруки; но они убѣжали въ Москву, имѣя тамъ вліятельныхъ единомышленниковъ. Изъ Москвы пришелъ приказъ продолжать разслѣдованіе, но въ столицѣ не чувствовалось пониманія опасности. Вел. князь былъ подъ вліяніемъ Курицына, который использовалъ и интересъ Іоанна къ астрологіи. Митр. Геронтій не любилъ владыку Геннадія, а отношенія его съ государемъ были таковы, что онъ не рѣшался докучать послѣднему дѣломъ объ ереси.
Архіеп. Геннадій, карая еретиковъ, согласно разрѣшенія ему даннаго изъ Москвы, послалъ потомъ подробное извѣщеніе о разслѣдованіи. Оно осталось безъ отвѣта. Соловьевъ пишетъ, что Геннадій, узнавъ, что въ Москвѣ еретики “живутъ въ ослабѣ”, а новгородскіе еретики, покаявшіеся было и находившіеся подъ епитимьею, убѣжали въ Москву, стали бывать въ церкви и нѣкоторые даже служить литургію, видя это послабленіе, рѣшилъ обратиться за содѣйствіемъ къ пр. Іосифу Волоцкому, который вступилъ въ рѣшительную борьбу съ еретиками. Положеніе ихъ окрѣпло когда вел. князь, продолжая вѣрить Ѳеодору Курицыну и священнику Алексію, послѣ кончины въ 1490 г. владыки Геронтія, согласился на поставленіе митрополитомъ тайнаго еретика Зосимы.
Владыка Геннадій продолжалъ свою борьбу. Онъ ознакомилъ съ дѣятельностью еретиковъ епископовъ сарскаго Прохора, Суздальскаго Нифонта и пермскаго Филоѳея. Митр. Зосима понималъ, что не можетъ воспрепятствовать разсмотрѣнію дѣла. Въ 1490 г. созванъ былъ соборъ. На основаніи представленныхъ Геннадіемъ розысканій, до 9 лицъ духовнаго званія преданы были проклятію; вел. князь отослалъ однихъ въ Новгородъ, другихъ сослалъ въ заточеніе. Геннадій предалъ ересь публичному позору: еретиковъ водили по улицамъ въ шлемахъ берестовыхъ, съ мочальными кистями, съ вѣнцами изъ соломы и съ надписью: се есть сатанино воинство (Архіеп. Филаретъ).
Но вскорѣ ересь снова окрѣпла. Прошелъ 1492 г., которымъ оканчивалась седьмая тысяча лѣтъ и который народъ проводилъ въ тревогѣ отъ ожиданія